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万見
- PDB-6gv4: High-resolution Cryo-EM of Fab-labeled human parechovirus 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gv4
タイトルHigh-resolution Cryo-EM of Fab-labeled human parechovirus 3
要素
  • (AT12-015 antibody variable ...) x 2
  • RNA (5'-R(*UP*GP*GP*UP*AP*UP*UP*U)-3')
  • VP0
  • VP1
  • VP3
キーワードVIRUS / human parechovirus / antibody / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / symbiont entry into host cell / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity ...T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / symbiont entry into host cell / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Viral polyprotein, parechovirus P3B / Parechovirus Genome-linked protein / Viral polyprotein, parechovirus P3A / Picornaviridae P3A protein / LRAT domain / LRAT domain profile. / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) ...Viral polyprotein, parechovirus P3B / Parechovirus Genome-linked protein / Viral polyprotein, parechovirus P3A / Picornaviridae P3A protein / LRAT domain / LRAT domain profile. / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human parechovirus 3 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Domanska, A. / Flatt, J.W. / Jukonen, J.J.J. / Geraets, J.A. / Butcher, S.J.
資金援助 フィンランド, 4件
組織認可番号国
Academy of Finland275199 フィンランド
European UnionPIEF-GA-2013-628150
European UnionPIAPP-GA-2013-612308
European Union653706
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2019
タイトル: A 2.8-Angstrom-Resolution Cryo-Electron Microscopy Structure of Human Parechovirus 3 in Complex with Fab from a Neutralizing Antibody.
著者: Aušra Domanska / Justin W Flatt / Joonas J J Jukonen / James A Geraets / Sarah J Butcher /
要旨: Human parechovirus 3 (HPeV3) infection is associated with sepsis characterized by significant immune activation and subsequent tissue damage in neonates. Strategies to limit infection have been ...Human parechovirus 3 (HPeV3) infection is associated with sepsis characterized by significant immune activation and subsequent tissue damage in neonates. Strategies to limit infection have been unsuccessful due to inadequate molecular diagnostic tools for early detection and the lack of a vaccine or specific antiviral therapy. Toward the latter, we present a 2.8-Å-resolution structure of HPeV3 in complex with fragments from a neutralizing human monoclonal antibody, AT12-015, using cryo-electron microscopy (cryo-EM) and image reconstruction. Modeling revealed that the epitope extends across neighboring asymmetric units with contributions from capsid proteins VP0, VP1, and VP3. Antibody decoration was found to block binding of HPeV3 to cultured cells. Additionally, at high resolution, it was possible to model a stretch of RNA inside the virion and, from this, identify the key features that drive and stabilize protein-RNA association during assembly. Human parechovirus 3 (HPeV3) is receiving increasing attention as a prevalent cause of sepsis-like symptoms in neonates, for which, despite the severity of disease, there are no effective treatments available. Structural and molecular insights into virus neutralization are urgently needed, especially as clinical cases are on the rise. Toward this goal, we present the first structure of HPeV3 in complex with fragments from a neutralizing monoclonal antibody. At high resolution, it was possible to precisely define the epitope that, when targeted, prevents virions from binding to cells. Such an atomic-level description is useful for understanding host-pathogen interactions and viral pathogenesis mechanisms and for finding potential cures for infection and disease.
履歴
登録2018年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin / pdbx_database_proc / Item: _citation.journal_abbrev / _em_admin.last_update
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / em_admin / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 2.02019年6月26日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / citation_author ...atom_site / citation_author / em_admin / pdbx_database_proc
Item: _atom_site.occupancy / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / カテゴリ: em_imaging_optics
Item: _em_imaging_optics.phase_plate / _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector
改定 2.22024年5月22日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3]
改定 2.32024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - software_defined_assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0069
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*UP*AP*UP*UP*U)-3')
A: VP0
B: VP1
C: VP3
H: AT12-015 antibody variable heavy
L: AT12-015 antibody variable light


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,4156
ポリマ－114,4156
非ポリマー00
水00
1
D: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*UP*AP*UP*UP*U)-3')
A: VP0
B: VP1
C: VP3
H: AT12-015 antibody variable heavy
L: AT12-015 antibody variable light
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,864,880360
ポリマ－6,864,880360
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
手法UCSF CHIMERA

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要素

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RNA鎖 , 1種, 1分子 D

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*GP*GP*UP*AP*UP*UP*U)-3')


分子量: 2505.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RNA / 由来: (天然) Human parechovirus 3 (ウイルス) / 細胞株: HT29 / 器官: colon adenocarcinoma

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#2: タンパク質 VP0


分子量: 31770.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Human parechovirus 3 (ウイルス) / 細胞株: HT29 / 器官: colon adenocarcinoma / 参照: UniProt: Q8BES5
#3: タンパク質 VP1


分子量: 25913.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Human parechovirus 3 (ウイルス) / 細胞株: HT29 / 器官: colon adenocarcinoma / 参照: UniProt: Q8BES5
#4: タンパク質 VP3


分子量: 28757.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: polypeptide chain / 由来: (天然) Human parechovirus 3 (ウイルス) / 細胞株: HT29 / 器官: colon adenocarcinoma / 参照: UniProt: Q8BES5, UniProt: A0A291FGQ4*PLUS

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#5: 抗体 AT12-015 antibody variable heavy


分子量: 13128.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: polypeptide chain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#6: 抗体 AT12-015 antibody variable light


分子量: 12339.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: polypeptide chain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Human parechovirus type 3 in complex with fabs from AT12-015COMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Human parechovirus type 3VIRUS#1-#41NATURAL
3fabs from AT12-015COMPLEX#5-#61RECOMBINANT
分子量値: 7.7 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
12Human parechovirus 3 (ウイルス)195055A308/99
23Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMtris hydrochlorideTris-HCl1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMmagnesium chlorideMgCL1
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: ultrathin carbon-coated lacey 400-mesh copper grids (Ted Pella product #01824)
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in.
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 凍結前の試料温度: 295 K
詳細: We could not control humidity during plunging. It was ambient humidity. Blot for 1 s before plunging.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6541
画像スキャン動画フレーム数/画像: 18 / 利用したフレーム数/画像: 2-17

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION2粒子像選択
2RELION2画像取得RELION
7UCSF Chimera1.12モデルフィッティング
9RELION2初期オイラー角割当
10RELION2最終オイラー角割当
11RELION2.1分類
12RELION2.1３次元再構成
13MDFFモデル精密化
14Coot0.8.8モデル精密化
CTF補正詳細: GCTF was used to estimate ctf / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 217212
詳細: automatic particle selection in RELION using template generated from manually selected particles
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 74927 / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
詳細: Initial model was generated in I-TASSER and SWISSMODEL using 4z92 and 4udf as reference. Initial rigid fit of the model to the map was done in UCSF Chimera. Model refinement was done in Coot and MDFF.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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