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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6du8 | ||||||
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タイトル | Human Polycsytin 2-l1 | ||||||
要素 | Polycystic kidney disease 2-like 1 protein | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / polycystic 2-l1 / pc2l1 / pkd2l1 / TRPP2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sour taste receptor activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of sour taste / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of taste / sensory perception of sour taste / response to water / calcium-activated potassium channel activity / detection of mechanical stimulus / muscle alpha-actinin binding / cellular response to acidic pH / calcium-activated cation channel activity ...sour taste receptor activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of sour taste / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of taste / sensory perception of sour taste / response to water / calcium-activated potassium channel activity / detection of mechanical stimulus / muscle alpha-actinin binding / cellular response to acidic pH / calcium-activated cation channel activity / alpha-actinin binding / non-motile cilium / inorganic cation transmembrane transport / sodium channel activity / ciliary membrane / smoothened signaling pathway / monoatomic cation transport / sodium ion transmembrane transport / monoatomic cation channel activity / potassium ion transmembrane transport / calcium channel complex / cytoskeletal protein binding / calcium channel activity / actin cytoskeleton / cytoplasmic vesicle / protein homotetramerization / transmembrane transporter binding / receptor complex / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / cell surface / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å | ||||||
データ登録者 | Hulse, R.E. / Clapham, D.E. / Li, Z. / Huang, R.K. / Zhang, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM structure of the polycystin 2-l1 ion channel. 著者: Raymond E Hulse / Zongli Li / Rick K Huang / Jin Zhang / David E Clapham / 要旨: We report the near atomic resolution (3.3 Å) of the human polycystic kidney disease 2-like 1 (polycystin 2-l1) ion channel. Encoded by PKD2L1, polycystin 2-l1 is a calcium and monovalent cation- ...We report the near atomic resolution (3.3 Å) of the human polycystic kidney disease 2-like 1 (polycystin 2-l1) ion channel. Encoded by PKD2L1, polycystin 2-l1 is a calcium and monovalent cation-permeant ion channel in primary cilia and plasma membranes. The related primary cilium-specific polycystin-2 protein, encoded by PKD2, shares a high degree of sequence similarity, yet has distinct permeability characteristics. Here we show that these differences are reflected in the architecture of polycystin 2-l1. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6du8.cif.gz | 311.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6du8.ent.gz | 246.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6du8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6du8_validation.pdf.gz | 1015.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6du8_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6du8_validation.xml.gz | 53.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6du8_validation.cif.gz | 80.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/6du8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/6du8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 92070.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKD2L1, PKD2L, PKDL, TRPP3 / プラスミド: pEG / Cell (発現宿主): HEK-293S GnTl / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0L9 #2: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human polycystic 2-l / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / 詳細: Homotetrameric assembly of polycystic 2-l1 / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.547 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pEG | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 3.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: polycystic 2-l1 stabilized in amphipol PMAL-C8 | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 119334 / クラス平均像の数: 8 / 対称性のタイプ: POINT |