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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vf3 | ||||||||||||
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タイトル | Bacteriophage T4 isometric capsid | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / Bacteriophage T4 / isometric head / virus capsid assembly / triangulation numbers / size-determining mutations / capsid stabilization / capsid decoration proteins | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Chen, Z. / Sun, L. / Zhang, Z. / Fokine, A. / Padilla-Sanchez, V. / Hanein, D. / Jiang, W. / Rossmann, M.G. / Rao, V.B. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017 タイトル: Cryo-EM structure of the bacteriophage T4 isometric head at 3.3-Å resolution and its relevance to the assembly of icosahedral viruses. 著者: Zhenguo Chen / Lei Sun / Zhihong Zhang / Andrei Fokine / Victor Padilla-Sanchez / Dorit Hanein / Wen Jiang / Michael G Rossmann / Venigalla B Rao / 要旨: The 3.3-Å cryo-EM structure of the 860-Å-diameter isometric mutant bacteriophage T4 capsid has been determined. WT T4 has a prolate capsid characterized by triangulation numbers (T numbers) T = 13 ...The 3.3-Å cryo-EM structure of the 860-Å-diameter isometric mutant bacteriophage T4 capsid has been determined. WT T4 has a prolate capsid characterized by triangulation numbers (T numbers) T = 13 for end caps and T = 20 for midsection. A mutation in the major capsid protein, gp23, produced T=13 icosahedral capsids. The capsid is stabilized by 660 copies of the outer capsid protein, Soc, which clamp adjacent gp23 hexamers. The occupancies of Soc molecules are proportional to the size of the angle between the planes of adjacent hexameric capsomers. The angle between adjacent hexameric capsomers is greatest around the fivefold vertices, where there is the largest deviation from a planar hexagonal array. Thus, the Soc molecules reinforce the structure where there is the greatest strain in the gp23 hexagonal lattice. Mutations that change the angles between adjacent capsomers affect the positions of the pentameric vertices, resulting in different triangulation numbers in bacteriophage T4. The analysis of the T4 mutant head assembly gives guidance to how other icosahedral viruses reproducibly assemble into capsids with a predetermined T number, although the influence of scaffolding proteins is also important. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vf3.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vf3.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vf3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5vf3_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5vf3_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5vf3_validation.xml.gz | 192.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5vf3_validation.cif.gz | 286.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/5vf3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vf/5vf3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
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| x 5
4 |
| x 6
5 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45838.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / 参照: UniProt: P19896 | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 48728.863 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / 参照: UniProt: P04535 #3: タンパク質 | 分子量: 9085.095 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / 参照: UniProt: P03715 #4: タンパク質 | | 分子量: 40416.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / 参照: UniProt: P18056 #5: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1294.587 Da / 分子数: 1 / Fragment: unidentified segment / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 2D ARRAY / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Enterobacteria phage T4 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Enterobacteria phage T4 (ファージ) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Escherichia coli |
ウイルス殻 | 名称: gp23*-gp24*-Soc-Hoc / 直径: 860 nm / 三角数 (T数): 13 |
緩衝液 | pH: 7 詳細: 50 mM sodium phosphate, pH 7.0, 75 mM sodium chloride, 1 mM magnesium chloride |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: High-purity sample, volume = 50 uL, 10^12 particles |
試料支持 | 詳細: glow discharge for 60 seconds with 30 mA current / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Ted Pella |
急速凍結 | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: Blot for 8 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Data collection by Leginon |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 18000 X / 倍率(補正後): 18000 X / 最大 デフォーカス(公称値): -3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -1000 nm / Calibrated defocus min: -800 nm / 最大 デフォーカス(補正後): -3500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER / 最高温度: 100 K / 最低温度: 90 K / Residual tilt: 0.5 mradians |
撮影 | 平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 26 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3000 詳細: Images were collected in super-resolution mode at 40 frames per second. |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 2 µm / 横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 75 / 利用したフレーム数/画像: 3-22 |
-解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: The selected images were gain-normalized. | |||||||||||||||
CTF補正 | 詳細: CTF amplitude correction was performed during 3D reconstruction. タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | |||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 19000 詳細: Approximately 1000 manually-picked particles were used for 2D classification. Templates were then generated from these 2D classes and used for automated particle picking. | |||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | |||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 18000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE 詳細: Independent refinement of even/odd map, gold standard クラス平均像の数: 60 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL |