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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5oa1 | ||||||
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タイトル | RNA polymerase I pre-initiation complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / RNA polymerase I / pre-initiation complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase I transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I core factor complex / RNA polymerase I core binding / rDNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA ...RNA polymerase I transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I core factor complex / RNA polymerase I core binding / rDNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / regulation of cell size / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / termination of RNA polymerase III transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / termination of RNA polymerase I transcription / RNA polymerase III activity / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase III / Dual incision in TC-NER / transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / RNA polymerase II, core complex / TBP-class protein binding / promoter-specific chromatin binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / ribosome biogenesis / peroxisome / nucleic acid binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / protein dimerization activity / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | ||||||
データ登録者 | Sadian, Y. / Tafur, L. / Kosinski, J. / Jakobi, A.J. / Muller, C.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2017 タイトル: Structural insights into transcription initiation by yeast RNA polymerase I. 著者: Yashar Sadian / Lucas Tafur / Jan Kosinski / Arjen J Jakobi / Rene Wetzel / Katarzyna Buczak / Wim Jh Hagen / Martin Beck / Carsten Sachse / Christoph W Müller / 要旨: In eukaryotic cells, RNA polymerase I (Pol I) synthesizes precursor ribosomal RNA (pre-rRNA) that is subsequently processed into mature rRNA. To initiate transcription, Pol I requires the assembly of ...In eukaryotic cells, RNA polymerase I (Pol I) synthesizes precursor ribosomal RNA (pre-rRNA) that is subsequently processed into mature rRNA. To initiate transcription, Pol I requires the assembly of a multi-subunit pre-initiation complex (PIC) at the ribosomal RNA promoter. In yeast, the minimal PIC includes Pol I, the transcription factor Rrn3, and Core Factor (CF) composed of subunits Rrn6, Rrn7, and Rrn11. Here, we present the cryo-EM structure of the 18-subunit yeast Pol I PIC bound to a transcription scaffold. The cryo-EM map reveals an unexpected arrangement of the DNA and CF subunits relative to Pol I. The upstream DNA is positioned differently than in any previous structures of the Pol II PIC. Furthermore, the TFIIB-related subunit Rrn7 also occupies a different location compared to the Pol II PIC although it uses similar interfaces as TFIIB to contact DNA. Our results show that although general features of eukaryotic transcription initiation are conserved, Pol I and Pol II use them differently in their respective transcription initiation complexes. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | 5oa1.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5oa1.ent.gz | 882.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5oa1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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-検証レポート
文書・要旨 | 5oa1_validation.pdf.gz | 913.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5oa1_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5oa1_validation.xml.gz | 161.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5oa1_validation.cif.gz | 246.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/5oa1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/5oa1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase I subunit ... , 7種, 7分子 ABDGIMN
#1: タンパク質 | 分子量: 186676.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P10964, DNA-directed RNA polymerase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 135910.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P22138, DNA-directed RNA polymerase |
#4: タンパク質 | 分子量: 14599.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P50106 |
#7: タンパク質 | 分子量: 36264.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P46669 |
#9: タンパク質 | 分子量: 13676.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P32529 |
#13: タンパク質 | 分子量: 46721.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: Q01080 |
#14: タンパク質 | 分子量: 26933.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P47006 |
-DNA-directed RNA polymerases I and III subunit ... , 2種, 2分子 CK
#3: タンパク質 | 分子量: 37732.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P07703 |
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#11: タンパク質 | 分子量: 16167.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P28000 |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL
#5: タンパク質 | 分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P20434 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P20435 |
#8: タンパク質 | 分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P20436 |
#10: タンパク質 | 分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P22139 |
#12: タンパク質 | 分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P40422 |
-RNA polymerase I-specific transcription initiation factor ... , 4種, 4分子 OUVW
#15: タンパク質 | 分子量: 72458.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P36070 |
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#18: タンパク質 | 分子量: 60435.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: RRN7, YJL025W, J1273 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40992 |
#19: タンパク質 | 分子量: 102163.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: RRN6, YBL014C, YBL0311, YBL0312 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32786 |
#20: タンパク質 | 分子量: 59334.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: RRN11, YML043C, YM9827.09C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04712 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 ST
#16: DNA鎖 | 分子量: 22000.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) |
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#17: DNA鎖 | 分子量: 21216.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) |
-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA-ALA- ... , 10種, 12分子 1245Q687PZYR
#21: タンパク質・ペプチド | 分子量: 942.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
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#22: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1368.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
#24: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1723.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
#25: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1155.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #26: タンパク質・ペプチド | 分子量: 728.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #27: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1794.960 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #28: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1581.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #29: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1084.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #30: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 870.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #31: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1937.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 9分子 39
#23: タンパク質・ペプチド | 分子量: 657.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #32: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 38589 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT 詳細: PLEASE NOTE: This entry represents a model built based on a 4.4 Angstrom cryo-EM map. Due to the limited resolution, the sequence in several regions of Rrn6, Rrn7, and Rrn11 subunits is only ...詳細: PLEASE NOTE: This entry represents a model built based on a 4.4 Angstrom cryo-EM map. Due to the limited resolution, the sequence in several regions of Rrn6, Rrn7, and Rrn11 subunits is only tentatively assigned and may contain sequence register shifts. To account for these uncertainties, the coordinates of the Core Factor subunits Rrn6, Rrn7, and Rrn11 subunits in this entry only contain backbone atoms and unassigned helices located in the EM density are built as poly-alanines. For more details regarding the model and its limitations please refer to the publication (Sadian et al., EMBO J, 2017) associated with this entry. |