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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vxx | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of Neisseria gonorrhoeae Type IV pilus | |||||||||||||||
要素 | Fimbrial protein | |||||||||||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / Melted helix / type IV pili | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / pilus / cell adhesion / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Neisseria gonorrhoeae (淋菌) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.1 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Wang, F. / Orlova, A. / Altindal, T. / Craig, L. / Egelman, E.H. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, カナダ, フランス, 4件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2017 タイトル: Cryoelectron Microscopy Reconstructions of the Pseudomonas aeruginosa and Neisseria gonorrhoeae Type IV Pili at Sub-nanometer Resolution. 著者: Fengbin Wang / Mathieu Coureuil / Tomasz Osinski / Albina Orlova / Tuba Altindal / Gaël Gesbert / Xavier Nassif / Edward H Egelman / Lisa Craig / 要旨: We report here cryoelectron microscopy reconstructions of type IV pili (T4P) from two important human pathogens, Pseudomonas aeruginosa and Neisseria gonorrhoeae, at ∼ 8 and 5 Å resolution, ...We report here cryoelectron microscopy reconstructions of type IV pili (T4P) from two important human pathogens, Pseudomonas aeruginosa and Neisseria gonorrhoeae, at ∼ 8 and 5 Å resolution, respectively. The two structures reveal distinct arrangements of the pilin globular domains on the pilus surfaces, which impart different helical parameters, but similar packing of the conserved N-terminal α helices, α1, in the filament core. In contrast to the continuous α helix seen in the X-ray crystal structures of the P. aeruginosa and N. gonorrhoeae pilin subunits, α1 in the pilus filaments has a melted segment located between conserved helix-breaking residues Gly14 and Pro22, as seen for the Neisseria meningitidis T4P. Using mutagenesis we show that Pro22 is critical for pilus assembly, as are Thr2 and Glu5, which are positioned to interact in the hydrophobic filament core. These structures provide a framework for understanding T4P assembly, function, and biophysical properties. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vxx.cif.gz | 545 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vxx.ent.gz | 445 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vxx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5vxx_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5vxx_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5vxx_validation.xml.gz | 89.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5vxx_validation.cif.gz | 110.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/5vxx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/5vxx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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詳細 | The full assembly is a helical filament. Only a finite portion of the full filament is represented here. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17196.467 Da / 分子数: 21 / 変異: P69S, S71T / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 株: C30 / 参照: UniProt: P02974 #2: 多糖 | alpha-D-galactopyranose-(1-3)-2,4-bisacetamido-2,4,6-trideoxy-beta-D-glucopyranose #3: 化合物 | ChemComp-OPE / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Neisseria gonorrhoeae Type IV pilin filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 株: C30 |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: PBS buffer |
試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 20 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 詳細: Images were stored containing seven parts, where each part represented a set of frames corresponding to a dose of ~20 electrons per Angstrom^2. The full dose image stack was used for the ...詳細: Images were stored containing seven parts, where each part represented a set of frames corresponding to a dose of ~20 electrons per Angstrom^2. The full dose image stack was used for the estimation of the CTF as well as for boxing filaments. Only the first two parts were used for the reconstruction (~5 electrons per Angstrom^2). |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 7 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_2471: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 100.8 ° / 軸方向距離/サブユニット: 10.1 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 5.1 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 9855 / 詳細: model-map FSC 0.38 cut-off / 対称性のタイプ: HELICAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 5.1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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