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- PDB-5ljo: E. coli BAM complex (BamABCDE) by cryoEM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ljo
タイトルE. coli BAM complex (BamABCDE) by cryoEM
要素
  • Outer membrane protein assembly factor BamA
  • Outer membrane protein assembly factor BamB
  • Outer membrane protein assembly factor BamC
  • Outer membrane protein assembly factor BamD
  • Outer membrane protein assembly factor BamE
キーワードMEMBRANE PROTEIN / BAM / OMP / Beta barrel / Outer membrane / Gram negative
機能・相同性
機能・相同性情報


Bam protein complex / protein insertion into membrane / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / cell outer membrane / protein-macromolecule adaptor activity / cell adhesion / response to antibiotic / cell surface / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
PQQ enzyme repeat / Outer membrane protein assembly factor BamB / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamC / Outer membrane protein assembly factor BamC, C-terminal / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane protein assembly factor BamE / Lipoprotein SmpA/OmlA / Outer membrane lipoprotein BamD-like ...PQQ enzyme repeat / Outer membrane protein assembly factor BamB / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamC / Outer membrane protein assembly factor BamC, C-terminal / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane protein assembly factor BamE / Lipoprotein SmpA/OmlA / Outer membrane lipoprotein BamD-like / SmpA / OmlA family / Outer membrane lipoprotein / BamE-like / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / POTRA domain / POTRA domain profile. / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein assembly factor BamA / Outer membrane protein assembly factor BamC / Outer membrane protein assembly factor BamE / Outer membrane protein assembly factor BamE / Outer membrane protein assembly factor BamA / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane protein assembly factor BamB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å
データ登録者Iadanza, M.G. / Ranson, N.A. / Radford, S.E. / Higgins, A.J. / Schffrin, B. / Calabrese, A.N. / Ashcroft, A.E. / Brockwell, D.J.
資金援助 英国, 8件
組織認可番号国
European Research CouncilFP7/2007-2013)/ERC Grant Agreement 32240 英国
Wellcome Trust105220/Z/14/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K000659/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J014443/1 英国
Wellcome Trust090932/Z/09/Z 英国
Wellcome Trust094232/Z/10/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/E012558/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M012573/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Lateral opening in the intact β-barrel assembly machinery captured by cryo-EM.
著者: Matthew G Iadanza / Anna J Higgins / Bob Schiffrin / Antonio N Calabrese / David J Brockwell / Alison E Ashcroft / Sheena E Radford / Neil A Ranson /
要旨: The β-barrel assembly machinery (BAM) is a ∼203 kDa complex of five proteins (BamA-E), which is essential for viability in E. coli. BAM promotes the folding and insertion of β-barrel proteins ...The β-barrel assembly machinery (BAM) is a ∼203 kDa complex of five proteins (BamA-E), which is essential for viability in E. coli. BAM promotes the folding and insertion of β-barrel proteins into the outer membrane via a poorly understood mechanism. Several current models suggest that BAM functions through a 'lateral gating' motion of the β-barrel of BamA. Here we present a cryo-EM structure of the BamABCDE complex, at 4.9 Å resolution. The structure is in a laterally open conformation showing that gating is independent of BamB binding. We describe conformational changes throughout the complex and interactions between BamA, B, D and E, and the detergent micelle that suggest communication between BAM and the lipid bilayer. Finally, using an enhanced reconstitution protocol and functional assays, we show that for the outer membrane protein OmpT, efficient folding in vitro requires lateral gating in BAM.
履歴
登録2016年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Author supporting evidence / Experimental preparation
カテゴリ: em_sample_support / pdbx_audit_support
Item: _em_sample_support.grid_type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_db_reference
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_db_reference.access_code

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4061
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Outer membrane protein assembly factor BamB
C: Outer membrane protein assembly factor BamC
D: Outer membrane protein assembly factor BamD
E: Outer membrane protein assembly factor BamE
A: Outer membrane protein assembly factor BamA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,0735
ポリマ－180,0735
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area13910 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area69720 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamB


分子量: 39692.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 遺伝子: bamB, yfgL, b2512, JW2496 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P77774
#2: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamC


分子量: 17858.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 遺伝子: bamC, dapX, nlpB, b2477, JW2462 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A903
#3: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamD


分子量: 25008.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bamD, yfiO, Z3889, ECs3458 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AC04, UniProt: P0AC02*PLUS
#4: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamE


分子量: 9728.837 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bamE, smpA, c3139 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A938, UniProt: P0A937*PLUS
#5: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamA


分子量: 87783.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bamA, yaeT, ECS88_0187 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MBF8, UniProt: P0A940*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: BAM complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.2 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pJH114
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTRISHOCH2)3CNH21
20.05 % (w/v)Dodecyl maltopyranosideC24H46O111
3150 mMSodium ChlorideNaCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Pelco Easyglo / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: Double blot. 3 ul sampel applied and blotted by hand, then additional 3 ul sample applied, blotted, and plunge frozen

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Calibrated defocus min: 1500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3500 nm / Cs: 2.6 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3480 / 縦: 3712 / 動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 4-14

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION1.4粒子像選択Autopicking
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正Run from RELION
5RELION1.4CTF補正
8MDFFモデルフィッティング
11RELION1.4最終オイラー角割当
13RELION1.4３次元再構成
14RosettaEMモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 472857
3次元再構成解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 95878 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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