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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5l93 | |||||||||
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タイトル | An atomic model of HIV-1 CA-SP1 reveals structures regulating assembly and maturation | |||||||||
要素 | Capsid protein p24 | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / HIV-1 capsid SP1 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / ISG15 antiviral mechanism / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding ...viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / ISG15 antiviral mechanism / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Schur, F.K.M. / Obr, M. / Hagen, W.J.H. / Wan, W. / Arjen, J.J. / Kirkpatrick, J.M. / Sachse, C. / Kraeusslich, H.-G. / Briggs, J.A.G. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2016 タイトル: An atomic model of HIV-1 capsid-SP1 reveals structures regulating assembly and maturation. 著者: Florian K M Schur / Martin Obr / Wim J H Hagen / William Wan / Arjen J Jakobi / Joanna M Kirkpatrick / Carsten Sachse / Hans-Georg Kräusslich / John A G Briggs / 要旨: Immature HIV-1 assembles at and buds from the plasma membrane before proteolytic cleavage of the viral Gag polyprotein induces structural maturation. Maturation can be blocked by maturation ...Immature HIV-1 assembles at and buds from the plasma membrane before proteolytic cleavage of the viral Gag polyprotein induces structural maturation. Maturation can be blocked by maturation inhibitors (MIs), thereby abolishing infectivity. The CA (capsid) and SP1 (spacer peptide 1) region of Gag is the key regulator of assembly and maturation and is the target of MIs. We applied optimized cryo-electron tomography and subtomogram averaging to resolve this region within assembled immature HIV-1 particles at 3.9 angstrom resolution and built an atomic model. The structure reveals a network of intra- and intermolecular interactions mediating immature HIV-1 assembly. The proteolytic cleavage site between CA and SP1 is inaccessible to protease. We suggest that MIs prevent CA-SP1 cleavage by stabilizing the structure, and MI resistance develops by destabilizing CA-SP1. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5l93.cif.gz | 138 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5l93.ent.gz | 108.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5l93.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5l93_validation.pdf.gz | 916.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5l93_full_validation.pdf.gz | 917.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5l93_validation.xml.gz | 23.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5l93_validation.cif.gz | 32.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/5l93 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/5l93 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4015MC 4016C 4017C 4018C 4019C 4020C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10164 (タイトル: Cryo-electron tomography of immature HIV-1 dMACANC VLPs Data size: 865.0 Data #1: Compressed, unaligned, multi-frame micrographs of tilt series containing HIV-1 dMACANC virus like particles assembled in the presence of BVM. [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24789.396 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate NY5) (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate NY5 / 遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12493 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human immunodeficiency virus 1 / タイプ: VIRUS 詳細: Virus-like particles were obtained by in vitro assembly of a truncated Gag construct (deltaMACANCSP2) in presence of the maturation inhibitor Bevirimat Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET11C | |||||||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE | |||||||||||||||||||||||||
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 詳細: Virus-like particles were assembled in the presence of nucleic acid (73mer oligonucleotide, 1:10 molar ratio oligonucleotide:protein). | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Virus-like particles were assembled in vitro | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: at 20 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 15 K 詳細: 10nM colloidal gold was added to the sample prior to plunge freezing. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Nanoprobe |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 3.4 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 詳細: Number of frames ranged from 8-10 Exposure time per tilt ranged from 0.8 to 1.0 seconds |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV |
画像スキャン | 横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 10 / 利用したフレーム数/画像: 8-10 |
-解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Frames were aligned using MotionCorr. Tilts in a tilt series were exposure filtered for cumulative electron dose. Tomograms were reconstructed using IMOD. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | 詳細: CTF correction was performed using the ctfphaseflip program in IMOD prior to backprojection. タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C6 (6回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 128733 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EM volume selection | 詳細: Subtomograms were extracted from the surface of each particle according to the determined radius of the particle. Num. of tomograms: 43 / Num. of volumes extracted: 527528 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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精密化 | 最高解像度: 3.9 Å |