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- PDB-5wua: Structure of a Pancreatic ATP-sensitive Potassium Channel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wua
タイトルStructure of a Pancreatic ATP-sensitive Potassium Channel
要素
  • ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11,superfolder GFP
  • SUR1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / KATP / channel / ABC transporter / Kir
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP sensitive Potassium channels / response to resveratrol / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / inward rectifying potassium channel / Regulation of insulin secretion / sulfonylurea receptor activity / cell body fiber / ventricular cardiac muscle tissue development / ABC-family proteins mediated transport / CAMKK-AMPK signaling cascade ...ATP sensitive Potassium channels / response to resveratrol / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / inward rectifying potassium channel / Regulation of insulin secretion / sulfonylurea receptor activity / cell body fiber / ventricular cardiac muscle tissue development / ABC-family proteins mediated transport / CAMKK-AMPK signaling cascade / inward rectifier potassium channel activity / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / Ion homeostasis / ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity / nervous system process / inorganic cation transmembrane transport / ankyrin binding / response to ATP / response to stress / potassium ion import across plasma membrane / response to testosterone / potassium ion binding / action potential / intercalated disc / axolemma / negative regulation of insulin secretion / cellular response to nutrient levels / ABC-type transporter activity / T-tubule / heat shock protein binding / acrosomal vesicle / response to ischemia / determination of adult lifespan / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cellular response to glucose stimulus / potassium ion transport / cellular response to nicotine / glucose metabolic process / nuclear envelope / cellular response to tumor necrosis factor / response to estradiol / presynaptic membrane / transmembrane transporter binding / response to hypoxia / endosome / response to xenobiotic stimulus / neuronal cell body / apoptotic process / glutamatergic synapse / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, inwardly rectifying, Kir6.2 / ATP-binding cassette subfamily C member 8 / Sulphonylurea receptor / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / : ...Potassium channel, inwardly rectifying, Kir6.2 / ATP-binding cassette subfamily C member 8 / Sulphonylurea receptor / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Immunoglobulin E-set / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
SUR1 / ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
Mesocricetus auratus (ネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.6 Å
データ登録者Li, N. / Wu, J.-X. / Chen, L. / Gao, N.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology of China2016YFA0502004,2016YFA0500700,2013CB910404 中国
National Natural Science Foundation of China31622021, 31521062,31422016, 31470722, 31630087 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Structure of a Pancreatic ATP-Sensitive Potassium Channel.
著者: Ningning Li / Jing-Xiang Wu / Dian Ding / Jiaxuan Cheng / Ning Gao / Lei Chen /
要旨: ATP-sensitive potassium channels (K) couple intracellular ATP levels with membrane excitability. These channels play crucial roles in many essential physiological processes and have been implicated ...ATP-sensitive potassium channels (K) couple intracellular ATP levels with membrane excitability. These channels play crucial roles in many essential physiological processes and have been implicated extensively in a spectrum of metabolic diseases and disorders. To gain insight into the mechanism of K, we elucidated the structure of a hetero-octameric pancreatic K channel in complex with a non-competitive inhibitor glibenclamide by single-particle cryoelectron microscopy to 5.6-Å resolution. The structure shows that four SUR1 regulatory subunits locate peripherally and dock onto the central Kir6.2 channel tetramer through the SUR1 TMD0-L0 fragment. Glibenclamide-bound SUR1 uses TMD0-L0 fragment to stabilize Kir6.2 channel in a closed conformation. In another structural population, a putative co-purified phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PIP) molecule uncouples Kir6.2 from glibenclamide-bound SUR1. These structural observations suggest a molecular mechanism for K regulation by anti-diabetic sulfonylurea drugs, intracellular adenosine nucleotide concentrations, and PIP lipid.
履歴
登録2016年12月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / em_image_scans / em_software / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6689
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11,superfolder GFP
B: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11,superfolder GFP
C: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11,superfolder GFP
D: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11,superfolder GFP
E: SUR1
F: SUR1
G: SUR1
H: SUR1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,014,5438
ポリマ－1,014,5438
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area29820 Å2
ΔGint-266 kcal/mol
Surface area348440 Å2

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要素

#1: タンパク質
ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11,superfolder GFP / Inward rectifier K(+) channel Kir6.2 / Potassium channel / inwardly rectifying subfamily J member 11


分子量: 76339.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11 with C-terminal synthetic superfolder GFP and affinity tags added
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) synthetic construct (人工物)
遺伝子: Kcnj11 / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q61743
#2: タンパク質
SUR1 / Sulfonylurea receptor 1


分子量: 177296.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesocricetus auratus (ネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1S4NYG1*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1ATP sensitive potassiumCOMPLEXall0RECOMBINANT
2ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11COMPLEX#11RECOMBINANT
3SUR1COMPLEX#21RECOMBINANT
分子量値: 880 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Mus musculus (ハツカネズミ)10090
31Mesocricetus auratus (ネズミ)10036
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞プラスミド
21Homo sapiens (ヒト)9606HEKBacMam
31Homo sapiens (ヒト)9606HEK
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 2 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 5.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34500 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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