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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6em8 | ||||||
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タイトル | S.aureus ClpC resting state, C2 symmetrised | ||||||
要素 | ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpC | ||||||
キーワード | CHAPERONE / ClpC / AAA+ protease / oligomeric complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 stress response to cadmium ion / stress response to copper ion / peptidase activity / cellular response to heat / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.4 Å | ||||||
データ登録者 | Carroni, M. / Mogk, A. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2017 タイトル: Regulatory coiled-coil domains promote head-to-head assemblies of AAA+ chaperones essential for tunable activity control. 著者: Marta Carroni / Kamila B Franke / Michael Maurer / Jasmin Jäger / Ingo Hantke / Felix Gloge / Daniela Linder / Sebastian Gremer / Kürşad Turgay / Bernd Bukau / Axel Mogk / 要旨: Ring-forming AAA+ chaperones exert ATP-fueled substrate unfolding by threading through a central pore. This activity is potentially harmful requiring mechanisms for tight repression and substrate- ...Ring-forming AAA+ chaperones exert ATP-fueled substrate unfolding by threading through a central pore. This activity is potentially harmful requiring mechanisms for tight repression and substrate-specific activation. The AAA+ chaperone ClpC with the peptidase ClpP forms a bacterial protease essential to virulence and stress resistance. The adaptor MecA activates ClpC by targeting substrates and stimulating ClpC ATPase activity. We show how ClpC is repressed in its ground state by determining ClpC cryo-EM structures with and without MecA. ClpC forms large two-helical assemblies that associate via head-to-head contacts between coiled-coil middle domains (MDs). MecA converts this resting state to an active planar ring structure by binding to MD interaction sites. Loss of ClpC repression in MD mutants causes constitutive activation and severe cellular toxicity. These findings unravel an unexpected regulatory concept executed by coiled-coil MDs to tightly control AAA+ chaperone activity. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6em8.cif.gz | 793.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6em8.ent.gz | 521.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6em8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6em8_validation.pdf.gz | 991.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6em8_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6em8_validation.xml.gz | 135.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6em8_validation.cif.gz | 228.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/6em8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/6em8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 91170.352 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: clpC, BER48_000499, CEJ93_12415, ERS072738_00457, ERS072840_00763, ERS073583_01020, ERS074020_00452, HMPREF3211_01370 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8U1E4, UniProt: Q2G0P5*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Resting-state oligomeric complex of S. aureus ClpC / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.9 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: concentration used was 6uM |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 297 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 8.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 40000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: Phyre2 base on the crystal structure PDB: 3pxi | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 8.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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