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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vlz | |||||||||||||||
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タイトル | Backbone model for phage Qbeta capsid | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / Qbeta / ssRNA / phage | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 suppression by virus of host cell wall biogenesis / suppression by virus of host peptidoglycan biosynthetic process / viral release via suppression of host peptidoglycan biosynthetic process / virion attachment to host cell pilus / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / T=3 icosahedral viral capsid / translation repressor activity / viral release from host cell by cytolysis / virion component / structural molecule activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia phage Qbeta (ファージ) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Cui, Z. / Zhang, J. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017 タイトル: Structures of Qβ virions, virus-like particles, and the Qβ-MurA complex reveal internal coat proteins and the mechanism of host lysis. 著者: Zhicheng Cui / Karl V Gorzelnik / Jeng-Yih Chang / Carrie Langlais / Joanita Jakana / Ry Young / Junjie Zhang / 要旨: In single-stranded RNA bacteriophages (ssRNA phages) a single copy of the maturation protein binds the genomic RNA (gRNA) and is required for attachment of the phage to the host pilus. For the ...In single-stranded RNA bacteriophages (ssRNA phages) a single copy of the maturation protein binds the genomic RNA (gRNA) and is required for attachment of the phage to the host pilus. For the canonical Qβ the maturation protein, A, has an additional role as the lysis protein, by its ability to bind and inhibit MurA, which is involved in peptidoglycan biosynthesis. Here, we determined structures of Qβ virions, virus-like particles, and the Qβ-MurA complex using single-particle cryoelectron microscopy, at 4.7-Å, 3.3-Å, and 6.1-Å resolutions, respectively. We identified the outer surface of the β-region in A as the MurA-binding interface. Moreover, the pattern of MurA mutations that block Qβ lysis and the conformational changes of MurA that facilitate A binding were found to be due to the intimate fit between A and the region encompassing the closed catalytic cleft of substrate-liganded MurA. Additionally, by comparing the Qβ virion with Qβ virus-like particles that lack a maturation protein, we observed a structural rearrangement in the capsid coat proteins that is required to package the viral gRNA in its dominant conformation. Unexpectedly, we found a coat protein dimer sequestered in the interior of the virion. This coat protein dimer binds to the gRNA and interacts with the buried α-region of A, suggesting that it is sequestered during the early stage of capsid formation to promote the gRNA condensation required for genome packaging. These internalized coat proteins are the most asymmetrically arranged major capsid proteins yet observed in virus structures. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vlz.cif.gz | 2.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vlz.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 5vlz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5vlz_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5vlz_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5vlz_validation.xml.gz | 350.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5vlz_validation.cif.gz | 634.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/5vlz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/5vlz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14268.071 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia phage Qbeta (ファージ) / 参照: UniProt: P03615 #2: タンパク質 | | 分子量: 48613.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia phage Qbeta (ファージ) / 参照: UniProt: Q8LTE2 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Enterobacteria phage Qbeta / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Enterobacteria phage Qbeta (ファージ) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K 詳細: Blotted for 6s, Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III) |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 3200FSC |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 30000 X |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 1 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 46471 / 対称性のタイプ: POINT |