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- PDB-5gan: The overall structure of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gan
タイトルThe overall structure of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Angstrom
要素
  • (Pre-mRNA-splicing factor ...) x 3
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...) x 6
  • (U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • (U6 snRNA-associated Sm-like protein ...) x 7
  • 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
  • Pre-mRNA-processing factor 31
  • Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
  • Snu66
  • Spliceosomal protein DIB1
  • U4 snRNA
  • U5 snRNA
  • U6 snRNA
  • Unknown protein
キーワードTRANSCRIPTION / pre-mRNA splicing / snRNP / GTPase / U5 snRNA / Prp8 / spliceosome / U4/U6 snRNP / Brr2 / Snu114
機能・相同性
機能・相同性情報


spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / snoRNA splicing / maturation of 5S rRNA / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / positive regulation of primary miRNA processing / positive regulation of RNA binding / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step ...spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / snoRNA splicing / maturation of 5S rRNA / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / positive regulation of primary miRNA processing / positive regulation of RNA binding / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / splicing factor binding / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / P-body assembly / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / U4 snRNA binding / poly(U) RNA binding / box C/D methylation guide snoRNP complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / tRNA processing / U1 snRNP / U3 snoRNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / U2-type prespliceosome / positive regulation of miRNA metabolic process / precatalytic spliceosome / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / spliceosomal complex assembly / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / spliceosomal complex / P-body / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / metallopeptidase activity / nucleic acid binding / cytosolic large ribosomal subunit / RNA helicase activity / RNA helicase / GTPase activity / mRNA binding / nucleolus / GTP binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sec63 N-terminal domain-like domain / Sec63 N-terminal domain-like fold / SNU66/SART1 family / HIND motif / SART-1 family / HIND motif / Sm-like protein Lsm8 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm1/8 / Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4)-like / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 ...Sec63 N-terminal domain-like domain / Sec63 N-terminal domain-like fold / SNU66/SART1 family / HIND motif / SART-1 family / HIND motif / Sm-like protein Lsm8 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm1/8 / Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4)-like / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Sm-like protein Lsm4 / Splicing Factor Motif, present in Prp18 and Pr04 / Sm-like protein Lsm7 / Sm-like protein LSm5 / Sm-like protein Lsm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm3 / Pre-mRNA-splicing factor 3 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / pre-mRNA processing factor 3 domain / Prp31 C-terminal / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Prp31 C terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / Dim1 family / Mitosis protein DIM1 / Mitosis protein DIM1 / PRP1 splicing factor, N-terminal / PRP1 splicing factor, N-terminal / Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / NOSIC / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / Sec63 Brl domain / Snu114, GTP-binding domain / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Ribosomal protein L30/S12 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / SH3 type barrels. - #100 / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / C2 domain / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / PRO8NT (NUC069), PrP8 N-terminal domain / PROCN (NUC071) domain / U6-snRNA interacting domain of PrP8 / U5-snRNA binding site 2 of PrP8 / RNA recognition motif of the spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Elongation factor Tu domain 2 / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Ribosomal protein L7Ae conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6 / Pre-mRNA-splicing factor 6 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6 / Pre-mRNA-splicing factor 6 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Pre-mRNA-splicing factor 8 / Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5 / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8 / Pre-mRNA-processing factor 31 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7 / Small nuclear ribonucleoprotein F / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6 / Spliceosomal protein DIB1 / Small nuclear ribonucleoprotein E / 66 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Nguyen, T.H.D. / Galej, W.P. / Bai, X.C. / Oubridge, C. / Scheres, S.H.W. / Newman, A.J. / Nagai, K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom) 英国
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Å resolution.
著者: Thi Hoang Duong Nguyen / Wojciech P Galej / Xiao-Chen Bai / Chris Oubridge / Andrew J Newman / Sjors H W Scheres / Kiyoshi Nagai /
要旨: U4/U6.U5 tri-snRNP represents a substantial part of the spliceosome before activation. A cryo-electron microscopy structure of Saccharomyces cerevisiae U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Å resolution led ...U4/U6.U5 tri-snRNP represents a substantial part of the spliceosome before activation. A cryo-electron microscopy structure of Saccharomyces cerevisiae U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Å resolution led to an essentially complete atomic model comprising 30 proteins plus U4/U6 and U5 small nuclear RNAs (snRNAs). The structure reveals striking interweaving interactions of the protein and RNA components, including extended polypeptides penetrating into subunit interfaces. The invariant ACAGAGA sequence of U6 snRNA, which base-pairs with the 5'-splice site during catalytic activation, forms a hairpin stabilized by Dib1 and Prp8 while the adjacent nucleotides interact with the exon binding loop 1 of U5 snRNA. Snu114 harbours GTP, but its putative catalytic histidine is held away from the γ-phosphate by hydrogen bonding to a tyrosine in the amino-terminal domain of Prp8. Mutation of this histidine to alanine has no detectable effect on yeast growth. The structure provides important new insights into the spliceosome activation process leading to the formation of the catalytic centre.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: The architecture of the spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP.
著者: Thi Hoang Duong Nguyen / Wojciech P Galej / Xiao-chen Bai / Christos G Savva / Andrew J Newman / Sjors H W Scheres / Kiyoshi Nagai /
要旨: U4/U6.U5 tri-snRNP is a 1.5-megadalton pre-assembled spliceosomal complex comprising U5 small nuclear RNA (snRNA), extensively base-paired U4/U6 snRNAs and more than 30 proteins, including the key ...U4/U6.U5 tri-snRNP is a 1.5-megadalton pre-assembled spliceosomal complex comprising U5 small nuclear RNA (snRNA), extensively base-paired U4/U6 snRNAs and more than 30 proteins, including the key components Prp8, Brr2 and Snu114. The tri-snRNP combines with a precursor messenger RNA substrate bound to U1 and U2 small nuclear ribonucleoprotein particles (snRNPs), and transforms into a catalytically active spliceosome after extensive compositional and conformational changes triggered by unwinding of the U4 and U6 (U4/U6) snRNAs. Here we use cryo-electron microscopy single-particle reconstruction of Saccharomyces cerevisiae tri-snRNP at 5.9 Å resolution to reveal the essentially complete organization of its RNA and protein components. The single-stranded region of U4 snRNA between its 3' stem-loop and the U4/U6 snRNA stem I is loaded into the Brr2 helicase active site ready for unwinding. Snu114 and the amino-terminal domain of Prp8 position U5 snRNA to insert its loop I, which aligns the exons for splicing, into the Prp8 active site cavity. The structure provides crucial insights into the activation process and the active site of the spliceosome.
履歴
登録2015年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: em_imaging_optics / em_software ...em_imaging_optics / em_software / pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _em_imaging_optics.energyfilter_name / _em_software.name ..._em_imaging_optics.energyfilter_name / _em_software.name / _em_software.version / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年3月21日Group: Other / Structure summary / カテゴリ: cell / entity / Item: _cell.Z_PDB / _entity.pdbx_description
改定 1.32019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: em_admin / pdbx_data_processing_status ...em_admin / pdbx_data_processing_status / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.42019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
V: U4 snRNA
W: U6 snRNA
A: Pre-mRNA-splicing factor 8
H: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4
J: Pre-mRNA-splicing factor 6
D: Spliceosomal protein DIB1
F: Pre-mRNA-processing factor 31
G: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3
B: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
x: Unknown protein
k: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
l: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
m: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
n: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
p: Small nuclear ribonucleoprotein E
q: Small nuclear ribonucleoprotein F
r: Small nuclear ribonucleoprotein G
E: Snu66
b: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
e: Small nuclear ribonucleoprotein E
f: Small nuclear ribonucleoprotein F
g: Small nuclear ribonucleoprotein G
d: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
h: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
j: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
U: U5 snRNA
K: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
2: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
3: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
4: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
5: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
6: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
7: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
8: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8
C: Pre-mRNA-splicing factor SNU114
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,404,06636
ポリマ－1,403,54335
非ポリマー5231
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area152010 Å2
ΔGint-952 kcal/mol
Surface area420400 Å2
手法PISA

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要素

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RNA鎖 , 3種, 3分子 VWU

#1: RNA鎖 U4 snRNA / U4 snRNA


分子量: 51186.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: GenBank: 807071957
#2: RNA鎖 U6 snRNA / U6 snRNA


分子量: 35883.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: GenBank: 807071964
#19: RNA鎖 U5 snRNA


分子量: 68643.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: GenBank: 807071959

-
Pre-mRNA-splicing factor ... , 3種, 3分子 AJC

#3: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 8 / Prp8


分子量: 279867.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: P33334
#5: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 6 / Prp6


分子量: 104370.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: P19735
#28: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / 114 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Growth inhibitory protein 10 / Snu114


分子量: 114132.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: P36048

-
U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 HG

#4: タンパク質 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 / Pre-mRNA-processing protein 4 / Prp4


分子量: 52506.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: P20053
#8: タンパク質 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 / Pre-mRNA-splicing factor 3 / Prp3


分子量: 55974.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: Q03338

-
タンパク質 , 7種, 8分子 DFBxkbEK

#6: タンパク質 Spliceosomal protein DIB1


分子量: 16798.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: Q06819
#7: タンパク質 Pre-mRNA-processing factor 31 / Prp31


分子量: 56382.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: P49704
#9: タンパク質 Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Protein Snu246 / Brr2


分子量: 246470.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: P32639, RNA helicase
#10: タンパク質 Unknown protein


分子量: 8528.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123
#11: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / snRNP-B / Sm protein B / SmB


分子量: 22426.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: P40018
#18: タンパク質 Snu66


分子量: 28660.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Snu66 is mostly fitted as polyAla into helices and extended polypeptides within the EM map. The authors do not believe that the sequence number is correct.
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: Q12420*PLUS
#20: タンパク質 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein 1 / Snu13


分子量: 13582.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: P39990

-
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 12分子 lhmjndpeqfrg

#12: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / snRNP core protein D1 / U4 SmD1


分子量: 16296.798 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: Q02260
#13: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2 / SmD2


分子量: 12876.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: Q06217
#14: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3 / SmD3


分子量: 11240.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: P43321
#15: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / SmE


分子量: 10385.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: Q12330
#16: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / SmF


分子量: 9669.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: P54999
#17: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / SmG


分子量: 8490.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: P40204

-
U6 snRNA-associated Sm-like protein ... , 7種, 7分子 2345678

#21: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Small nuclear ribonucleoprotein D homolog SNP3


分子量: 11177.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: P38203
#22: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / SmX4 protein


分子量: 10039.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: P57743
#23: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4 / LSm4


分子量: 21298.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: P40070
#24: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5 / LSm5


分子量: 10432.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: P40089
#25: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6 / LSm6


分子量: 9406.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: A6ZYX7, UniProt: Q06406*PLUS
#26: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7 / LSm7


分子量: 13027.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: P53905
#27: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8 / LSm8


分子量: 12403.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123 / 参照: UniProt: P47093

-
非ポリマー , 1種, 1分子

#29: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The overall structure of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP
タイプ: COMPLEX / 詳細: 30 proteins and 3 snRNAs / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 1.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123
緩衝液pH: 7.9
緩衝液成分濃度: 1 mM / 名称: DTT
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO
試料支持詳細: Grids are made of holey carbon, carbon-coated and glow discharged in N-amylamine.
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 倍率（補正後）: 35714 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 16 sec. / 電子線照射量: 38 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 2477
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum
画像スキャン動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 1-20

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0124 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION1.4粒子像選択
4CTFFIND4CTF補正
7Coot0.8.3モデルフィッティング
9REFMAC5.8モデル精密化
10RELION1.4初期オイラー角割当
11RELION1.4最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION1.4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 473827
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 140155 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: RECIPROCAL
精密化解像度: 3.7→3.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / SU B: 26.326 / SU ML: 0.371 / ESU R: 0.409
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.29721 --
obs0.29721 838746 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 397.886 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.98 Å21.68 Å2-0.03 Å2
2--4.25 Å20.28 Å2
3----3.27 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 77375
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0080.01979802
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0020.0272624
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.3391.886109442
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.9823166950
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg13.2695.5059696
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg34.72924.2173014
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg16.8961512280
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg12.50615401
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1720.20212649
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0060.0284167
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0020.0217927
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it17.54239.76135848
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other17.54239.76135847
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it26.84659.60144681
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other26.84659.60244682
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it18.10640.93743954
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other18.10340.94143942
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other29.67160.94864741
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined39.339141451
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other39.339141445
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork3.416 62060 -
Rfree-0 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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