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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5aca | ||||||
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タイトル | Structure-based energetics of protein interfaces guide Foot-and-Mouth disease virus vaccine design | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / VACCINE / FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS / FMDV | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-peptidase / icosahedral viral capsid / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / RNA-protein covalent cross-linking / : / : / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / protein complex oligomerization ...L-peptidase / icosahedral viral capsid / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / RNA-protein covalent cross-linking / : / : / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / protein complex oligomerization / cytoplasmic vesicle membrane / monoatomic ion channel activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / regulation of translation / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / viral protein processing / symbiont entry into host cell / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / RNA binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS - TYPE SAT 2 (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Kotecha, A. / Seago, J. / Scott, K. / Burman, A. / Loureiro, S. / Ren, J. / Porta, C. / Ginn, H.M. / Jackson, T. / Perez-Martin, E. ...Kotecha, A. / Seago, J. / Scott, K. / Burman, A. / Loureiro, S. / Ren, J. / Porta, C. / Ginn, H.M. / Jackson, T. / Perez-Martin, E. / Siebert, C.A. / Paul, G. / Huiskonen, J.T. / Jones, I.M. / Esnouf, R.M. / Fry, E.E. / Maree, F.F. / Charleston, B. / Stuart, D.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015 タイトル: Structure-based energetics of protein interfaces guides foot-and-mouth disease virus vaccine design. 著者: Abhay Kotecha / Julian Seago / Katherine Scott / Alison Burman / Silvia Loureiro / Jingshan Ren / Claudine Porta / Helen M Ginn / Terry Jackson / Eva Perez-Martin / C Alistair Siebert / ...著者: Abhay Kotecha / Julian Seago / Katherine Scott / Alison Burman / Silvia Loureiro / Jingshan Ren / Claudine Porta / Helen M Ginn / Terry Jackson / Eva Perez-Martin / C Alistair Siebert / Guntram Paul / Juha T Huiskonen / Ian M Jones / Robert M Esnouf / Elizabeth E Fry / Francois F Maree / Bryan Charleston / David I Stuart / 要旨: Virus capsids are primed for disassembly, yet capsid integrity is key to generating a protective immune response. Foot-and-mouth disease virus (FMDV) capsids comprise identical pentameric protein ...Virus capsids are primed for disassembly, yet capsid integrity is key to generating a protective immune response. Foot-and-mouth disease virus (FMDV) capsids comprise identical pentameric protein subunits held together by tenuous noncovalent interactions and are often unstable. Chemically inactivated or recombinant empty capsids, which could form the basis of future vaccines, are even less stable than live virus. Here we devised a computational method to assess the relative stability of protein-protein interfaces and used it to design improved candidate vaccines for two poorly stable, but globally important, serotypes of FMDV: O and SAT2. We used a restrained molecular dynamics strategy to rank mutations predicted to strengthen the pentamer interfaces and applied the results to produce stabilized capsids. Structural analyses and stability assays confirmed the predictions, and vaccinated animals generated improved neutralizing-antibody responses to stabilized particles compared to parental viruses and wild-type capsids. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5aca.cif.gz | 130.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5aca.ent.gz | 102.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5aca.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5aca_validation.pdf.gz | 1000.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5aca_full_validation.pdf.gz | 1010 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5aca_validation.xml.gz | 32 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5aca_validation.cif.gz | 47.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/5aca ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/5aca | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 60
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24160.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS - TYPE SAT 2 (ウイルス) 細胞株 (発現宿主): BHK-21 / 発現宿主: MESOCRICETUS AURATUS (ネズミ) / 参照: UniProt: Q1L764, UniProt: Q719N0*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 23226.023 Da / 分子数: 1 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FMDV SAT2 SEROTYPE WITH A MUTATION AT VP2 S93Y 由来: (組換発現) FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS - TYPE SAT 2 (ウイルス) 細胞株 (発現宿主): BHK-21 / 発現宿主: MESOCRICETUS AURATUS (ネズミ) / 参照: UniProt: Q1L764, UniProt: Q719N0*PLUS |
#3: タンパク質 | 分子量: 24620.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS - TYPE SAT 2 (ウイルス) 細胞株 (発現宿主): BHK-21 / 発現宿主: MESOCRICETUS AURATUS (ネズミ) / 参照: UniProt: Q1L764 |
#4: タンパク質 | 分子量: 8836.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS - TYPE SAT 2 (ウイルス) 細胞株 (発現宿主): BHK-21 / 発現宿主: MESOCRICETUS AURATUS (ネズミ) / 参照: UniProt: Q1L764 |
配列の詳細 | VP2 S93Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: INACTIVATED FMDV SAT2 PARTICLE, STABILISED MUTANT / タイプ: VIRUS |
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緩衝液 | 名称: 50MM HEPES PH 8.0, 200 MM NACL / pH: 8 / 詳細: 50MM HEPES PH 8.0, 200 MM NACL |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE 詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 70, TEMPERATURE- 120, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 3 SECONDS BEFORE PLUNGING, |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2014年5月11日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 160000 X / 倍率(補正後): 37037 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2 mm |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 628 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||
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CTF補正 | 詳細: EACH PARTICLE | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: PROJECTION MATCHING / 解像度: 3.5 Å / 粒子像の数: 8156 / ピクセルサイズ(実測値): 1.35 Å / 倍率補正: CROSS- -CORRELATION AGAINST ATOMIC MODEL 詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3130. (DEPOSITION ID: 13687). 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient 詳細: METHOD--LOCAL CORRELATION FOLLOWED BY RIGIDBODY AND REAL SPACE REFINEMENT REFINEMENT PROTOCOL--CRYOEM | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3.5 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 3.5 Å
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