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- PDB-5o9z: Cryo-EM structure of a pre-catalytic human spliceosome primed for... -

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データベース: PDB / ID: 5o9z
タイトルCryo-EM structure of a pre-catalytic human spliceosome primed for activation (B complex)
要素
  • (Homo sapiens ...) x 3
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...) x 6
  • (Splicing factor 3B subunit ...) x 3
  • (U2 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • (U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 3
  • (U5 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • (U6 snRNA-associated Sm-like protein ...) x 7
  • 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
  • Human gene for small nuclear RNA U2 (snRNA U2)
  • MINX pre-mRNA
  • Microfibrillar-associated protein 1
  • NHP2-like protein 1
  • PHD finger-like domain-containing protein 5A
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase H
  • Pre-mRNA-processing factor 6
  • Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
  • Pre-mRNA-splicing factor 38A
  • Protein Red
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
  • Thioredoxin-like protein 4A
  • U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1
  • WD40 repeat-containing protein SMU1
  • WW domain-binding protein 4
  • Zinc finger matrin-type protein 2
キーワードSPLICING / Spliceosome / pre-mRNA splicing / macromolecular complex
機能・相同性
機能・相同性情報


microfibril / Lsm2-8 complex / U6 snRNA 3'-end binding / spliceosomal snRNP complex / ribonucleoprotein complex localization / U4atac snRNP / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / maturation of 5S rRNA / RNA localization / U4atac snRNA binding ...microfibril / Lsm2-8 complex / U6 snRNA 3'-end binding / spliceosomal snRNP complex / ribonucleoprotein complex localization / U4atac snRNP / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / maturation of 5S rRNA / RNA localization / U4atac snRNA binding / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / box C/D sno(s)RNA binding / U11/U12 snRNP / U6 snRNP / PH domain binding / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / dense fibrillar component / histone pre-mRNA 3'end processing complex / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / box C/D methylation guide snoRNP complex / B-WICH complex / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4/U6 snRNP / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / protein localization to kinetochore / 7-methylguanosine cap hypermethylation / RNA splicing, via transesterification reactions / U1 snRNP binding / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / methylosome / pICln-Sm protein complex / U2-type catalytic step 1 spliceosome / U4 snRNA binding / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex / splicing factor binding / SMN-Sm protein complex / P granule / proline-rich region binding / spliceosomal tri-snRNP complex / U2-type precatalytic spliceosome / telomerase holoenzyme complex / U2-type spliceosomal complex / telomerase RNA binding / commitment complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / box C/D snoRNP assembly / SAGA complex / U4 snRNP / U2 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / P-body assembly / U1 snRNP / U3 snoRNA binding / U2-type prespliceosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / tRNA processing / rRNA modification in the nucleus and cytosol / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / precatalytic spliceosome / cyclosporin A binding / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / spliceosomal complex assembly / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / regulation of RNA splicing / mRNA catabolic process / mRNA Splicing - Minor Pathway / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / MLL1 complex / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / single fertilization / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / spliceosomal snRNP assembly / RNA processing / ribonucleoprotein complex binding / positive regulation of viral genome replication / Cajal body / U1 snRNA binding / regulation of DNA repair / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / peptidylprolyl isomerase
類似検索 - 分子機能
Protein RED, C-terminal / RED-like, N-terminal / Protein Red-like / RED-like protein C-terminal region / RED-like protein N-terminal region / WD40 repeat-containing protein SMU1 / WW domain-binding protein 4 / Pre-mRNA-splicing factor 38, C-terminal / Pre-mRNA-splicing factor 38-associated hydrophilic C-term / Micro-fibrillar-associated protein 1, C-terminal ...Protein RED, C-terminal / RED-like, N-terminal / Protein Red-like / RED-like protein C-terminal region / RED-like protein N-terminal region / WD40 repeat-containing protein SMU1 / WW domain-binding protein 4 / Pre-mRNA-splicing factor 38, C-terminal / Pre-mRNA-splicing factor 38-associated hydrophilic C-term / Micro-fibrillar-associated protein 1, C-terminal / Microfibrillar-associated protein 1 / Microfibril-associated/Pre-mRNA processing / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component Snu23 / : / LisH-like dimerisation domain / Pre-mRNA-splicing factor 38 / PRP38 family / PRP4-like superfamily / pre-mRNA processing factor 4 (PRP4) like / C-terminal to LisH motif. / U1-C, C2H2-type zinc finger / U1 zinc finger / CTLH, C-terminal LisH motif / C-terminal to LisH (CTLH) motif profile. / SNU66/SART1 family / HIND motif / SART-1 family / HIND motif / Sm-like protein Lsm8 / PWI domain superfamily / PWI domain / PWI domain profile. / Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4)-like / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Sm-like protein Lsm4 / Splicing Factor Motif, present in Prp18 and Pr04 / Sm-like protein Lsm7 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm1/8 / Sm-like protein LSm5 / Sm-like protein Lsm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm3 / Pre-mRNA-splicing factor 3 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / pre-mRNA processing factor 3 domain / Prp31 C-terminal / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Prp31 C terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / PWI domain / PWI, domain in splicing factors / Dim1 family / Mitosis protein DIM1 / Mitosis protein DIM1 / PRP1 splicing factor, N-terminal / PRP1 splicing factor, N-terminal / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', RNA recognition motif 2 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', RNA recognition motif 1 / Splicing factor 3B, subunit 5 / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 1 / PHF5-like / PHF5-like protein / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / Splicing factor 3B subunit 1-like / : / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / Lissencephaly type-1-like homology motif / Small ribonucleoprotein associated, SmB/SmN / Zinc-finger double-stranded RNA-binding / Zinc finger, double-stranded RNA binding / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / NOSIC / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Small nuclear ribonucleoprotein D1 / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Winged Helix-turn-helix domain / Sec63 Brl domain / : / PPP2R1A-like HEAT repeat / Tetratricopeptide repeat / : / Leucine-rich repeat / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / Snu114, GTP-binding domain / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4 / U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 ...: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4 / U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase H / Splicing factor 3B subunit 1 / WW domain-binding protein 4 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Pre-mRNA-processing factor 6 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / Microfibrillar-associated protein 1 / NHP2-like protein 1 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein G / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Thioredoxin-like protein 4A / Protein Red / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Splicing factor 3B subunit 3 / WD40 repeat-containing protein SMU1 / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / PHD finger-like domain-containing protein 5A / Pre-mRNA-splicing factor 38A / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / Zinc finger matrin-type protein 2 / Splicing factor 3B subunit 5 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Bertram, K. / Kastner, B.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
German Research FoundationSFB 860 ドイツ
German Research FoundationLU294/15-1 ドイツ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM Structure of a Pre-catalytic Human Spliceosome Primed for Activation.
著者: Karl Bertram / Dmitry E Agafonov / Olexandr Dybkov / David Haselbach / Majety N Leelaram / Cindy L Will / Henning Urlaub / Berthold Kastner / Reinhard Lührmann / Holger Stark /
要旨: Little is known about the spliceosome's structure before its extensive remodeling into a catalytically active complex. Here, we report a 3D cryo-EM structure of a pre-catalytic human spliceosomal B ...Little is known about the spliceosome's structure before its extensive remodeling into a catalytically active complex. Here, we report a 3D cryo-EM structure of a pre-catalytic human spliceosomal B complex. The U2 snRNP-containing head domain is connected to the B complex main body via three main bridges. U4/U6.U5 tri-snRNP proteins, which are located in the main body, undergo significant rearrangements during tri-snRNP integration into the B complex. These include formation of a partially closed Prp8 conformation that creates, together with Dim1, a 5' splice site (ss) binding pocket, displacement of Sad1, and rearrangement of Brr2 such that it contacts its U4/U6 substrate and is poised for the subsequent spliceosome activation step. The molecular organization of several B-specific proteins suggests that they are involved in negatively regulating Brr2, positioning the U6/5'ss helix, and stabilizing the B complex structure. Our results indicate significant differences between the early activation phase of human and yeast spliceosomes.
履歴
登録2017年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02017年8月16日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02017年8月16日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02017年8月16日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02017年8月16日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32018年10月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.42025年7月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / struct_ref
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _struct_ref.db_name
改定 1.12025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: database_2 / em_admin / struct_ref
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _struct_ref.db_name

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構造の表示

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  • マップデータ: EMDB-3766
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
B: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
C: U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase
D: U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein
E: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3
F: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4
G: Pre-mRNA-processing factor 6
H: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31
I: Pre-mRNA-splicing factor 38A
J: Thioredoxin-like protein 4A
K: Microfibrillar-associated protein 1
L: WD40 repeat-containing protein SMU1
M: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase H
N: Zinc finger matrin-type protein 2
O: NHP2-like protein 1
P: U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1
Q: WW domain-binding protein 4
R: Protein Red
a: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
b: Small nuclear ribonucleoprotein F
c: Small nuclear ribonucleoprotein E
d: Small nuclear ribonucleoprotein G
e: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
f: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
g: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
h: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
i: Small nuclear ribonucleoprotein F
j: Small nuclear ribonucleoprotein E
k: Small nuclear ribonucleoprotein G
l: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
m: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
n: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
o: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
p: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
q: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
r: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
s: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
t: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
u: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8
v: Splicing factor 3B subunit 1
w: Splicing factor 3B subunit 3 (SF3B3)
x: Splicing factor 3B subunit 5
y: PHD finger-like domain-containing protein 5A
z: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
1: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''
S: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
T: Small nuclear ribonucleoprotein F
U: Small nuclear ribonucleoprotein E
V: Small nuclear ribonucleoprotein G
W: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
X: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
Z: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
Y: MINX pre-mRNA
2: Human gene for small nuclear RNA U2 (snRNA U2)
4: Homo sapiens U4A snRNA
5: Homo sapiens U5 A small nuclear RNA
6: Homo sapiens RNA, U6 small nuclear 1 (RNU6-1), small nuclear RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,389,15057
ポリマ－2,389,15057
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
手法PISA

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要素

-
タンパク質 , 15種, 17分子 ABGIJKLMNOPQRfmXy

#1: タンパク質 Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / 220 kDa U5 snRNP-specific protein / PRP8 homolog / Splicing factor Prp8 / p220


分子量: 273974.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P2Q9
#2: タンパク質 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Elongation factor Tu GTP-binding domain-containing protein 2 / SNU114 homolog / hSNU114 / U5 snRNP- ...Elongation factor Tu GTP-binding domain-containing protein 2 / SNU114 homolog / hSNU114 / U5 snRNP-specific protein / 116 kDa / U5-116 kDa


分子量: 109560.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15029
#7: タンパク質 Pre-mRNA-processing factor 6 / Androgen receptor N-terminal domain-transactivating protein 1 / ANT-1 / PRP6 homolog / U5 snRNP- ...Androgen receptor N-terminal domain-transactivating protein 1 / ANT-1 / PRP6 homolog / U5 snRNP-associated 102 kDa protein / U5-102 kDa protein


分子量: 107092.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O94906
#9: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 38A


分子量: 37563.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NAV1
#10: タンパク質 Thioredoxin-like protein 4A / DIM1 protein homolog / Spliceosomal U5 snRNP-specific 15 kDa protein / Thioredoxin-like U5 snRNP ...DIM1 protein homolog / Spliceosomal U5 snRNP-specific 15 kDa protein / Thioredoxin-like U5 snRNP protein U5-15kD


分子量: 16807.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P83876
#11: タンパク質 Microfibrillar-associated protein 1


分子量: 52050.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55081
#12: タンパク質 WD40 repeat-containing protein SMU1 / Smu-1 suppressor of mec-8 and unc-52 protein homolog


分子量: 57616.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2TAY7
#13: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase H / PPIase H / Rotamase H / Small nuclear ribonucleoprotein particle-specific cyclophilin H / CypH / U- ...PPIase H / Rotamase H / Small nuclear ribonucleoprotein particle-specific cyclophilin H / CypH / U-snRNP-associated cyclophilin SnuCyp-20 / USA-CYP


分子量: 19230.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43447, peptidylprolyl isomerase
#14: タンパク質 Zinc finger matrin-type protein 2


分子量: 23664.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96NC0
#15: タンパク質 NHP2-like protein 1 / High mobility group-like nuclear protein 2 homolog 1 / OTK27 / SNU13 homolog / hSNU13 / U4/U6.U5 ...High mobility group-like nuclear protein 2 homolog 1 / OTK27 / SNU13 homolog / hSNU13 / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein SNU13 / U4/U6.U5 tri-snRNP 15.5 kDa protein


分子量: 14191.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55769
#16: タンパク質 U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 / SNU66 homolog / hSnu66 / Squamous cell carcinoma antigen recognized by T-cells 1 / hSART-1 / U4/U6. ...SNU66 homolog / hSnu66 / Squamous cell carcinoma antigen recognized by T-cells 1 / hSART-1 / U4/U6.U5 tri-snRNP-associated 110 kDa protein


分子量: 90414.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43290
#17: タンパク質 WW domain-binding protein 4 / WBP-4 / Formin-binding protein 21 / WW domain-containing-binding protein 4


分子量: 42575.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75554
#18: タンパク質 Protein Red / Cytokine IK / IK factor / Protein RER


分子量: 65731.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13123
#24: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / snRNP-B / Sm protein B/B' / SmB/B' / 座標モデル: Cα原子のみ (Chain-X)


分子量: 24642.131 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14678
#36: タンパク質 PHD finger-like domain-containing protein 5A / PHD finger-like domain protein 5A / Splicing factor 3B-associated 14 kDa protein / SF3b14b / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 12427.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7RTV0

-
U5 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3-like 1 / BRR2 homolog / U5 snRNP-specific 200 ...Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3-like 1 / BRR2 homolog / U5 snRNP-specific 200 kDa protein / U5-200KD


分子量: 244823.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75643, RNA helicase
#4: タンパク質 U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / U5-40K / 38 kDa-splicing factor / Prp8-binding protein / hPRP8BP / U5 snRNP-specific 40 kDa protein ...U5-40K / 38 kDa-splicing factor / Prp8-binding protein / hPRP8BP / U5 snRNP-specific 40 kDa protein / WD repeat-containing protein 57 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 39359.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96DI7

-
U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein ... , 3種, 3分子 EFH

#5: タンパク質 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / Pre-mRNA-splicing factor 3 / hPrp3 / U4/U6 snRNP 90 kDa protein


分子量: 77669.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43395
#6: タンパク質 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4 / PRP4 homolog / hPrp4 / U4/U6 snRNP 60 kDa protein / WD splicing factor Prp4


分子量: 58407.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43172
#8: タンパク質 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Pre-mRNA-processing factor 31 / Serologically defined breast cancer antigen NY-BR-99 / U4/U6 snRNP ...Pre-mRNA-processing factor 31 / Serologically defined breast cancer antigen NY-BR-99 / U4/U6 snRNP 61 kDa protein / hPrp31


分子量: 55528.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WWY3

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Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 18分子 ahSbiTcjUdkVelWgnZ

#19: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2 / 座標モデル: Cα原子のみ (Chain-S)


分子量: 13551.928 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62316
#20: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / SmF / 座標モデル: Cα原子のみ (Chain-T)


分子量: 9734.171 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62306
#21: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / SmE / 座標モデル: Cα原子のみ (Chain-U)


分子量: 10817.601 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62304
#22: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / SmG / 座標モデル: Cα原子のみ (Chain-V)


分子量: 8508.084 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62308
#23: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3 / 座標モデル: Cα原子のみ (Chain-W)


分子量: 13940.308 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62318
#25: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / Sm-D autoantigen / snRNP core protein D1 / 座標モデル: Cα原子のみ (Chain-Z)


分子量: 13310.653 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62314

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U6 snRNA-associated Sm-like protein ... , 7種, 7分子 opqrstu

#26: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Protein G7b / Small nuclear ribonuclear protein D homolog / snRNP core Sm-like protein Sm-x5 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10847.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y333
#27: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11859.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62310
#28: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4 / Glycine-rich protein / GRP / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 15375.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y4Z0
#29: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9945.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y4Y9
#30: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 9139.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62312
#31: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11617.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UK45
#32: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10410.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95777

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Splicing factor 3B subunit ... , 3種, 3分子 vwx

#33: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 1 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 155 kDa subunit / SF3b155 / Spliceosome-associated protein 155 / SAP 155 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 146024.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75533
#34: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 3 (SF3B3) / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 135718.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15393
#35: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 5 / SF3b5 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 10 kDa subunit / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10149.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BWJ5

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U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 z1

#37: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / U2 snRNP A' / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 28631.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09661
#38: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 snRNP B'' / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 25524.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08579

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RNA鎖 , 2種, 2分子 Y2

#39: RNA鎖 MINX pre-mRNA


分子量: 103979.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#40: RNA鎖 Human gene for small nuclear RNA U2 (snRNA U2)


分子量: 60186.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 36516

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Homo sapiens ... , 3種, 3分子 456

#41: RNA鎖 Homo sapiens U4A snRNA


分子量: 46528.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 36174
#42: RNA鎖 Homo sapiens U5 A small nuclear RNA


分子量: 36908.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 36515
#43: RNA鎖 Homo sapiens RNA, U6 small nuclear 1 (RNU6-1), small nuclear RNA


分子量: 34098.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 161087014

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human B Complex Spliceosome, sharpened map, masked refinement
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 0.05 sec. / 電子線照射量: 1.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 17 / 利用したフレーム数/画像: 2-17

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解析

画像処理詳細: FALCON III Direct Electron Detector
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44629 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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