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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ee8 | ||||||
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タイトル | Mycobacterium tuberculosis RNAP promoter unwinding intermediate complex with RbpA/CarD and AP3 promoter | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION/DNA / initiation / half bubble / open promoter complex / TRANSCRIPTION / intermediate / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / response to water / Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / rRNA transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding ...bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / response to water / Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / rRNA transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / nucleic acid binding / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.92 Å | ||||||
データ登録者 | Darst, S.A. / Campbell, E.A. / Boyaci Selcuk, H. / Chen, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2019 タイトル: Structures of an RNA polymerase promoter melting intermediate elucidate DNA unwinding. 著者: Hande Boyaci / James Chen / Rolf Jansen / Seth A Darst / Elizabeth A Campbell / 要旨: A key regulated step of transcription is promoter melting by RNA polymerase (RNAP) to form the open promoter complex. To generate the open complex, the conserved catalytic core of the RNAP combines ...A key regulated step of transcription is promoter melting by RNA polymerase (RNAP) to form the open promoter complex. To generate the open complex, the conserved catalytic core of the RNAP combines with initiation factors to locate promoter DNA, unwind 12-14 base pairs of the DNA duplex and load the template-strand DNA into the RNAP active site. Formation of the open complex is a multi-step process during which transient intermediates of unknown structure are formed. Here we present cryo-electron microscopy structures of bacterial RNAP-promoter DNA complexes, including structures of partially melted intermediates. The structures show that late steps of promoter melting occur within the RNAP cleft, delineate key roles for fork-loop 2 and switch 2-universal structural features of RNAP-in restricting access of DNA to the RNAP active site, and explain why clamp opening is required to allow entry of single-stranded template DNA into the active site. The key roles of fork-loop 2 and switch 2 suggest a common mechanism for late steps in promoter DNA opening to enable gene expression across all domains of life. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ee8.cif.gz | 689.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ee8.ent.gz | 540.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ee8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ee8_validation.pdf.gz | 912.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ee8_full_validation.pdf.gz | 953 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ee8_validation.xml.gz | 91.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ee8_validation.cif.gz | 142.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/6ee8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/6ee8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 37745.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: rpoA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A5U8D3, UniProt: P9WGZ1*PLUS, DNA-directed RNA polymerase #2: タンパク質 | | 分子量: 125390.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: rpoB, SAMEA2682864_01701 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: V9Z879, UniProt: P9WGY9*PLUS, DNA-directed RNA polymerase #3: タンパク質 | | 分子量: 148202.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: rpoC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A5U053, UniProt: P9WGY7*PLUS, DNA-directed RNA polymerase #4: タンパク質 | | 分子量: 11776.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: rpoZ, ERS007672_03979, ERS007703_04032, ERS007720_04749, ERS027652_00548, ERS027654_02543, ERS027656_03959, ERS124361_02246 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0T9N9K3, UniProt: P9WGY5*PLUS, DNA-directed RNA polymerase |
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-タンパク質 , 1種, 1分子 F
#5: タンパク質 | 分子量: 58169.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: sigA, mysA, rpoD, rpoV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WGI0, UniProt: P9WGI1*PLUS |
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-RNA polymerase-binding ... , 2種, 2分子 JM
#6: タンパク質 | 分子量: 12993.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: rbpA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WHJ4, UniProt: P9WHJ5*PLUS |
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#9: タンパク質 | 分子量: 17933.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: carD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WJG2, UniProt: P9WJG3*PLUS |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 OP
#7: DNA鎖 | 分子量: 27907.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
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#8: DNA鎖 | 分子量: 27618.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
-非ポリマー , 2種, 3分子
#10: 化合物 | #11: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mycobacterium tuberculosis RNAP promoter unwinding intermediate タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 1.4 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 140333 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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