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- PDB-6et5: Reaction centre light harvesting complex 1 from Blc. virids -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6et5
タイトルReaction centre light harvesting complex 1 from Blc. virids
要素
  • (Light-harvesting protein B-1015 ...) x 3
  • (Reaction center protein ...) x 3
  • Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Reaction centre light harvesting complex 1 Blc. viridis Cryo-EM RC-LH1 Photosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


light-harvesting complex / organelle inner membrane / : / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis ...light-harvesting complex / organelle inner membrane / : / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Light-harvesting complex / Light-harvesting Protein / Photosynthetic Reaction Center, subunit C; domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit C, domain 2 / Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit ...Light-harvesting complex / Light-harvesting Protein / Photosynthetic Reaction Center, subunit C; domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit C, domain 2 / Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Antenna complex alpha/beta subunit / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Multiheme cytochrome c family profile. / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Multiheme cytochrome superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL B / BACTERIOPHEOPHYTIN B / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / MENAQUINONE-9 / all-trans-1,2-dihydroneurosporene / 15-cis-1,2-dihydroneurosporene / Ubiquinone-9 / Light-harvesting protein B-1015 alpha chain / Light-harvesting protein B-1015 beta chain ...BACTERIOCHLOROPHYLL B / BACTERIOPHEOPHYTIN B / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / MENAQUINONE-9 / all-trans-1,2-dihydroneurosporene / 15-cis-1,2-dihydroneurosporene / Ubiquinone-9 / Light-harvesting protein B-1015 alpha chain / Light-harvesting protein B-1015 beta chain / Light-harvesting protein B-1015 gamma chain / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Blastochloris viridis (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Qian, P. / Siebert, C.A. / Canniffe, D.P. / Wang, P. / Hunter, C.N.
資金援助1件
組織認可番号国
European Research Council
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of the Blastochloris viridis LH1-RC complex at 2.9 Å.
著者: Pu Qian / C Alistair Siebert / Peiyi Wang / Daniel P Canniffe / C Neil Hunter /
要旨: The light-harvesting 1-reaction centre (LH1-RC) complex is a key functional component of bacterial photosynthesis. Here we present a 2.9 Å resolution cryo-electron microscopy structure of the ...The light-harvesting 1-reaction centre (LH1-RC) complex is a key functional component of bacterial photosynthesis. Here we present a 2.9 Å resolution cryo-electron microscopy structure of the bacteriochlorophyll b-based LH1-RC complex from Blastochloris viridis that reveals the structural basis for absorption of infrared light and the molecular mechanism of quinone migration across the LH1 complex. The triple-ring LH1 complex comprises a circular array of 17 β-polypeptides sandwiched between 17 α- and 16 γ-polypeptides. Tight packing of the γ-apoproteins between β-polypeptides collectively interlocks and stabilizes the LH1 structure; this, together with the short Mg-Mg distances of bacteriochlorophyll b pairs, contributes to the large redshift of bacteriochlorophyll b absorption. The 'missing' 17th γ-polypeptide creates a pore in the LH1 ring, and an adjacent binding pocket provides a folding template for a quinone, Q , which adopts a compact, export-ready conformation before passage through the pore and eventual diffusion to the cytochrome bc complex.
履歴
登録2017年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年5月30日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32018年10月10日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: computing / entity / refine / Item: _entity.formula_weight
改定 1.42018年10月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: em_software / entity ...em_software / entity / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _em_software.name / _em_software.version / _entity.formula_weight
改定 1.52019年10月23日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3951
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
L: Reaction center protein L chain
M: Reaction center protein M chain
H: Reaction center protein H chain
z: Light-harvesting protein B-1015 alpha chain
1: Light-harvesting protein B-1015 beta chain
2: Light-harvesting protein B-1015 gamma chain
F: Light-harvesting protein B-1015 alpha chain
K: Light-harvesting protein B-1015 alpha chain
P: Light-harvesting protein B-1015 alpha chain
S: Light-harvesting protein B-1015 alpha chain
V: Light-harvesting protein B-1015 alpha chain
Y: Light-harvesting protein B-1015 alpha chain
b: Light-harvesting protein B-1015 alpha chain
e: Light-harvesting protein B-1015 alpha chain
h: Light-harvesting protein B-1015 alpha chain
k: Light-harvesting protein B-1015 alpha chain
n: Light-harvesting protein B-1015 alpha chain
q: Light-harvesting protein B-1015 alpha chain
t: Light-harvesting protein B-1015 alpha chain
w: Light-harvesting protein B-1015 alpha chain
3: Light-harvesting protein B-1015 alpha chain
6: Light-harvesting protein B-1015 alpha chain
G: Light-harvesting protein B-1015 beta chain
N: Light-harvesting protein B-1015 beta chain
Q: Light-harvesting protein B-1015 beta chain
T: Light-harvesting protein B-1015 beta chain
W: Light-harvesting protein B-1015 beta chain
Z: Light-harvesting protein B-1015 beta chain
c: Light-harvesting protein B-1015 beta chain
f: Light-harvesting protein B-1015 beta chain
i: Light-harvesting protein B-1015 beta chain
l: Light-harvesting protein B-1015 beta chain
o: Light-harvesting protein B-1015 beta chain
r: Light-harvesting protein B-1015 beta chain
u: Light-harvesting protein B-1015 beta chain
x: Light-harvesting protein B-1015 beta chain
4: Light-harvesting protein B-1015 beta chain
7: Light-harvesting protein B-1015 beta chain
I: Light-harvesting protein B-1015 gamma chain
O: Light-harvesting protein B-1015 gamma chain
R: Light-harvesting protein B-1015 gamma chain
U: Light-harvesting protein B-1015 gamma chain
X: Light-harvesting protein B-1015 gamma chain
a: Light-harvesting protein B-1015 gamma chain
d: Light-harvesting protein B-1015 gamma chain
g: Light-harvesting protein B-1015 gamma chain
j: Light-harvesting protein B-1015 gamma chain
m: Light-harvesting protein B-1015 gamma chain
p: Light-harvesting protein B-1015 gamma chain
s: Light-harvesting protein B-1015 gamma chain
v: Light-harvesting protein B-1015 gamma chain
y: Light-harvesting protein B-1015 gamma chain
5: Light-harvesting protein B-1015 gamma chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)454,554129
ポリマ－402,45454
非ポリマー52,10075
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area246370 Å2
ΔGint-1984 kcal/mol
Surface area136420 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#1: タンパク質 Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / Cytochrome c558/c559


分子量: 37179.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: reaction centre cytochrome subunit / 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: P07173

-
Reaction center protein ... , 3種, 3分子 LMH

#2: タンパク質 Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center L subunit


分子量: 30600.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: reaction centre L subunit / 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: P06009
#3: タンパク質 Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 35932.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Teaction centre M subunit / 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: P06010
#4: タンパク質 Reaction center protein H chain / Photosynthetic reaction center H subunit


分子量: 28557.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Reaction centre H subunit / 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: P06008

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Light-harvesting protein B-1015 ... , 3種, 50分子 zFKPSVYbehknqtw361GNQTWZcfilor...

#5: タンパク質
Light-harvesting protein B-1015 alpha chain / Antenna pigment protein alpha chain


分子量: 6984.262 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Light harvesting complex 1 alpha subunit / 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: P04123
#6: タンパク質
Light-harvesting protein B-1015 beta chain / Antenna pigment protein beta chain


分子量: 6274.327 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Light harvesting complex 1 beta subunit / 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: P04124
#7: タンパク質・ペプチド
Light-harvesting protein B-1015 gamma chain


分子量: 2799.292 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Light harvesting complex 1 gamma subunit / 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: P04126

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非ポリマー , 10種, 75分子

#8: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#9: 化合物...
ChemComp-BCB / BACTERIOCHLOROPHYLL B


分子量: 909.488 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O6
#10: 化合物 ChemComp-BPB / BACTERIOPHEOPHYTIN B / (7R,7α)-31-オキソ-7-ヒドロ-81-デヒドロ-132(以下略)


分子量: 887.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O6
#11: 化合物 ChemComp-UQ9 / Ubiquinone-9 / 2,3-dimethoxy-5-methyl-6-[(2E,6E,10E,14Z,18E,22E,26E,30Z)-3,7,11,15,19,23,27,31,35-nonamethylhexatriaconta-2,6,10,14,18,22,26,30,34-nonaen-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione


分子量: 795.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C54H82O4
#12: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#13: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#14: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#15: 化合物 ChemComp-MQ9 / MENAQUINONE-9


分子量: 785.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H80O2
#16: 化合物 ChemComp-NS5 / 15-cis-1,2-dihydroneurosporene / 15,15′-cis-1,2-ジヒドロノイロスポレン


分子量: 540.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H60
#17: 化合物
ChemComp-NS0 / all-trans-1,2-dihydroneurosporene / 1,2-ジヒドロノイロスポレン


分子量: 540.904 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H60

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Reaction centre-Light harvesting complex 1 (RC-LH1) / タイプ: COMPLEX
詳細: The protein was isolated from a photosynthetic bacterium Blc. viridis.
Entity ID: #1-#7 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.414 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Blastochloris viridis (バクテリア)
緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 20 mMol HEPES, pH 7.8, 100 mM NaCl
緩衝液成分濃度: 20 mMol / 名称: HEPES
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Protein was solubilised by the use detergent of beta-DDM. The protein particle therefore contains a detergent belt in its hydrophobic region.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / Temp: 277 K / 湿度: 99 % / 凍結前の試料温度: 278 K / 詳細: Blot for 3.5 seconds. Humidity: 99% Temperature:4C.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 130000 X / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最低温度: 77 K
撮影平均露光時間: 0.5 sec. / 電子線照射量: 2.25 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 6472
画像スキャン動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 1-20

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0158 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2粒子像選択
2EPU画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7Coot0.8.7モデルフィッティング
9EMAN2初期オイラー角割当
10RELION2最終オイラー角割当
11RELION2分類
12RELION2３次元再構成
13REFMAC5.7モデル精密化
画像処理詳細: Dose fractioned
CTF補正詳細: gctf was used for CTF correction / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 267726 / 詳細: Protein was checked using negatively stained EM.
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 267726 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL
精密化解像度: 3→243.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.875 / SU B: 12.39 / SU ML: 0.188 / ESU R: 0.189
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射
Rwork0.35197 --
obs0.35197 1123681 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 153.894 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.44 Å20.28 Å2-1.86 Å2
2--1.48 Å20.31 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 31896
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0150.0233154
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg3.4682.07645896
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg8.64953436
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg35.14321.7761143
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg22.411154409
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg19.04215182
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.3320.24928
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0120.02125349
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it13.314.96213910
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it21.45922.28617292
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it16.67915.08619244
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined39.469109171
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.88 83248 -
Rfree-0 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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