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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gw5 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of TRiC-AMP-PNP | |||||||||||||||
要素 | (T-complex protein 1 subunit ...) x 8 | |||||||||||||||
キーワード | CHAPERONE / Chaperonin / Yeast | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / chaperone mediated protein folding independent of cofactor / chaperonin-containing T-complex / Neutrophil degranulation / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / ATP hydrolysis activity / ATP binding ...Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / chaperone mediated protein folding independent of cofactor / chaperonin-containing T-complex / Neutrophil degranulation / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Zang, Y. / Jin, M. / Wang, H. / Cong, Y. | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016 タイトル: Staggered ATP binding mechanism of eukaryotic chaperonin TRiC (CCT) revealed through high-resolution cryo-EM. 著者: Yunxiang Zang / Mingliang Jin / Huping Wang / Zhicheng Cui / Liangliang Kong / Caixuan Liu / Yao Cong / 要旨: The eukaryotic chaperonin TRiC (or CCT) assists in the folding of 10% of cytosolic proteins. Here we present two cryo-EM structures of Saccharomyces cerevisiae TRiC in a newly identified nucleotide ...The eukaryotic chaperonin TRiC (or CCT) assists in the folding of 10% of cytosolic proteins. Here we present two cryo-EM structures of Saccharomyces cerevisiae TRiC in a newly identified nucleotide partially preloaded (NPP) state and in the ATP-bound state, at 4.7-Å and 4.6-Å resolution, respectively. Through inner-subunit eGFP tagging, we identified the subunit locations in open-state TRiC and found that the CCT2 subunit pair forms an unexpected Z shape. ATP binding induces a dramatic conformational change on the CCT2 side, thereby suggesting that CCT2 plays an essential role in TRiC allosteric cooperativity. Our structural and biochemical data reveal a staggered ATP binding mechanism of TRiC with preloaded nucleotide on the CCT6 side of NPP-TRiC and demonstrate that TRiC has evolved into a complex that is structurally divided into two sides. This work offers insight into how the TRiC nucleotide cycle coordinates with its mechanical cycle in preparing folding intermediates for further productive folding. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5gw5.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5gw5.ent.gz | 1.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5gw5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5gw5_validation.pdf.gz | 984.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5gw5_full_validation.pdf.gz | 986.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5gw5_validation.xml.gz | 179.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5gw5_validation.cif.gz | 283.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/5gw5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/5gw5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-T-complex protein 1 subunit ... , 8種, 16分子 aAbBdDeEgGhHqQzZ
#1: タンパク質 | 分子量: 60557.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P12612 #2: タンパク質 | 分子量: 57276.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P39076 #3: タンパク質 | 分子量: 57682.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P39078 #4: タンパク質 | 分子量: 61995.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40413 #5: タンパク質 | 分子量: 58889.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P39077 #6: タンパク質 | 分子量: 59802.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P42943 #7: タンパク質 | 分子量: 61735.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P47079 #8: タンパク質 | 分子量: 59997.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P39079 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.96 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K / 詳細: blot for 3 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 18000 X / 倍率(補正後): 18000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Calibrated defocus min: 1500 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3000 nm / Cs: 0.005 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 7.6 sec. / 電子線照射量: 38 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 38 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.10_2155: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 126441 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 67990 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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