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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5uk2 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of an influenza virus receptor-binding site antibody-antigen interface - Class 4 | |||||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / viral glycoprotein / hemagglutinin / antibody fragment / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | |||||||||
![]() | Liu, Y. / Pan, J. / Caradonna, T. / Jenni, S. / Raymond, D.D. / Schmidt, A.G. / Harrison, S.C. / Grigorieff, N. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: CryoEM Structure of an Influenza Virus Receptor-Binding Site Antibody-Antigen Interface. 著者: Yuhang Liu / Junhua Pan / Simon Jenni / Donald D Raymond / Tim Caradonna / Khoi T Do / Aaron G Schmidt / Stephen C Harrison / Nikolaus Grigorieff / ![]() 要旨: Structure-based vaccine design depends on extensive structural analyses of antigen-antibody complexes.Single-particle electron cryomicroscopy (cryoEM) can circumvent some of the problems of x-ray ...Structure-based vaccine design depends on extensive structural analyses of antigen-antibody complexes.Single-particle electron cryomicroscopy (cryoEM) can circumvent some of the problems of x-ray crystallography as a pipeline for obtaining the required structures. We have examined the potential of single-particle cryoEM for determining the structure of influenza-virus hemagglutinin (HA):single-chain variable-domain fragment complexes, by studying a complex we failed to crystallize in pursuing an extended project on the human immune response to influenza vaccines.The result shows that a combination of cryoEM and molecular modeling can yield details of the antigen-antibody interface, although small variation in the twist of the rod-likeHA trimer limited the overall resolution to about 4.5Å.Comparison of principal 3D classes suggests ways to modify the HA trimer to overcome this limitation. A closely related antibody from the same donor did yield crystals when bound with the same HA, giving us an independent validation of the cryoEM results.The two structures also augment our understanding of receptor-binding site recognition by antibodies that neutralize a wide range of influenza-virus variants. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 706.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 601.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 65.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 96.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Hemagglutinin ... , 2種, 6分子 ACEBDF
#1: タンパク質 | 分子量: 36024.344 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 18-339 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: A/Solomon Islands/3/2006(H1N1) / 遺伝子: HA / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): HI-5 / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 19841.041 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 344-516 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: A/Solomon Islands/3/2006(H1N1) / 遺伝子: HA / プラスミド: pFASTBAC / 細胞株 (発現宿主): HI-5 / 発現宿主: ![]() |
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-抗体 , 1種, 3分子 GHI
#3: 抗体 | 分子量: 27629.385 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-糖 , 3種, 24分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#4: 多糖 | #5: 多糖 | #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Influenza-virus hemagglutinin H1 complexed with K1915 single-chain variable-domain fragment タイプ: COMPLEX 詳細: The complex consists of three hemagglutinin head domains bound to three single-chain variable-domain fragments. Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.32 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 詳細: Beta-octylglucoside was added to a final concentration of 0.07% w/v to induce more variable particle orientations. |
試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 18000 X / 倍率(補正後): 30444 X / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 9000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 70 K / 最低温度: 70 K |
撮影 | 平均露光時間: 13 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10281 詳細: The exposure rate was 8 electrons/physical pixel/second. |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 2.5 µm / 横: 7676 / 縦: 7420 / 動画フレーム数/画像: 38 / 利用したフレーム数/画像: 1-38 |
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解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: The particle images were normalized to have constant variance and zero average. Movies were processed using Unblur. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 252130 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 142314 / アルゴリズム: FOURIER SPACE 詳細: Refinement and classification were limited to 10 Angstrom resolution. クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient 詳細: Domains were initially placed manually using Chimera. The HA trimer was from PDB ID 5UGY. Fab was initially obtained using MODELLER, with PDB ID 4K8R as template. The structure was refined using PHENIX. |