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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cl8 | ||||||
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タイトル | 2.00 A MicroED structure of proteinase K at 2.6 e- / A^2 | ||||||
![]() | Proteinase K | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子線結晶学 / ![]() | ||||||
![]() | Hattne, J. / Shi, D. / Glynn, C. / Zee, C.-T. / Gallagher-Jones, M. / Martynowycz, M.W. / Rodriguez, J.A. / Gonen, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Analysis of Global and Site-Specific Radiation Damage in Cryo-EM. 著者: Johan Hattne / Dan Shi / Calina Glynn / Chih-Te Zee / Marcus Gallagher-Jones / Michael W Martynowycz / Jose A Rodriguez / Tamir Gonen / ![]() 要旨: Micro-crystal electron diffraction (MicroED) combines the efficiency of electron scattering with diffraction to allow structure determination from nano-sized crystalline samples in cryoelectron ...Micro-crystal electron diffraction (MicroED) combines the efficiency of electron scattering with diffraction to allow structure determination from nano-sized crystalline samples in cryoelectron microscopy (cryo-EM). It has been used to solve structures of a diverse set of biomolecules and materials, in some cases to sub-atomic resolution. However, little is known about the damaging effects of the electron beam on samples during such measurements. We assess global and site-specific damage from electron radiation on nanocrystals of proteinase K and of a prion hepta-peptide and find that the dynamics of electron-induced damage follow well-established trends observed in X-ray crystallography. Metal ions are perturbed, disulfide bonds are broken, and acidic side chains are decarboxylated while the diffracted intensities decay exponentially with increasing exposure. A better understanding of radiation damage in MicroED improves our assessment and processing of all types of cryo-EM data. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 789.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 789.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7491MC ![]() 7490C ![]() 7492C ![]() 7493C ![]() 7494C ![]() 7495C ![]() 7496C ![]() 7497C ![]() 7498C ![]() 7499C ![]() 7500C ![]() 7501C ![]() 7502C ![]() 7503C ![]() 7504C ![]() 7505C ![]() 7506C ![]() 7507C ![]() 7508C ![]() 7509C ![]() 7510C ![]() 7511C ![]() 7512C ![]() 6cl7SC ![]() 6cl9C ![]() 6claC ![]() 6clbC ![]() 6clcC ![]() 6cldC ![]() 6cleC ![]() 6clfC ![]() 6clgC ![]() 6clhC ![]() 6cliC ![]() 6cljC ![]() 6clkC ![]() 6cllC ![]() 6clmC ![]() 6clnC ![]() 6cloC ![]() 6clpC ![]() 6clqC ![]() 6clrC ![]() 6clsC ![]() 6cltC |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28930.783 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 106-384 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子線結晶学 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: 電子線結晶学 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Proteinase K / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: NATURAL | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.028888994 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 30 % | |||||||||||||||
結晶 | Preparation: electron diffraction |
-データ収集
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: DIFFRACTION |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 5.1 sec. / 電子線照射量: 0.0357 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) Num. of diffraction images: 291 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 291 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 31.2 µm / 横: 2048 / 縦: 2048 |
EM回折 | カメラ長: 1200 mm |
EM回折 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / フーリエ空間範囲: 96.63 % / 多重度: 6.3 / 構造因子数: 1147 / 位相残差: 51.54 ° |
EM回折 統計 | フーリエ空間範囲: 96.9 % / 再高解像度: 2 Å / 測定した強度の数: 97002 / 構造因子数: 15657 / 位相誤差: 40.54 ° / 位相残差: 40.54 ° / 位相誤差の除外基準: 0 / Rmerge: 0.443 / Rsym: 0.443 |
検出器 | 日付: 2016年3月7日 |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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EM 3D crystal entity | ∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 67.1383 Å / B: 67.1383 Å / C: 101.016 Å / 空間群名: P43212 / 空間群番号: 96 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 15.651 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / 詳細: Electron scattering factors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5I9S PDB chain-ID: A / Accession code: 5I9S / Pdb chain residue range: 1-279 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 6CL7 解像度: 2→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 7.631 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.2 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.651 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 2029 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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