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- PDB-5tzs: Architecture of the yeast small subunit processome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tzs
タイトルArchitecture of the yeast small subunit processome
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 12
  • (Beta-propeller ...) x 3
  • (Kre33) x 2
  • (Nop1) x 2
  • (Repeat protein ...) x 2
  • 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
  • 18S ribosomal RNA
  • 3' domain-associated
  • 5' domain-associated
  • 5' external transcribed spacer
  • Bms1,Ribosome biogenesis protein BMS1,Bms1,Ribosome biogenesis protein BMS1
  • Enp2
  • Imp3
  • Imp4
  • Nop56
  • Nop58
  • RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
  • Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
  • Ribosomal RNA-processing protein 9
  • U3 small nucleolar RNA-associated protein 21,Utp21
  • U3 snoRNA
  • Unassigned KH domain
  • Unassigned RNA helices
  • Unassigned protein helices
  • Utp1
  • Utp12
  • Utp13
  • Utp17
  • Utp18
  • Utp20
  • Utp24
  • Utp30
  • Utp4
  • Utp6
  • UtpA_CTD1
  • UtpA_CTD2
  • UtpA_CTD4
キーワードTRANSLATION / Ribosome assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1 / nuclear microtubule / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / regulation of rRNA processing / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1 / nuclear microtubule / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / regulation of rRNA processing / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / U4/U6 snRNP / rRNA base methylation / U4 snRNA binding / box C/D methylation guide snoRNP complex / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / rRNA methylation / U4 snRNP / U3 snoRNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / snoRNA binding / precatalytic spliceosome / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / spliceosomal complex assembly / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / 90S preribosome / regulation of translational fidelity / ribosomal subunit export from nucleus / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / enzyme activator activity / RNA endonuclease activity / nuclear periphery / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / translational initiation / spliceosomal complex / maintenance of translational fidelity / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like, conserved site / Ribosome biogenesis protein Bms1, N-terminal / RNA 3'-terminal phosphate cyclase signature. / Ribosomal RNA-processing protein Rrp9-like / Small-subunit processome, Utp21 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase type 2 / Utp21 specific WD40 associated putative domain / Ribosomal biogenesis, methyltransferase, EMG1/NEP1 / EMG1/NEP1 methyltransferase / RNA 3'-terminal phosphate cyclase ...RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like, conserved site / Ribosome biogenesis protein Bms1, N-terminal / RNA 3'-terminal phosphate cyclase signature. / Ribosomal RNA-processing protein Rrp9-like / Small-subunit processome, Utp21 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase type 2 / Utp21 specific WD40 associated putative domain / Ribosomal biogenesis, methyltransferase, EMG1/NEP1 / EMG1/NEP1 methyltransferase / RNA 3'-terminal phosphate cyclase / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase / RNA 3'-terminal phosphate cyclase (RTC), insert domain / Ribosome biogenesis protein BMS1/TSR1, C-terminal / AARP2CN / Bms1/Tsr1-type G domain / Ribosome biogenesis protein Bms1/Tsr1 / 40S ribosome biogenesis protein Tsr1 and BMS1 C-terminal / AARP2CN (NUC121) domain / Bms1-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / AARP2CN (NUC121) domain / Protein of unknown function (DUF663) / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / : / Ribosomal protein S7e signature. / : / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / : / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / ATPase, AAA-type, core / 50S ribosomal protein L30e-like / : / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S9, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein uS8A ...: / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Small ribosomal subunit protein uS9A / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS7A / 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1 / Ribosomal RNA-processing protein 9 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein / Ribosome biogenesis protein BMS1 / Small ribosomal subunit protein eS28A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.1 Å
データ登録者Chaker-Margot, M. / Barandun, J. / Hunziker, M. / Klinge, S.
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Architecture of the yeast small subunit processome.
著者: Malik Chaker-Margot / Jonas Barandun / Mirjam Hunziker / Sebastian Klinge /
要旨: The small subunit (SSU) processome, a large ribonucleoprotein particle, organizes the assembly of the eukaryotic small ribosomal subunit by coordinating the folding, cleavage, and modification of ...The small subunit (SSU) processome, a large ribonucleoprotein particle, organizes the assembly of the eukaryotic small ribosomal subunit by coordinating the folding, cleavage, and modification of nascent pre-ribosomal RNA (rRNA). Here, we present the cryo-electron microscopy structure of the yeast SSU processome at 5.1-angstrom resolution. The structure reveals how large ribosome biogenesis complexes assist the 5' external transcribed spacer and U3 small nucleolar RNA in providing an intertwined RNA-protein assembly platform for the separate maturation of 18S rRNA domains. The strategic placement of a molecular motor at the center of the particle further suggests a mechanism for mediating conformational changes within this giant particle. This study provides a structural framework for a mechanistic understanding of eukaryotic ribosome assembly in the model organism Saccharomyces cerevisiae.
履歴
登録2016年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月11日Group: Database references
改定 1.22017年1月25日Group: Database references
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.name
改定 2.02024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_entity_assembly / entity / entity_poly / entity_src_nat / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_entity_assembly.entity_id_list / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_src_nat.common_name / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8473
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
0: 5' external transcribed spacer
1: 18S ribosomal RNA
2: U3 snoRNA
3: 40S ribosomal protein S6-A
5: 40S ribosomal protein S4-A
6: 40S ribosomal protein S5
7: 40S ribosomal protein S7-A
8: 40S ribosomal protein S8-A
9: 40S ribosomal protein S9-A
A: 5' domain-associated
B: 3' domain-associated
C: 40S ribosomal protein S16-A
D: 40S ribosomal protein S11-A
E: 40S ribosomal protein S22-A
F: 40S ribosomal protein S24-A
G: 40S ribosomal protein S28-A
H: Utp4
I: UtpA_CTD1
J: UtpA_CTD2
K: UtpA_CTD2
M: Beta-propeller 2
N: Utp17
O: Utp1
P: Utp6
Q: Utp12
R: Utp13
S: Utp18
T: U3 small nucleolar RNA-associated protein 21,Utp21
U: Beta-propeller 5
V: Enp2
W: UtpA_CTD4
X: Kre33
Y: Kre33
Z: Imp3
a: Nop56
b: Nop58
c: Nop1
d: Nop1
e: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
f: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
g: Ribosomal RNA-processing protein 9
h: RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
i: Bms1,Ribosome biogenesis protein BMS1,Bms1,Ribosome biogenesis protein BMS1
j: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
k: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
l: Utp24
m: Imp4
n: Utp30
o: Unassigned KH domain
p: Utp20
q: Repeat protein 2
r: 40S ribosomal protein S23-A
s: Beta-propeller 1
t: Beta-propeller 1
u: Beta-propeller 1
v: Repeat protein 1
y: Unassigned protein helices
z: Unassigned RNA helices


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,258,55158
ポリマ－2,258,55158
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 012

#1: RNA鎖 5' external transcribed spacer


分子量: 72801.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#2: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 579761.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: GenBank: 831416138
#3: RNA鎖 U3 snoRNA


分子量: 37614.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

-
40S ribosomal protein ... , 12種, 12分子 356789CDEFGr

#4: タンパク質 40S ribosomal protein S6-A / RP9 / S10 / YS4


分子量: 27054.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX37
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S4-A / RP5 / S7 / YS6


分子量: 29469.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX35
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / RP14 / S2 / YS8


分子量: 25072.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P26783
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S7-A / RP30 / RP40


分子量: 21658.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P26786
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S8-A / RP19 / S14 / YS9


分子量: 22537.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX39
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S9-A / RP21 / S13 / YP28 / YS11


分子量: 22487.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: O13516
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S16-A / RP61R


分子量: 15877.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX51
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S11-A / RP41 / S18 / YS12


分子量: 17785.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX47
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S22-A / RP50 / S24 / YP58 / YS22


分子量: 14650.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0C0W1
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S24-A / RP50


分子量: 15362.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX31
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S28-A / S33 / YS27


分子量: 7619.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: Q3E7X9
#49: タンパク質 40S ribosomal protein S23-A / RP37 / S28 / YS14


分子量: 16073.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX29

-
DNA鎖 , 3種, 3分子 ABz

#10: DNA鎖 5' domain-associated


分子量: 7602.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#11: DNA鎖 3' domain-associated


分子量: 21133.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#53: DNA鎖 Unassigned RNA helices


分子量: 14858.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

+
タンパク質 , 30種, 33分子 HIJKNOPQRSTVWXYZabcdefghijklmn...

#17: タンパク質 Utp4


分子量: 46315.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#18: タンパク質 UtpA_CTD1


分子量: 14996.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#19: タンパク質 UtpA_CTD2


分子量: 9124.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#21: タンパク質 Utp17


分子量: 46400.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#22: タンパク質 Utp1


分子量: 54315.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#23: タンパク質 Utp6


分子量: 26059.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#24: タンパク質 Utp12


分子量: 60442.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#25: タンパク質 Utp13


分子量: 61038.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#26: タンパク質 Utp18


分子量: 21294.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#27: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 21,Utp21 / U3 snoRNA-associated protein 21 / U three protein 21


分子量: 83438.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母), (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
参照: UniProt: Q06078
#29: タンパク質 Enp2


分子量: 22400.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#30: タンパク質 UtpA_CTD4


分子量: 8868.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#31: タンパク質 Kre33


分子量: 54485.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#32: タンパク質 Kre33


分子量: 54570.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#33: タンパク質 Imp3


分子量: 12868.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#34: タンパク質 Nop56


分子量: 26570.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#35: タンパク質 Nop58


分子量: 29038.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#36: タンパク質 Nop1


分子量: 18826.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#37: タンパク質 Nop1


分子量: 18400.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#38: タンパク質 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein 1


分子量: 13582.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: P39990
#39: タンパク質 Ribosomal RNA-processing protein 9


分子量: 65146.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: Q06506
#40: タンパク質 RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein


分子量: 40220.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: Q08096
#41: タンパク質 Bms1,Ribosome biogenesis protein BMS1,Bms1,Ribosome biogenesis protein BMS1


分子量: 46598.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母), (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: Q08965
#42: タンパク質 Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1 / 18S rRNA (pseudouridine(1189)-N1)-methyltransferase / 18S rRNA Psi1189 methyltransferase / ...18S rRNA (pseudouridine(1189)-N1)-methyltransferase / 18S rRNA Psi1189 methyltransferase / Essential for mitotic growth protein 1 / Nucleolar essential protein 1


分子量: 27936.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
参照: UniProt: Q06287, rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1
#43: タンパク質 Utp24


分子量: 10571.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#44: タンパク質 Imp4


分子量: 13294.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#45: タンパク質 Utp30


分子量: 13634.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#46: タンパク質 Unassigned KH domain


分子量: 14911.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#47: タンパク質 Utp20


分子量: 78654.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#52: タンパク質 Unassigned protein helices


分子量: 43166.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

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Beta-propeller ... , 3種, 5分子 MUstu

#20: タンパク質 Beta-propeller 2


分子量: 21974.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#28: タンパク質 Beta-propeller 5


分子量: 24187.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#50: タンパク質 Beta-propeller 1


分子量: 24698.311 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

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Repeat protein ... , 2種, 2分子 qv

#48: タンパク質 Repeat protein 2


分子量: 31676.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#51: タンパク質 Repeat protein 1


分子量: 49378.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Small subunit processome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
緩衝液pH: 7.7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
250 mMTris(HOCH2)3CNH21
31 mMEDTA1
45 mMbiotin1
50.03 %Triton X-1001
試料濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Ted Pella Inc.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K
詳細: Incubated 10 seconds on the grid before blotting (blot time 2.0 seconds, blot force 0) and freezing.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 22500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 80 K / 最低温度: 78 K
撮影平均露光時間: 0.25 sec. / 電子線照射量: 1.56 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1714
画像スキャン横: 7420 / 縦: 7676 / 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 3-16

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2粒子像選択
2SerialEM3.5画像取得
4CTFFIND4.0.17CTF補正
7PHENIX1.10-2155モデルフィッティング
8CootCCP4-7.0モデルフィッティング
10PHENIX1.10-2155モデル精密化
11RELION2初期オイラー角割当
12RELION2最終オイラー角割当
13RELION2分類
14RELION2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 79414
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 5.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 33813 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 300 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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