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万見
- PDB-5neu: Localised Reconstruction of Integrin alpha V beta 6 bound to Foot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5neu
タイトルLocalised Reconstruction of Integrin alpha V beta 6 bound to Foot and Mouth Disease Virus O1 Manisa - Pose B.
要素
  • Capsid protein
  • Integrin alpha-V
  • Integrin beta-6
  • O1 Manisa VP1
  • O1 Manisa VP2
  • O1 Manisa VP4
キーワードVIRUS / Foot and Mouth Disease Virus / FMDV / OpanAsia / virus-receptor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


icosahedral viral capsid / Langerhans cell differentiation / integrin alphav-beta6 complex / integrin alphav-beta8 complex / hard palate development / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / : / opsonin binding ...icosahedral viral capsid / Langerhans cell differentiation / integrin alphav-beta6 complex / integrin alphav-beta8 complex / hard palate development / transforming growth factor beta production / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / : / opsonin binding / integrin alphav-beta1 complex / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / enamel mineralization / extracellular matrix protein binding / modulation by virus of host chromatin organization / bronchiole development / Laminin interactions / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / phospholipid homeostasis / negative regulation of lipid transport / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / regulation of phagocytosis / Elastic fibre formation / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / transforming growth factor beta binding / surfactant homeostasis / filopodium membrane / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / extracellular matrix binding / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / apoptotic cell clearance / wound healing, spreading of epidermal cells / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / Molecules associated with elastic fibres / positive regulation of intracellular signal transduction / skin development / microvillus membrane / cell adhesion mediated by integrin / negative chemotaxis / Syndecan interactions / lung alveolus development / cell-substrate adhesion / endodermal cell differentiation / positive regulation of osteoblast proliferation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / PECAM1 interactions / lamellipodium membrane / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / fibronectin binding / positive regulation of cell adhesion / ECM proteoglycans / voltage-gated calcium channel activity / vasculogenesis / Integrin cell surface interactions / coreceptor activity / specific granule membrane / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ERK1 and ERK2 cascade / phagocytic vesicle / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cell-matrix adhesion / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / Signal transduction by L1 / molecular function activator activity / integrin-mediated signaling pathway / cellular response to ionizing radiation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / calcium ion transmembrane transport / protein kinase C binding / host cell cytoplasmic vesicle membrane / wound healing / response to virus / bone development / cytoplasmic vesicle membrane / cell morphogenesis / ruffle membrane / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cell-cell adhesion / cell migration / integrin binding / cell junction / protein complex oligomerization / virus receptor activity / monoatomic ion channel activity / regulation of translation / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / angiogenesis / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / protease binding / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / receptor complex
類似検索 - 分子機能
Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain ...Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha cytoplasmic region / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Integrin alpha-V / Integrin beta-6 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.3 Å
データ登録者Kotecha, A. / Stuart, D.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G1000099 英国
Medical Research Council (United Kingdom)G1100525/1 英国
Wellcome Trust090532/Z/09/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Rules of engagement between αvβ6 integrin and foot-and-mouth disease virus.
著者: Abhay Kotecha / Quan Wang / Xianchi Dong / Serban L Ilca / Marina Ondiviela / Rao Zihe / Julian Seago / Bryan Charleston / Elizabeth E Fry / Nicola G A Abrescia / Timothy A Springer / Juha T ...著者: Abhay Kotecha / Quan Wang / Xianchi Dong / Serban L Ilca / Marina Ondiviela / Rao Zihe / Julian Seago / Bryan Charleston / Elizabeth E Fry / Nicola G A Abrescia / Timothy A Springer / Juha T Huiskonen / David I Stuart /
要旨: Foot-and-mouth disease virus (FMDV) mediates cell entry by attachment to an integrin receptor, generally αvβ6, via a conserved arginine-glycine-aspartic acid (RGD) motif in the exposed, antigenic, ...Foot-and-mouth disease virus (FMDV) mediates cell entry by attachment to an integrin receptor, generally αvβ6, via a conserved arginine-glycine-aspartic acid (RGD) motif in the exposed, antigenic, GH loop of capsid protein VP1. Infection can also occur in tissue culture adapted virus in the absence of integrin via acquired basic mutations interacting with heparin sulphate (HS); this virus is attenuated in natural infections. HS interaction has been visualized at a conserved site in two serotypes suggesting a propensity for sulfated-sugar binding. Here we determined the interaction between αvβ6 and two tissue culture adapted FMDV strains by cryo-electron microscopy. In the preferred mode of engagement, the fully open form of the integrin, hitherto unseen at high resolution, attaches to an extended GH loop via interactions with the RGD motif plus downstream hydrophobic residues. In addition, an N-linked sugar of the integrin attaches to the previously identified HS binding site, suggesting a functional role.
履歴
登録2017年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Experimental preparation / Refinement description
カテゴリ: em_3d_fitting / em_sample_support ...em_3d_fitting / em_sample_support / em_software / pdbx_audit_support
Item: _em_3d_fitting.target_criteria / _em_sample_support.grid_type ..._em_3d_fitting.target_criteria / _em_sample_support.grid_type / _em_software.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年10月4日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32018年3月28日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3635
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: O1 Manisa VP1
2: O1 Manisa VP2
3: Capsid protein
4: O1 Manisa VP4
A: Integrin alpha-V
B: Integrin beta-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,5459
ポリマ－196,4416
非ポリマー1043
水00
1
1: O1 Manisa VP1
2: O1 Manisa VP2
3: Capsid protein
4: O1 Manisa VP4
A: Integrin alpha-V
B: Integrin beta-6
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,792,713540
ポリマ－11,786,445360
非ポリマー6,268180
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
1: O1 Manisa VP1
2: O1 Manisa VP2
3: Capsid protein
4: O1 Manisa VP4
A: Integrin alpha-V
B: Integrin beta-6
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 983 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)982,72645
ポリマ－982,20430
非ポリマー52215
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
1: O1 Manisa VP1
2: O1 Manisa VP2
3: Capsid protein
4: O1 Manisa VP4
A: Integrin alpha-V
B: Integrin beta-6
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.18 MDa, 36 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,179,27154
ポリマ－1,178,64536
非ポリマー62718
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

-
タンパク質 , 6種, 6分子 1234AB

#1: タンパク質 O1 Manisa VP1


分子量: 22850.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
発現宿主: Cricetinae gen. sp. (ネズミ) / 参照: UniProt: Q6PMW3
#2: タンパク質 O1 Manisa VP2


分子量: 24417.510 Da / 分子数: 1 / Mutation: S93Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
発現宿主: Cricetinae gen. sp. (ネズミ) / 参照: UniProt: Q6PMW3
#3: タンパク質 Capsid protein


分子量: 23933.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
発現宿主: Cricetinae gen. sp. (ネズミ) / 参照: UniProt: A0A1C6ZW60, UniProt: Q6PMW3*PLUS
#4: タンパク質 O1 Manisa VP4


分子量: 8766.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
発現宿主: Cricetinae gen. sp. (ネズミ) / 参照: UniProt: E1ACS1, UniProt: D1H101*PLUS
#5: タンパク質 Integrin alpha-V / Vitronectin receptor subunit alpha


分子量: 64937.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGAV, MSK8, VNRA / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06756
#6: タンパク質 Integrin beta-6


分子量: 51534.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB6 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18564

-
非ポリマー , 2種, 3分子

#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Foot-and-mouth disease virusCOMPLEX#1-#60MULTIPLE SOURCES
2Foot-and-mouth disease virusVIRUS#1-#41RECOMBINANT
3IntegrinCOMPLEX#5-#61RECOMBINANT
分子量値: 9 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)12110
23Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Cricetinae gen. sp. (ネズミ)36483
23Homo sapiens (ヒト)9606
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Bos taurus
ウイルス殻名称: Foot and Mouth Disease virus / 直径: 300 nm / 三角数 (T数): 3
緩衝液pH: 8
緩衝液成分濃度: 50 mM / 名称: HEPES
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 294 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 160000 X / 倍率（補正後）: 37037 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: GATAN 910 MULTI-SPECIMEN SINGLE TILT CRYO TRANSFER HOLDER
最高温度: 70 K / 最低温度: 70 K
撮影平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 18 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 360
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF / エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 25 / 利用したフレーム数/画像: 2-20

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM6画像取得
4CTFFIND4.0.17CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION1.3初期オイラー角割当
11RELION1.3最終オイラー角割当
12RELION1.3分類
13RELION1.3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 12.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13483 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 120 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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