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- PDB-5juo: Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation facto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5juo
タイトルSaccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation factor eEF2-GDP-sordarin and Taura Syndrome Virus IRES, Structure I (fully rotated 40S subunit)
要素
  • 18S ribosomal RNA
  • 25S ribosomal RNAリボソームRNA
  • 5.8S ribosomal RNA5.8SリボソームRNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • IRES
  • RACK1 (yeast Asc1)
  • eL13 (yeast L13)
  • eL14 (yeast L14)
  • eL15 (yeast L15)
  • eL18 (yeast L18)
  • eL19 (yeast L19)
  • eL20 (yeast L20)
  • eL21 (yeast L21)
  • eL22 (yeast L22)
  • eL24 (yeast L24)
  • eL27 (yeast L27)
  • eL29 (yeast L29)
  • eL30 (yeast L30)
  • eL31 (yeast L31)
  • eL32 (yeast L32)
  • eL33 (yeast L33)
  • eL34 (yeast L34)
  • eL36 (yeast L36)
  • eL37 (yeast L37)
  • eL38 (yeast L38)
  • eL39 (yeast L39)
  • eL40 (yeast L40)
  • eL41 (yeast L41)
  • eL42 (yeast L42)
  • eL43 (yeast L43)
  • eL6 (yeast L6)
  • eL8 (yeast L8)
  • eS1 (yeast S1)
  • eS10 (yeast S10)
  • eS12 (yeast S12)
  • eS17 (yeast S17)
  • eS19 (yeast S19)
  • eS21 (yeast S21)
  • eS24 (yeast S24)
  • eS25 (yeast S25)
  • eS26 (yeast S26)
  • eS27 (yeast S27)
  • eS28 (yeast S28)
  • eS30 (yeast S30)
  • eS31 (yeast S31)
  • eS4 (yeast S4)
  • eS6 (yeast S6)
  • eS7 (yeast S7)
  • eS8 (yeast S8)
  • uL1 (yeast L1)
  • uL10 (yeast P0)
  • uL11 (yeast L12)
  • uL13 (yeast L16)
  • uL14 (yeast L23)
  • uL15 (yeast L28)
  • uL16 (yeast L10)
  • uL18 (yeast L5)
  • uL2 (yeast L2)
  • uL22 (yeast L17)
  • uL23 (yeast L25)
  • uL24 (yeast L26)
  • uL29 (yeast L35)
  • uL3 (yeast L3)
  • uL30 (yeast L7)
  • uL4 (yeast L4)
  • uL5 (yeast L11)
  • uL6 (yeast L9)
  • uS10 (yeast S20)
  • uS11 (yeast S14)
  • uS12 (yeast S23)
  • uS13 (yeast S18)
  • uS14 (yeast S29)
  • uS15 (yeast S13)
  • uS17 (yeast S11)
  • uS19 (yeast S15)
  • uS2 (yeast S0)
  • uS3 (yeast S3)
  • uS4 (yeast S9)
  • uS5 (yeast S2)
  • uS7 (yeast S5)
  • uS8 (yeast S22)
  • uS9 (yeast S16)
  • yeast eEF2
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / 80S-IRES / eEF2 / translocation / sordarin
機能・相同性
機能・相同性情報


Peptide chain elongation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / : / positive regulation of translational elongation / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Protein methylation / positive regulation of translational fidelity ...Peptide chain elongation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / : / positive regulation of translational elongation / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Protein methylation / positive regulation of translational fidelity / RMTs methylate histone arginines / mTORC1-mediated signalling / ヒドロキシル化 / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / pre-mRNA 5'-splice site binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / preribosome, small subunit precursor / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translational elongation / response to cycloheximide / mRNA destabilization / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / protein-RNA complex assembly / ribosomal large subunit export from nucleus / G-protein alpha-subunit binding / Ub-specific processing proteases / regulation of translational fidelity / positive regulation of protein kinase activity / ribosomal small subunit export from nucleus / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal subunit export from nucleus / translation regulator activity / translation elongation factor activity / 90S preribosome / translational termination / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / Neutrophil degranulation / rescue of stalled ribosome / cellular response to amino acid starvation / ribosome assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / positive regulation of apoptotic signaling pathway / small-subunit processome / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / オートファジー / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribosomal large subunit assembly / modification-dependent protein catabolic process / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / protein tag activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / リボソーム生合成 / ribosome binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / protein-folding chaperone binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / 核小体 / GTP binding / ミトコンドリア / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Ribosomal protein L41 / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Ribosomal protein L41 / Elongation factor G C-terminus ...60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Ribosomal protein L41 / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Ribosomal protein L41 / Elongation factor G C-terminus / : / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / Ribosomal protein S21e, conserved site / EF-G domain III/V-like / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal protein S26e signature. / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / : / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e, conserved site / : / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal L22e protein family / 40S Ribosomal protein S10 / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein L1 signature. / : / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L14e domain / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein L34Ae / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S7e signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-SO1 / : / : / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) ...GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-SO1 / : / : / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS2A / Small ribosomal subunit protein eS1A / Small ribosomal subunit protein uS4A / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein eS17A / Large ribosomal subunit protein eL24A / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein eS21A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Large ribosomal subunit protein uL5A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein eL42A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS30A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL1A / Large ribosomal subunit protein uL2A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Large ribosomal subunit protein eL18A / Small ribosomal subunit protein uS9A / Large ribosomal subunit protein uL11A / Small ribosomal subunit protein uS13A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Small ribosomal subunit protein eS32A / Large ribosomal subunit protein uL4A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL8A / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL13A / Small ribosomal subunit protein eS7A / Elongation factor 2 / Small ribosomal subunit protein uS2A / Small ribosomal subunit protein eS1A / Small ribosomal subunit protein eS27A / Large ribosomal subunit protein eL14A / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS26A / Small ribosomal subunit protein uS14A / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL6A / Large ribosomal subunit protein eL21A / Small ribosomal subunit protein eS10A / Large ribosomal subunit protein eL13A / Small ribosomal subunit protein eS25A / Small ribosomal subunit protein eS28A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Taura syndrome virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Abeyrathne, P. / Koh, C.S. / Grant, T. / Grigorieff, N. / Korostelev, A.A.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM62580 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM106105 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM107465 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Ensemble cryo-EM uncovers inchworm-like translocation of a viral IRES through the ribosome.
著者: Priyanka D Abeyrathne / Cha San Koh / Timothy Grant / Nikolaus Grigorieff / Andrei A Korostelev /
要旨: Internal ribosome entry sites (IRESs) mediate cap-independent translation of viral mRNAs. Using electron cryo-microscopy of a single specimen, we present five ribosome structures formed with the ...Internal ribosome entry sites (IRESs) mediate cap-independent translation of viral mRNAs. Using electron cryo-microscopy of a single specimen, we present five ribosome structures formed with the Taura syndrome virus IRES and translocase eEF2•GTP bound with sordarin. The structures suggest a trajectory of IRES translocation, required for translation initiation, and provide an unprecedented view of eEF2 dynamics. The IRES rearranges from extended to bent to extended conformations. This inchworm-like movement is coupled with ribosomal inter-subunit rotation and 40S head swivel. eEF2, attached to the 60S subunit, slides along the rotating 40S subunit to enter the A site. Its diphthamide-bearing tip at domain IV separates the tRNA-mRNA-like pseudoknot I (PKI) of the IRES from the decoding center. This unlocks 40S domains, facilitating head swivel and biasing IRES translocation via hitherto-elusive intermediates with PKI captured between the A and P sites. The structures suggest missing links in our understanding of tRNA translocation.
履歴
登録2016年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_image_scans / pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6643
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6648
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 18S ribosomal RNA
B: 25S ribosomal RNA
C: 5.8S ribosomal RNA
D: 5S ribosomal RNA
E: uL1 (yeast L1)
F: uL2 (yeast L2)
G: uL3 (yeast L3)
H: uL4 (yeast L4)
I: uL18 (yeast L5)
J: eL6 (yeast L6)
K: uL30 (yeast L7)
L: eL8 (yeast L8)
M: uL6 (yeast L9)
N: uL16 (yeast L10)
O: uL5 (yeast L11)
P: uL11 (yeast L12)
Q: eL13 (yeast L13)
R: eL14 (yeast L14)
S: eL15 (yeast L15)
T: uL13 (yeast L16)
U: uL22 (yeast L17)
V: eL18 (yeast L18)
W: eL19 (yeast L19)
X: eL20 (yeast L20)
Y: eL21 (yeast L21)
Z: eL22 (yeast L22)
AA: uL14 (yeast L23)
BA: eL24 (yeast L24)
CA: uL23 (yeast L25)
DA: uL24 (yeast L26)
EA: eL27 (yeast L27)
FA: uL15 (yeast L28)
GA: eL29 (yeast L29)
HA: eL30 (yeast L30)
IA: eL31 (yeast L31)
JA: eL32 (yeast L32)
KA: eL33 (yeast L33)
LA: eL34 (yeast L34)
MA: uL29 (yeast L35)
NA: eL36 (yeast L36)
OA: eL37 (yeast L37)
PA: eL38 (yeast L38)
QA: eL39 (yeast L39)
RA: eL40 (yeast L40)
SA: eL41 (yeast L41)
TA: eL42 (yeast L42)
UA: eL43 (yeast L43)
VA: uL10 (yeast P0)
WA: RACK1 (yeast Asc1)
XA: uS2 (yeast S0)
YA: eS1 (yeast S1)
ZA: uS5 (yeast S2)
AB: uS3 (yeast S3)
BB: eS4 (yeast S4)
CB: uS7 (yeast S5)
DB: eS6 (yeast S6)
EB: eS7 (yeast S7)
FB: eS8 (yeast S8)
GB: uS4 (yeast S9)
HB: eS10 (yeast S10)
IB: uS17 (yeast S11)
JB: eS12 (yeast S12)
KB: uS15 (yeast S13)
LB: uS11 (yeast S14)
MB: uS19 (yeast S15)
NB: uS9 (yeast S16)
OB: eS17 (yeast S17)
PB: uS13 (yeast S18)
QB: eS19 (yeast S19)
RB: uS10 (yeast S20)
SB: eS21 (yeast S21)
TB: uS8 (yeast S22)
UB: uS12 (yeast S23)
VB: eS24 (yeast S24)
WB: eS25 (yeast S25)
XB: eS26 (yeast S26)
YB: eS27 (yeast S27)
ZB: eS28 (yeast S28)
AC: uS14 (yeast S29)
BC: eS30 (yeast S30)
CC: eS31 (yeast S31)
DC: yeast eEF2
EC: IRES
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,340,49186
ポリマ－3,339,52983
非ポリマー9623
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 ABCDEC

#1: RNA鎖 18S ribosomal RNA /


分子量: 579126.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 874346701
#2: RNA鎖 25S ribosomal RNA / リボソームRNA


分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 834774822
#3: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1043567390
#4: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1039022949
#83: RNA鎖 IRES


分子量: 64644.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Taura syndrome virus (ウイルス) / 参照: GenBank: 14701764

+
タンパク質 , 77種, 77分子 EFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZAABACADAEAFAGAHA...

#5: タンパク質 uL1 (yeast L1)


分子量: 24524.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX43
#6: タンパク質 uL2 (yeast L2)


分子量: 27463.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX45
#7: タンパク質 uL3 (yeast L3)


分子量: 43850.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P14126
#8: タンパク質 uL4 (yeast L4)


分子量: 39159.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P10664
#9: タンパク質 uL18 (yeast L5)


分子量: 33764.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26321
#10: タンパク質 eL6 (yeast L6)


分子量: 20000.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02326
#11: タンパク質 uL30 (yeast L7)


分子量: 27686.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05737
#12: タンパク質 eL8 (yeast L8)


分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P17076
#13: タンパク質 uL6 (yeast L9)


分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05738
#14: タンパク質 uL16 (yeast L10)


分子量: 25410.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P41805
#15: タンパク質 uL5 (yeast L11)


分子量: 19755.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C0W9
#16: タンパク質 uL11 (yeast L12)


分子量: 17850.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX53
#17: タンパク質 eL13 (yeast L13)


分子量: 22604.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12690
#18: タンパク質 eL14 (yeast L14)


分子量: 15195.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36105
#19: タンパク質 eL15 (yeast L15)


分子量: 24482.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05748
#20: タンパク質 uL13 (yeast L16)


分子量: 22247.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26784
#21: タンパク質 uL22 (yeast L17)


分子量: 20589.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05740
#22: タンパク質 eL18 (yeast L18)


分子量: 20609.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX49
#23: タンパク質 eL19 (yeast L19)


分子量: 21762.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX82
#24: タンパク質 eL20 (yeast L20)


分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX23
#25: タンパク質 eL21 (yeast L21)


分子量: 18279.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02753
#26: タンパク質 eL22 (yeast L22)


分子量: 13711.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05749
#27: タンパク質 uL14 (yeast L23)


分子量: 14493.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX41
#28: タンパク質 eL24 (yeast L24)


分子量: 17661.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04449
#29: タンパク質 uL23 (yeast L25)


分子量: 15787.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04456
#30: タンパク質 uL24 (yeast L26)


分子量: 14265.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05743
#31: タンパク質 eL27 (yeast L27)


分子量: 15568.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C2H6
#32: タンパク質 uL15 (yeast L28)


分子量: 16761.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P02406
#33: タンパク質 eL29 (yeast L29)


分子量: 6691.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05747
#34: タンパク質 eL30 (yeast L30)


分子量: 11430.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P14120
#35: タンパク質 eL31 (yeast L31)


分子量: 12980.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C2H8
#36: タンパク質 eL32 (yeast L32)


分子量: 14809.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38061
#37: タンパク質 eL33 (yeast L33)


分子量: 12177.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05744
#38: タンパク質 eL34 (yeast L34)


分子量: 13673.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P87262
#39: タンパク質 uL29 (yeast L35)


分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX84
#40: タンパク質 eL36 (yeast L36)


分子量: 11151.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05745
#41: タンパク質 eL37 (yeast L37)


分子量: 9877.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49166
#42: タンパク質 eL38 (yeast L38)


分子量: 8845.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49167
#43: タンパク質 eL39 (yeast L39)


分子量: 6358.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04650
#44: タンパク質 eL40 (yeast L40)


分子量: 14583.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CH08
#46: タンパク質 eL42 (yeast L42)


分子量: 12246.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX27
#47: タンパク質 eL43 (yeast L43)


分子量: 10112.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX25
#48: タンパク質 uL10 (yeast P0)


分子量: 33749.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05317
#49: タンパク質 RACK1 (yeast Asc1)


分子量: 34841.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38011
#50: タンパク質 uS2 (yeast S0)


分子量: 28051.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: B3LI22, UniProt: P32905*PLUS
#51: タンパク質 eS1 (yeast S1)


分子量: 28798.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: B3RHV0, UniProt: P33442*PLUS
#52: タンパク質 uS5 (yeast S2)


分子量: 27490.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25443
#53: タンパク質 uS3 (yeast S3)


分子量: 26542.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05750
#54: タンパク質 eS4 (yeast S4)


分子量: 29469.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX35
#55: タンパク質 uS7 (yeast S5)


分子量: 25072.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26783
#56: タンパク質 eS6 (yeast S6)


分子量: 27054.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX37
#57: タンパク質 eS7 (yeast S7)


分子量: 21658.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26786
#58: タンパク質 eS8 (yeast S8)


分子量: 22537.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX39
#59: タンパク質 uS4 (yeast S9)


分子量: 22487.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O13516
#60: タンパク質 eS10 (yeast S10)


分子量: 12757.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q08745
#61: タンパク質 uS17 (yeast S11)


分子量: 17785.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX47
#62: タンパク質 eS12 (yeast S12)


分子量: 15488.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P48589
#63: タンパク質 uS15 (yeast S13)


分子量: 17059.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05756
#64: タンパク質 uS11 (yeast S14)


分子量: 14562.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P06367
#65: タンパク質 uS19 (yeast S15)


分子量: 16031.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q01855
#66: タンパク質 uS9 (yeast S16)


分子量: 15877.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX51
#67: タンパク質 eS17 (yeast S17)


分子量: 15820.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P02407
#68: タンパク質 uS13 (yeast S18)


分子量: 17071.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX55
#69: タンパク質 eS19 (yeast S19)


分子量: 15942.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P07280
#70: タンパク質 uS10 (yeast S20)


分子量: 13929.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38701
#71: タンパク質 eS21 (yeast S21)


分子量: 9758.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C0V8
#72: タンパク質 uS8 (yeast S22)


分子量: 14650.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C0W1
#73: タンパク質 uS12 (yeast S23)


分子量: 16073.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX29
#74: タンパク質 eS24 (yeast S24)


分子量: 15362.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX31
#75: タンパク質 eS25 (yeast S25)


分子量: 12067.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q3E792
#76: タンパク質 eS26 (yeast S26)


分子量: 13538.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P39938
#77: タンパク質 eS27 (yeast S27)


分子量: 8893.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P35997
#78: タンパク質 eS28 (yeast S28)


分子量: 7605.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q3E7X9
#79: タンパク質 uS14 (yeast S29)


分子量: 6675.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P41057
#80: タンパク質 eS30 (yeast S30)


分子量: 7137.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX33
#81: タンパク質 eS31 (yeast S31)


分子量: 17254.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05759
#82: タンパク質 yeast eEF2 /


分子量: 93549.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32324

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 SA

#45: タンパク質・ペプチド eL41 (yeast L41)


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX86

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非ポリマー , 3種, 3分子

#84: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#85: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#86: 化合物 ChemComp-SO1 / [1R-(1.ALPHA.,3A.BETA.,4.BETA.,4A.BETA.,7.BETA.,7A.ALPHA.,8A.BETA.)]8A-[(6-DEOXY-4-O-METHYL-BETA-D-ALTROPYRANOSYLOXY)METHYL]-4-FORMYL-4,4A,5,6,7,7A,8,8A-OCTAHYDRO-7-METHYL-3-(1-METHYLETHYL)-1,4-METHANO-S-INDACENE-3A(1H)-CARBOXYLIC ACID / SORDARIN


分子量: 494.618 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H42O8

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Saccharomyces cerevisiae 80S ribosome bound with elongation factor eEF2, GDP, sordarin and Taura Syndrome Virus IRES, Structure I (fully rotated 40S subunit)
タイプ: RIBOSOME
詳細: ~10 degree rotated 40S body, ~12 degree swiveled 40S head, partially bent IRES. The following regions are modeled as RNA or protein backbone due to insufficient density: 25S nt 1967-2047, ...詳細: ~10 degree rotated 40S body, ~12 degree swiveled 40S head, partially bent IRES. The following regions are modeled as RNA or protein backbone due to insufficient density: 25S nt 1967-2047, 2063-2074, 18S nt 712-727, 1698-1705, IRES nt 6840-6846, proteins eS12 and eS31
Entity ID: #1-#83 / 由来: MULTIPLE SOURCES
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのサイズ: 200 divisions/in.
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 1.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 38047 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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