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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5iyd | |||||||||||||||
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タイトル | Human core-PIC in the initial transcribing state (no IIS) | |||||||||||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / TRANSFERASE/DNA/RNA / initiation / RNA polymerase II / human / TRANSFERASE-DNA-RNA complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() LRR domain binding / microfibril binding / RNA Polymerase III Chain Elongation / positive regulation of core promoter binding / RNA polymerase II core complex assembly / RNA Polymerase III Transcription Termination / transcription factor TFIIE complex / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / meiotic sister chromatid cohesion / phosphatase activator activity ...LRR domain binding / microfibril binding / RNA Polymerase III Chain Elongation / positive regulation of core promoter binding / RNA polymerase II core complex assembly / RNA Polymerase III Transcription Termination / transcription factor TFIIE complex / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / meiotic sister chromatid cohesion / phosphatase activator activity / regulation of transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / TFIIF-class transcription factor complex binding / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / transcription factor TFIIF complex / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / transcription factor TFIIA complex / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / female germ cell nucleus / male pronucleus / female pronucleus / germinal vesicle / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / FGFR2 alternative splicing / RNA Polymerase I Transcription Termination / transcription preinitiation complex / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Viral Messenger RNA Synthesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / protein acetylation / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / cell division site / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / acetyltransferase activity / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / mRNA Splicing - Minor Pathway / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / RNA polymerase II complex binding / aryl hydrocarbon receptor binding / viral transcription / TFIIB-class transcription factor binding / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / RNA Polymerase I Transcription Initiation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H4K12 acetyltransferase activity / core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II, core complex 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||||||||
![]() | He, Y. / Yan, C. / Fang, J. / Inouye, C. / Tjian, R. / Ivanov, I. / Nogales, E. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Near-atomic resolution visualization of human transcription promoter opening. 著者: Yuan He / Chunli Yan / Jie Fang / Carla Inouye / Robert Tjian / Ivaylo Ivanov / Eva Nogales / ![]() 要旨: In eukaryotic transcription initiation, a large multi-subunit pre-initiation complex (PIC) that assembles at the core promoter is required for the opening of the duplex DNA and identification of the ...In eukaryotic transcription initiation, a large multi-subunit pre-initiation complex (PIC) that assembles at the core promoter is required for the opening of the duplex DNA and identification of the start site for transcription by RNA polymerase II. Here we use cryo-electron microscropy (cryo-EM) to determine near-atomic resolution structures of the human PIC in a closed state (engaged with duplex DNA), an open state (engaged with a transcription bubble), and an initially transcribing complex (containing six base pairs of DNA-RNA hybrid). Our studies provide structures for previously uncharacterized components of the PIC, such as TFIIE and TFIIH, and segments of TFIIA, TFIIB and TFIIF. Comparison of the different structures reveals the sequential conformational changes that accompany the transition from each state to the next throughout the transcription initiation process. This analysis illustrates the key role of TFIIB in transcription bubble stabilization and provides strong structural support for a translocase activity of XPB. | |||||||||||||||
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 951.9 KB | 表示 | ![]() |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8138MC ![]() 8131C ![]() 8132C ![]() 8133C ![]() 8134C ![]() 8135C ![]() 8136C ![]() 8137C ![]() 5ivwC ![]() 5iy6C ![]() 5iy7C ![]() 5iy8C ![]() 5iy9C ![]() 5iyaC ![]() 5iybC ![]() 5iycC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 12種, 12分子 ABCDEFGHIJKL
#1: タンパク質 | 分子量: 217420.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P24928, DNA-directed RNA polymerase, RNA-directed RNA polymerase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 134071.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 31478.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 24584.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 14491.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-Transcription initiation factor ... , 4種, 4分子 MNOR
#13: タンパク質 | 分子量: 34877.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#14: タンパク質 | 分子量: 41544.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 12469.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#18: タンパク質 | 分子量: 33106.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質 , 2種, 2分子 PQ
#16: タンパク質 | 分子量: 37729.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#17: タンパク質 | 分子量: 49516.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-General transcription factor IIF subunit ... , 2種, 2分子 ST
#19: タンパク質 | 分子量: 58343.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#20: タンパク質 | 分子量: 28427.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 XY
#21: DNA鎖 | 分子量: 24800.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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#22: DNA鎖 | 分子量: 24513.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 Z
#23: RNA鎖 | 分子量: 1891.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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-非ポリマー , 2種, 13分子 


#24: 化合物 | #25: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % 詳細: Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV). |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 27500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 42 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 30 |
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解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 1.4beta / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 99929 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |