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- PDB-5tx1: Cryo-Electron microscopy structure of species-D human adenovirus 26 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tx1
タイトルCryo-Electron microscopy structure of species-D human adenovirus 26
要素
  • Fiber
  • Hexon protein
  • PIIIa
  • PIX
  • PVI
  • PVIII
  • Penton
  • Unknown
キーワードVIRUS / human adenovirus 26 / hexon / penton base / minor proteins
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / hexon binding / viral release from host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell ...viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / hexon binding / viral release from host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell / viral capsid / host cell cytoplasm / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Adenovirus Pll, hexon, subdomain 3 / Pre-hexon-linking protein IIIa / Hexon-associated protein IX / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Minor capsid protein VI / Minor capsid protein VI / Adenovirus hexon protein / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal ...Adenovirus Pll, hexon, subdomain 3 / Pre-hexon-linking protein IIIa / Hexon-associated protein IX / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Minor capsid protein VI / Minor capsid protein VI / Adenovirus hexon protein / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 2 / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain / Hexon, adenovirus major coat protein, C-terminal domain / Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII
類似検索 - ドメイン・相同性
Hexon-interlacing protein / Pre-hexon-linking protein IIIa / Penton protein / Pre-protein VI / Pre-hexon-linking protein VIII / Fiber / Hexon protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Reddy, V. / Yu, X. / Veesler, D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI070771 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI103692 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM structure of human adenovirus D26 reveals the conservation of structural organization among human adenoviruses.
著者: Xiaodi Yu / David Veesler / Melody G Campbell / Mary E Barry / Francisco J Asturias / Michael A Barry / Vijay S Reddy /
要旨: Human adenoviruses (HAdVs) cause acute respiratory, ocular, and gastroenteric diseases and are also frequently used as gene and vaccine delivery vectors. Unlike the archetype human adenovirus C5 ...Human adenoviruses (HAdVs) cause acute respiratory, ocular, and gastroenteric diseases and are also frequently used as gene and vaccine delivery vectors. Unlike the archetype human adenovirus C5 (HAdV-C5), human adenovirus D26 (HAdV-D26) belongs to species-D HAdVs, which target different cellular receptors, and is differentially recognized by immune surveillance mechanisms. HAdV-D26 is being championed as a lower seroprevalent vaccine and oncolytic vector in preclinical and human clinical studies. To understand the molecular basis for their distinct biological properties and independently validate the structures of minor proteins, we determined the first structure of species-D HAdV at 3.7 Å resolution by cryo-electron microscopy. All the hexon hypervariable regions (HVRs), including HVR1, have been identified and exhibit a distinct organization compared to those of HAdV-C5. Despite the differences in the arrangement of helices in the coiled-coil structures, protein IX molecules form a continuous hexagonal network on the capsid exterior. In addition to the structurally conserved region (3 to 300) of IIIa, we identified an extra helical domain comprising residues 314 to 390 that further stabilizes the vertex region. Multiple (two to three) copies of the cleaved amino-terminal fragment of protein VI (pVIn) are observed in each hexon cavity, suggesting that there could be ≥480 copies of VI present in HAdV-D26. In addition, a localized asymmetric reconstruction of the vertex region provides new details of the three-pronged "claw hold" of the trimeric fiber and its interactions with the penton base. These observations resolve the previous conflicting assignments of the minor proteins and suggest the likely conservation of their organization across different HAdVs.
履歴
登録2016年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_software / pdbx_audit_support
Item: _em_software.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: em_sample_support / Item: _em_sample_support.grid_type
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
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  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-8471
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8471
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hexon protein
B: Hexon protein
C: Hexon protein
D: Hexon protein
E: Hexon protein
F: Hexon protein
G: Hexon protein
H: Hexon protein
I: Hexon protein
J: Hexon protein
K: Hexon protein
L: Hexon protein
N: Penton
O: Fiber
M: PIIIa
P: PIX
Q: PIX
R: PIX
S: PIX
U: PVIII
V: PVIII
1: PVI
2: PVI
3: PVI
4: PVI
5: PVI
6: PVI
7: PVI
8: PVI
9: PVI
X: Unknown
Y: Unknown
Z: Unknown


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,525,57633
ポリマ－1,525,57633
非ポリマー00
水00
1
A: Hexon protein
B: Hexon protein
C: Hexon protein
D: Hexon protein
E: Hexon protein
F: Hexon protein
G: Hexon protein
H: Hexon protein
I: Hexon protein
J: Hexon protein
K: Hexon protein
L: Hexon protein
N: Penton
O: Fiber
M: PIIIa
P: PIX
Q: PIX
R: PIX
S: PIX
U: PVIII
V: PVIII
1: PVI
2: PVI
3: PVI
4: PVI
5: PVI
6: PVI
7: PVI
8: PVI
9: PVI
X: Unknown
Y: Unknown
Z: Unknown
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,534,5341980
ポリマ－91,534,5341980
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Hexon protein
B: Hexon protein
C: Hexon protein
D: Hexon protein
E: Hexon protein
F: Hexon protein
G: Hexon protein
H: Hexon protein
I: Hexon protein
J: Hexon protein
K: Hexon protein
L: Hexon protein
N: Penton
O: Fiber
M: PIIIa
P: PIX
Q: PIX
R: PIX
S: PIX
U: PVIII
V: PVIII
1: PVI
2: PVI
3: PVI
4: PVI
5: PVI
6: PVI
7: PVI
8: PVI
9: PVI
X: Unknown
Y: Unknown
Z: Unknown
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 7.63 MDa, 165 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,627,878165
ポリマ－7,627,878165
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Hexon protein
B: Hexon protein
C: Hexon protein
D: Hexon protein
E: Hexon protein
F: Hexon protein
G: Hexon protein
H: Hexon protein
I: Hexon protein
J: Hexon protein
K: Hexon protein
L: Hexon protein
N: Penton
O: Fiber
M: PIIIa
P: PIX
Q: PIX
R: PIX
S: PIX
U: PVIII
V: PVIII
1: PVI
2: PVI
3: PVI
4: PVI
5: PVI
6: PVI
7: PVI
8: PVI
9: PVI
X: Unknown
Y: Unknown
Z: Unknown
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 9.15 MDa, 198 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,153,453198
ポリマ－9,153,453198
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

-
タンパク質 , 5種, 20分子 ABCDEFGHIJKLNMPQRSUV

#1: タンパク質
Hexon protein / CP-H / Protein II


分子量: 107218.703 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス)
参照: UniProt: Q3S8B3
#2: タンパク質 Penton / Penton base


分子量: 56312.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス)
参照: UniProt: A4ZKL2
#4: タンパク質 PIIIa / Protein IIIa


分子量: 43148.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス)
参照: UniProt: A4ZKL1
#5: タンパク質
PIX / Protein IX


分子量: 13800.377 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス)
参照: UniProt: A4ZKK7
#6: タンパク質 PVIII / Protein VIII


分子量: 24633.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス)
参照: UniProt: A4ZKM0

-
タンパク質・ペプチド , 3種, 13分子 O123456789XYZ

#3: タンパク質・ペプチド Fiber


分子量: 2276.526 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス)
参照: UniProt: A4ZKM1
#7: タンパク質・ペプチド
PVI / Protein VI


分子量: 3348.683 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス)
参照: UniProt: A4ZKL5
#8: タンパク質・ペプチド Unknown


分子量: 869.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス)

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Human adenovirus 26 / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#10 / 由来: NATURAL
分子量値: 150 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Human adenovirus 26 (ヒトアデノウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
ウイルス殻名称: Adenovirus / 直径: 950 nm / 三角数 (T数): 25
緩衝液pH: 8.1 / 詳細: 40 mM Tris, pH 8.1, 300 mM NaCl, 10 mM CaCl2
試料濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Virus particles
試料支持詳細: 20mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 298 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 倍率（公称値）: 22500 X / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 70 K / 最低温度: 70 K
撮影平均露光時間: 7.6 sec. / 電子線照射量: 1.4 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2000
画像スキャン動画フレーム数/画像: 38

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFIND33CTF補正
7Oモデルフィッティング
12FREALIGN9.11３次元再構成
13CNSモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 20000
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19000 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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