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万見
- PDB-5z1l: Cryo-EM structure of Methanoccus maripaludis archaellum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z1l
タイトルCryo-EM structure of Methanoccus maripaludis archaellum
要素Flagellin
キーワードPROTEIN FIBRIL / Archaellum / archea / flagellum / metal binding / motility / helical
機能・相同性archaeal-type flagellum / Flagellin/pilin, N-terminal / Flagellin, archaea / Archaebacterial flagellin / archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / membrane => GO:0016020 / structural molecule activity / Flagellin
機能・相同性情報
生物種Methanococcus maripaludis (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Meshcheryakov, V.A. / Shibata, S. / Schreiber, M.T. / Villar-Briones, A. / Jarrell, K.F. / Aizawa, S. / Wolf, M.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
JSPS Kakenhi17K17085 日本
SPRING8Proposal No. 2014B1341 日本
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2019
タイトル: High-resolution archaellum structure reveals a conserved metal-binding site.
著者: Vladimir A Meshcheryakov / Satoshi Shibata / Makoto Tokoro Schreiber / Alejandro Villar-Briones / Kenneth F Jarrell / Shin-Ichi Aizawa / Matthias Wolf /
要旨: Many archaea swim by means of archaella. While the archaellum is similar in function to its bacterial counterpart, its structure, composition, and evolution are fundamentally different. Archaella are ...Many archaea swim by means of archaella. While the archaellum is similar in function to its bacterial counterpart, its structure, composition, and evolution are fundamentally different. Archaella are related to archaeal and bacterial type IV pili. Despite recent advances, our understanding of molecular processes governing archaellum assembly and stability is still incomplete. Here, we determine the structures of archaella by X-ray crystallography and cryo-EM The crystal structure of FlaB1 is the first and only crystal structure of any archaellin to date at a resolution of 1.5 Å, which is put into biological context by a cryo-EM reconstruction from archaella at 4 Å resolution created with helical single-particle analysis. Our results indicate that the archaellum is predominantly composed of FlaB1. We identify N-linked glycosylation by cryo-EM and mass spectrometry. The crystal structure reveals a highly conserved metal-binding site, which is validated by mass spectrometry and electron energy-loss spectroscopy. We show that the metal-binding site, which appears to be a widespread property of archaellin, is required for filament integrity.
履歴
登録2017年12月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6876
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellin
B: Flagellin
C: Flagellin
D: Flagellin
E: Flagellin
F: Flagellin
G: Flagellin
H: Flagellin
I: Flagellin
J: Flagellin
K: Flagellin
L: Flagellin
M: Flagellin
N: Flagellin
O: Flagellin
P: Flagellin
Q: Flagellin
R: Flagellin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)389,50818
ポリマ－389,50818
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: scanning transmission electron microscopy, helical diffraction
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area66190 Å2
ΔGint-503 kcal/mol
Surface area151850 Å2

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要素

#1: タンパク質
Flagellin


分子量: 21639.359 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanococcus maripaludis (strain S2 / LL) (古細菌)
株: S2 / LL / 参照: UniProt: Q6LWP3

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: M.maripaludis archaellin FlaB1 filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Methanococcus maripaludis S2 (古細菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
プラスミド: pET15b-H3.1, pET15b-H4, pET15b-H2A, pET15b-H2B, pGEM-T-Easy-(186 base-pair mouse ALB1 enhancer DNA)
緩衝液pH: 7
緩衝液成分名称: Water / 式: H2O
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: sample was monodisperse
試料支持詳細: Gatan Solarus / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 289 K / 詳細: 3 second blot, 3.5uL

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: nanoprobe, parallel beam illumination
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 倍率（補正後）: 47619 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1500 nm / Calibrated defocus min: -1500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: -2500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 100 K / 最低温度: 77 K / Residual tilt: 0.1 mradians
撮影平均露光時間: 12 sec. / 電子線照射量: 96 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2000
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 7676 / 縦: 7420 / 動画フレーム数/画像: 4 / 利用したフレーム数/画像: 1-48

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1EMAN22.1粒子像選択e2helixboxer.py
2Leginon3.2画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9SPRING0.84初期オイラー角割当
10SPRING0.84最終オイラー角割当
11SPRING0.84分類sparx k-means
12SPRING0.84３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
画像処理詳細: frame alignment and integration with motioncor2 incl. dose weighting and 2x Fourier cropping
CTF補正詳細: deconvolution in SPRING / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 108.2 ° / 軸方向距離/サブユニット: 5.7 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 110747
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 110747 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 100 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00425848
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.96935244
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.35815318
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0694464
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0064554

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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