+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cp7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Monomer yeast ATP synthase Fo reconstituted in nanodisc generated from masked refinement. | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / ATP synthase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / : / : / : / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton transmembrane transport ...: / : / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / : / : / : / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton transmembrane transport / mitochondrial intermembrane space / protein-containing complex assembly / mitochondrial inner membrane / lipid binding / mitochondrion / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | ||||||
データ登録者 | Srivastava, A.P. / Luo, M. / Symersky, J. / Liao, M.F. / Mueller, D.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: High-resolution cryo-EM analysis of the yeast ATP synthase in a lipid membrane. 著者: Anurag P Srivastava / Min Luo / Wenchang Zhou / Jindrich Symersky / Dongyang Bai / Melissa G Chambers / José D Faraldo-Gómez / Maofu Liao / David M Mueller / 要旨: Mitochondrial adenosine triphosphate (ATP) synthase comprises a membrane embedded F motor that rotates to drive ATP synthesis in the F subunit. We used single-particle cryo-electron microscopy (cryo- ...Mitochondrial adenosine triphosphate (ATP) synthase comprises a membrane embedded F motor that rotates to drive ATP synthesis in the F subunit. We used single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) to obtain structures of the full complex in a lipid bilayer in the absence or presence of the inhibitor oligomycin at 3.6- and 3.8-angstrom resolution, respectively. To limit conformational heterogeneity, we locked the rotor in a single conformation by fusing the F6 subunit of the stator with the δ subunit of the rotor. Assembly of the enzyme with the F6-δ fusion caused a twisting of the rotor and a 9° rotation of the F c-ring in the direction of ATP synthesis, relative to the structure of isolated F Our cryo-EM structures show how F and F are coupled, give insight into the proton translocation pathway, and show how oligomycin blocks ATP synthesis. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6cp7.cif.gz | 213.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6cp7.ent.gz | 175 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6cp7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6cp7_validation.pdf.gz | 1015.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6cp7_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6cp7_validation.xml.gz | 46.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6cp7_validation.cif.gz | 70 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/6cp7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/6cp7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-ATP synthase subunit ... , 6種, 15分子 KLMNOPQRSTXZ7UJ
#1: タンパク質 | 分子量: 7790.385 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P61829 #3: タンパク質 | | 分子量: 27900.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P00854 #4: タンパク質 | | 分子量: 23194.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05626 #5: タンパク質 | | 分子量: 19709.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30902 #6: タンパク質 | | 分子量: 10584.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06405 #7: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 4145.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P81450 |
---|
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 8
#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5825.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P00856 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Monomer yeast ATP synthase Fo reconstituted in nanodisc generated from masked refinement. タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, pH 8.0 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 91 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 31000 X / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2600 nm / Cs: 2 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 最高温度: 105 K / 最低温度: 80 K |
撮影 | 電子線照射量: 8 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 5935 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 541568 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 109206 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|