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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zwm | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the yeast pre-B complex at an average resolution of 3.4~4.6 angstrom (tri-snRNP and U2 snRNP Part) | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | SPLICING / spliceosome (スプライセオソーム) / assembly / pre-B complex / U1 snRNP | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maintenance of RNA location / RES complex / spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / snoRNA splicing / negative regulation of protein dephosphorylation / maturation of 5S rRNA / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / Lsm1-7-Pat1 complex ...maintenance of RNA location / RES complex / spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / snoRNA splicing / negative regulation of protein dephosphorylation / maturation of 5S rRNA / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / positive regulation of RNA binding / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / splicing factor binding / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / miRNA processing / P-body assembly / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / U4 snRNA binding / box C/D methylation guide snoRNP complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / poly(U) RNA binding / U4 snRNP / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U2 snRNP / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / U1 snRNP / U3 snoRNA binding / tRNA processing / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / mRNA 5'-splice site recognition / regulation of RNA splicing / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / mRNA export from nucleus / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / catalytic step 2 spliceosome / maturation of LSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / spliceosomal complex / P-body / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / metallopeptidase activity / cytosolic large ribosomal subunit / nucleic acid binding / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / nuclear speck / response to xenobiotic stimulus / GTPase activity / mRNA binding / 核小体 / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Bai, R. / Wan, R. / Yan, C. / Lei, J. / Shi, Y. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Structures of the fully assembled spliceosome before activation. 著者: Rui Bai / Ruixue Wan / Chuangye Yan / Jianlin Lei / Yigong Shi / 要旨: The precatalytic spliceosome (B complex) is preceded by the pre-B complex. Here we report the cryo-electron microscopy structures of the pre-B and B complexes at average resolutions of 3.3 to 4.6 ...The precatalytic spliceosome (B complex) is preceded by the pre-B complex. Here we report the cryo-electron microscopy structures of the pre-B and B complexes at average resolutions of 3.3 to 4.6 and 3.9 angstroms, respectively. In the pre-B complex, the duplex between the 5' splice site (5'SS) and U1 small nuclear RNA (snRNA) is recognized by Yhc1, Luc7, and the Sm ring. In the B complex, U1 small nuclear ribonucleoprotein is dissociated, the 5'-exon-5'SS sequences are translocated near U6 snRNA, and three B-specific proteins may orient the precursor messenger RNA. In both complexes, U6 snRNA is anchored to loop I of U5 snRNA, and the duplex between the branch point sequence and U2 snRNA is recognized by the SF3b complex. Structural analysis reveals the mechanism of assembly and activation for the yeast spliceosome. | ||||||||||||
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDBx/mmCIF形式 | 5zwm.cif.gz | 2.8 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5zwm.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 5zwm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/5zwm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/5zwm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Pre-mRNA-splicing factor ... , 9種, 9分子 ANC35Yuwv
#1: タンパク質 | 分子量: 279867.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P33334 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 104370.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P19735 |
#8: タンパク質 | 分子量: 114174.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P36048 |
#34: タンパク質 | 分子量: 153956.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: Q04693 |
#36: タンパク質 | 分子量: 12283.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: Q06835 |
#39: タンパク質 | 分子量: 30529.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P46947 |
#41: タンパク質 | 分子量: 63126.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P19736 |
#42: タンパク質 | 分子量: 33111.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P32524 |
#43: タンパク質 | 分子量: 29962.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: Q07350 |
-U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 KJ
#2: タンパク質 | 分子量: 52506.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P20053 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 55974.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: Q03338 |
-タンパク質 , 10種, 12分子 LEMOaPhD246Z
#3: タンパク質 | 分子量: 56382.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P49704 | ||||||||||
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#6: タンパク質 | 分子量: 16798.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: Q06819 | ||||||||||
#7: タンパク質 | 分子量: 13582.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P39990 | ||||||||||
#19: タンパク質 | 分子量: 66544.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: Q12420 | ||||||||||
#21: タンパク質 | 分子量: 22426.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P40018 #27: タンパク質 | | 分子量: 246470.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P32639, ヘリカーゼ #33: タンパク質 | | 分子量: 50339.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: Q02554 #35: タンパク質 | | 分子量: 24534.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: Q99181 #37: タンパク質 | | 分子量: 10045.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P0C074 #40: タンパク質 | | 分子量: 23685.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: Q07930 |
-U6 snRNA-associated Sm-like protein ... , 7種, 7分子 zqrxtys
#9: タンパク質 | 分子量: 12403.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P47093 |
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#10: タンパク質 | 分子量: 11177.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P38203 |
#11: タンパク質 | 分子量: 10039.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P57743 |
#12: タンパク質 | 分子量: 9406.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: Q06406 |
#13: タンパク質 | 分子量: 10432.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P40089 |
#14: タンパク質 | 分子量: 13027.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P53905 |
#15: タンパク質 | 分子量: 21298.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P40070 |
-RNA鎖 , 5種, 5分子 FIBGH
#16: RNA鎖 | 分子量: 35846.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c |
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#17: RNA鎖 | 分子量: 51186.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c |
#18: RNA鎖 | 分子量: 68643.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c |
#28: RNA鎖 | 分子量: 13984.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c |
#29: RNA鎖 | 分子量: 376267.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c |
-Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 18分子 dSlbQmcRneTifUjgVk
#20: タンパク質 | 分子量: 11240.139 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P43321 #22: タンパク質 | 分子量: 16296.798 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: Q02260 #23: タンパク質 | 分子量: 12876.066 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: Q06217 #24: タンパク質 | 分子量: 10385.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: Q12330 #25: タンパク質 | 分子量: 9669.945 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P54999 #26: タンパク質 | 分子量: 8490.809 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P40204 |
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-U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 op
#30: タンパク質 | 分子量: 27232.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: Q08963 |
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#31: タンパク質 | 分子量: 12850.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P40567 |
-U2 snRNP component ... , 2種, 2分子 1X
#32: タンパク質 | 分子量: 110166.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P49955 |
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#38: タンパク質 | 分子量: 17121.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P40565 |
-非ポリマー , 3種, 8分子
#44: 化合物 | ChemComp-GTP / |
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#45: 化合物 | ChemComp-MG / |
#46: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: yeast fully assembled spliceosomal pre-B complex before activation タイプ: CELL / Entity ID: #1-#43 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 500657 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3.4 Å |