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- PDB-6cfz: Structure of the DASH/Dam1 complex shows its role at the yeast ki... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cfz
タイトルStructure of the DASH/Dam1 complex shows its role at the yeast kinetochore-microtubule interface
要素
  • Ask1
  • Dad1,Dad1
  • Dad2
  • Dad3
  • Dad4
  • Dam1
  • Duo1
  • Hsk3
  • Spc19
  • Spc34
キーワードNUCLEAR PROTEIN / DASH / Dam1 complex / Ask1 / Dad1 / Dad2 / Dad3 / Dad4 / Dam1 / Duo1 / Hsk3 / Spc19 / Spc34 / kinetochore / kinetochore-microtubule interface / chromosome segregation / cell-division / point-centromere yeast
機能・相同性
機能・相同性情報


DASH complex / protein transport along microtubule to mitotic spindle pole body / mitotic sister chromatid biorientation / mitotic spindle pole body / attachment of spindle microtubules to kinetochore / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / microtubule plus-end binding / spindle microtubule / mitotic spindle / kinetochore ...DASH complex / protein transport along microtubule to mitotic spindle pole body / mitotic sister chromatid biorientation / mitotic spindle pole body / attachment of spindle microtubules to kinetochore / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / microtubule plus-end binding / spindle microtubule / mitotic spindle / kinetochore / spindle pole / microtubule / cell division / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DASH complex subunit Duo1 / DASH complex subunit Spc34 / DASH complex subunit Duo1 / DASH complex subunit Spc34 / DASH complex subunit Spc19 / DASH complex subunit Dad1 / DASH complex subunit Dad2 / DASH complex subunit Ask1 / DASH complex subunit Dad3 / Spc19 ...DASH complex subunit Duo1 / DASH complex subunit Spc34 / DASH complex subunit Duo1 / DASH complex subunit Spc34 / DASH complex subunit Spc19 / DASH complex subunit Dad1 / DASH complex subunit Dad2 / DASH complex subunit Ask1 / DASH complex subunit Dad3 / Spc19 / DASH complex subunit Dad1 / DASH complex subunit Dad2 / DASH complex subunit Ask1 / DASH complex subunit Dad3 / DASH complex subunit Dam1 / DASH complex subunit Dam1 / DASH complex subunit Dad4 / DASH complex subunit Dad4 / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DASH complex subunit DAD3 / DASH complex subunit DAD1 / DASH complex subunit DAD2 / DASH complex subunit SPC19 / DASH complex subunit SPC34 / DASH complex subunit DAM1 / Uncharacterized protein / DASH complex subunit ASK1 / DASH complex subunit DUO1
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Jenni, S. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Damon Runyon Cancer Research FoundationDRG-2004-09 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Structure of the DASH/Dam1 complex shows its role at the yeast kinetochore-microtubule interface.
著者: Simon Jenni / Stephen C Harrison /
要旨: Kinetochores connect mitotic-spindle microtubules with chromosomes, allowing microtubule depolymerization to pull chromosomes apart during anaphase while resisting detachment as the microtubule ...Kinetochores connect mitotic-spindle microtubules with chromosomes, allowing microtubule depolymerization to pull chromosomes apart during anaphase while resisting detachment as the microtubule shortens. The heterodecameric DASH/Dam1 complex (DASH/Dam1c), an essential component of yeast kinetochores, assembles into a microtubule-encircling ring. The ring associates with rodlike Ndc80 complexes to organize the kinetochore-microtubule interface. We report the cryo-electron microscopy structure (at ~4.5-angstrom resolution) of a DASH/Dam1c ring and a molecular model of its ordered components, validated by evolutionary direct-coupling analysis. Integrating this structure with that of the Ndc80 complex and with published interaction data yields a molecular picture of kinetochore-microtubule attachment, including how flexible, C-terminal extensions of DASH/Dam1c subunits project and contact widely separated sites on the Ndc80 complex rod and how phosphorylation at previously identified sites might regulate kinetochore assembly.
履歴
登録2018年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Data processing / カテゴリ: em_3d_reconstruction / Item: _em_3d_reconstruction.resolution
改定 1.22018年5月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32019年11月27日Group: Data collection / カテゴリ: em_software
Item: _em_software.details / _em_software.name / _em_software.version
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete point assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-7469
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7446
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7469
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ask1
B: Dad3
C: Dad2
D: Duo1
E: Dad4
F: Dad1,Dad1
G: Hsk3
H: Dam1
I: Spc19
J: Spc34


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,14910
ポリマ－116,14910
非ポリマー00
水00
1
A: Ask1
B: Dad3
C: Dad2
D: Duo1
E: Dad4
F: Dad1,Dad1
G: Hsk3
H: Dam1
I: Spc19
J: Spc34
x 17


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,974,525170
ポリマ－1,974,525170
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation16
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C17 (17回回転対称))

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要素

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タンパク質 , 10種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質 Ask1 / DASH/Dam1 complex subunit Ask1


分子量: 8897.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0029740 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S8F9
#2: タンパク質 Dad3 / DASH/Dam1 complex subunit Dad3


分子量: 7599.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0005680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RY74
#3: タンパク質 Dad2 / DASH/Dam1 complex subunit Dad2


分子量: 10229.733 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0002350 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RZB3
#4: タンパク質 Duo1 / DASH/Dam1 complex subunit Duo1


分子量: 12907.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0042930 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SAN7
#5: タンパク質 Dad4 / DASH/Dam1 complex subunit Dad4


分子量: 8400.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0032660 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S589
#6: タンパク質 Dad1,Dad1 / DASH/Dam1 complex subunit Dad1


分子量: 10684.892 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DASH/Dam1 complex subunit Dad1 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0006450 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RYE9
#7: タンパク質 Hsk3 / DASH/Dam1 complex subunit Hsk3


分子量: 6641.681 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#8: タンパク質 Dam1 / DASH/Dam1 complex subunit Dam1


分子量: 6314.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0017540 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S2K4
#9: タンパク質 Spc19 / DASH/Dam1 complex subunit Spc19


分子量: 17028.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0010600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S0N0
#10: タンパク質 Spc34 / DASH/Dam1 complex subunit Spc34


分子量: 27443.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0016520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S2A3

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: DASH/Dam1 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.115 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類) / 細胞内の位置: Nucleus
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 2.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 4C
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 89 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 30488 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 1.115 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2723
詳細: Movies collected: 50 frames with 1.115 e/A2 per frame

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1EMAN22.1粒子像選択e2helixboxer.py
2SerialEM画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7PHENIXモデルフィッティング
8Oモデルフィッティング
10SPARX初期オイラー角割当
11EMAN2初期オイラー角割当
12cisTEM最終オイラー角割当FrealignX
14cisTEM３次元再構成FrealignX
15Rosettaモデル精密化
16PHENIX1.12モデル精密化Release tag: 2829
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 34997
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34997 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 240 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: CC / 詳細: phenix.real_space_refine
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00712093
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.11821878
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.8984849
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.053958
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0082534

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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