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万見
- PDB-5wc3: SpoIIIAG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wc3
タイトルSpoIIIAG
要素SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Secretion system / Sporulation channel / Ring Building Motif (RBM)
機能・相同性Sporulation stage III, protein AG / membrane => GO:0016020 / Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis BEST7613 (枯草菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Zeytuni, N. / Hong, C. / Worrall, L.J. / Huang, R.K. / Yu, Z. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017
タイトル: Near-atomic resolution cryoelectron microscopy structure of the 30-fold homooligomeric SpoIIIAG channel essential to spore formation in .
著者: Natalie Zeytuni / Chuan Hong / Kelly A Flanagan / Liam J Worrall / Kate A Theiltges / Marija Vuckovic / Rick K Huang / Shawn C Massoni / Amy H Camp / Zhiheng Yu / Natalie C Strynadka /
要旨: Bacterial sporulation allows starving cells to differentiate into metabolically dormant spores that can survive extreme conditions. Following asymmetric division, the mother cell engulfs the ...Bacterial sporulation allows starving cells to differentiate into metabolically dormant spores that can survive extreme conditions. Following asymmetric division, the mother cell engulfs the forespore, surrounding it with two bilayer membranes. During the engulfment process, an essential channel, the so-called feeding tube apparatus, is thought to cross both membranes to create a direct conduit between the mother cell and the forespore. At least nine proteins are required to create this channel, including SpoIIQ and SpoIIIAA-AH. Here, we present the near-atomic resolution structure of one of these proteins, SpoIIIAG, determined by single-particle cryo-EM. A 3D reconstruction revealed that SpoIIIAG assembles into a large and stable 30-fold symmetric complex with a unique mushroom-like architecture. The complex is collectively composed of three distinctive circular structures: a 60-stranded vertical β-barrel that forms a large inner channel encircled by two concentric rings, one β-mediated and the other formed by repeats of a ring-building motif (RBM) common to the architecture of various dual membrane secretion systems of distinct function. Our near-atomic resolution structure clearly shows that SpoIIIAG exhibits a unique and dramatic adaptation of the RBM fold with a unique β-triangle insertion that assembles into the prominent channel, the dimensions of which suggest the potential passage of large macromolecules between the mother cell and forespore during the feeding process. Indeed, mutation of residues located at key interfaces between monomers of this RBM resulted in severe defects both in vivo and in vitro, providing additional support for this unprecedented structure.
履歴
登録2017年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22017年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.name
改定 1.42020年1月15日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8795
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
B: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
C: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
D: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
E: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
F: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
G: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
H: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
I: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
J: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
K: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
L: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
M: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
N: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
O: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
P: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
Q: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
R: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
S: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
T: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
U: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
V: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
W: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
X: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
Y: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
Z: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
0: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
1: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
2: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein
3: SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)591,87330
ポリマ－591,87330
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, CryoEM single particle
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
SpoIIIAG, Stage III sporulation engulfment assemblyprotein


分子量: 19729.086 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis BEST7613 (枯草菌)
遺伝子: spoIIIAG, BEST7613_3991 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: L8AN07

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SpoIIIAG / タイプ: COMPLEX / 詳細: residues 55-229 / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.58 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 / プラスミド: pET28
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
10.3 MSodium ChlorideNaCl1
20.01 MTris(HOCH2)3CNH21
試料濃度: 13 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Cs corrector
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 倍率（補正後）: 37037 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 900 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2100 nm / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 80 K / 最低温度: 80 K
撮影平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 1.1 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2876
電子光学装置エネルギーフィルター名称: Gatan GIF / エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 7676 / 縦: 7420 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN22粒子像選択
2RELION1.4粒子像選択
3SerialEM画像取得
5CTFFIND44CTF補正
11RELION1.4初期オイラー角割当
12RELION1.4最終オイラー角割当
13RELION1.4分類
14RELION1.4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 770000
対称性点対称性: C30 (30回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 55000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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