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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6e9e | |||||||||
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タイトル | EsCas13d-crRNA binary complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA / CRISPR-Cas / RNase / Complex / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | [Eubacterium] siraeum DSM 15702 (バクテリア) bacterium (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang, C. / Lyumkis, D. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2018 タイトル: Structural Basis for the RNA-Guided Ribonuclease Activity of CRISPR-Cas13d. 著者: Cheng Zhang / Silvana Konermann / Nicholas J Brideau / Peter Lotfy / Xuebing Wu / Scott J Novick / Timothy Strutzenberg / Patrick R Griffin / Patrick D Hsu / Dmitry Lyumkis / 要旨: CRISPR-Cas endonucleases directed against foreign nucleic acids mediate prokaryotic adaptive immunity and have been tailored for broad genetic engineering applications. Type VI-D CRISPR systems ...CRISPR-Cas endonucleases directed against foreign nucleic acids mediate prokaryotic adaptive immunity and have been tailored for broad genetic engineering applications. Type VI-D CRISPR systems contain the smallest known family of single effector Cas enzymes, and their signature Cas13d ribonuclease employs guide RNAs to cleave matching target RNAs. To understand the molecular basis for Cas13d function and explain its compact molecular architecture, we resolved cryoelectron microscopy structures of Cas13d-guide RNA binary complex and Cas13d-guide-target RNA ternary complex to 3.4 and 3.3 Å resolution, respectively. Furthermore, a 6.5 Å reconstruction of apo Cas13d combined with hydrogen-deuterium exchange revealed conformational dynamics that have implications for RNA scanning. These structures, together with biochemical and cellular characterization, provide insights into its RNA-guided, RNA-targeting mechanism and delineate a blueprint for the rational design of improved transcriptome engineering technologies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6e9e.cif.gz | 213 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6e9e.ent.gz | 163.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6e9e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6e9e_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6e9e_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6e9e_validation.xml.gz | 35.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6e9e_validation.cif.gz | 51.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/6e9e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/6e9e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 16385.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) bacterium (バクテリア) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 110828.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) [Eubacterium] siraeum DSM 15702 (バクテリア) 遺伝子: EUBSIR_02687 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B0MS50 |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Binary complex of EsCas13d with crRNA and Mg2+ / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.125 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: unidentified bacterium (バクテリア) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 57000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 56.8 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 1435 |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 120 / 利用したフレーム数/画像: 1-120 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 43786 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient |