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万見
- PDB-5a1y: The structure of the COPI coat linkage IV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a1y
タイトルThe structure of the COPI coat linkage IV
要素
  • (COATOMER SUBUNIT ...) x 7
  • ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / COPI / COATOMER / COATED VESICLES
機能・相同性
機能・相同性情報


cerebellar Purkinje cell layer maturation / protein localization to cell leading edge / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / protein localization to axon / VxPx cargo-targeting to cilium / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Intra-Golgi traffic / trans-Golgi Network Vesicle Budding / protein localization to Golgi membrane / Golgi localization ...cerebellar Purkinje cell layer maturation / protein localization to cell leading edge / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / protein localization to axon / VxPx cargo-targeting to cilium / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Intra-Golgi traffic / trans-Golgi Network Vesicle Budding / protein localization to Golgi membrane / Golgi localization / COPI-coated vesicle / pancreatic juice secretion / regulation of Golgi organization / organelle membrane contact site / COPI vesicle coat / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPI-mediated anterograde transport / Golgi vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / positive regulation of mitochondrial fusion / organelle transport along microtubule / regulation of fatty acid metabolic process / establishment of Golgi localization / intra-Golgi vesicle-mediated transport / Golgi to plasma membrane transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / pigmentation / Golgi-associated vesicle / positive regulation of mitochondrial fission / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / protein secretion / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / adult locomotory behavior / small monomeric GTPase / establishment of localization in cell / macroautophagy / protein kinase C binding / intracellular protein transport / hormone activity / protein transport / growth cone / Golgi membrane / axon / GTPase activity / mRNA binding / neuronal cell body / GTP binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular space / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Coatomer epsilon subunit / Coatomer, epsilon subunit / Coatomer beta subunit, C-terminal / Coatomer beta subunit (COPB1) / Coatomer beta subunit, appendage platform domain / Coatomer beta C-terminal region / Coatomer beta subunit appendage platform / Coatomer, gamma subunit, appendage, Ig-like subdomain / Coatomer gamma subunit / Coatomer subunit gamma, C-terminal ...Coatomer epsilon subunit / Coatomer, epsilon subunit / Coatomer beta subunit, C-terminal / Coatomer beta subunit (COPB1) / Coatomer beta subunit, appendage platform domain / Coatomer beta C-terminal region / Coatomer beta subunit appendage platform / Coatomer, gamma subunit, appendage, Ig-like subdomain / Coatomer gamma subunit / Coatomer subunit gamma, C-terminal / Coatomer, gamma subunit, appendage domain superfamily / Coatomer subunit zeta / Coatomer gamma subunit appendage platform subdomain / Coatomer subunit gamma-1 C-terminal appendage platform / Coatomer delta subunit / Coatomer, alpha subunit, C-terminal / Coatomer subunit alpha / : / Coatomer (COPI) alpha subunit C-terminus / Coatomer beta' subunit (COPB2) / Coatomer, WD associated region / : / Coatomer WD associated region / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / ADP-ribosylation factor 1-5 / Clathrin adaptor complex, small chain / Clathrin adaptor complexes small chain signature. / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / Adaptor complexes medium subunit family / AP complex, mu/sigma subunit / Clathrin adaptor complex small chain / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Small GTPase superfamily, ARF type / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / Longin-like domain superfamily / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / TBP domain superfamily / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Coatomer subunit beta' / Coatomer subunit epsilon / ADP-ribosylation factor 1 / Coatomer subunit zeta-1 / Coatomer subunit delta / Coatomer subunit alpha / Coatomer subunit beta / Coatomer subunit gamma-1
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 21 Å
データ登録者Dodonova, S.O. / Diestelkoetter-Bachert, P. / von Appen, A. / Hagen, W.J.H. / Beck, R. / Beck, M. / Wieland, F. / Briggs, J.A.G.
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: VESICULAR TRANSPORT. A structure of the COPI coat and the role of coat proteins in membrane vesicle assembly.
著者: S O Dodonova / P Diestelkoetter-Bachert / A von Appen / W J H Hagen / R Beck / M Beck / F Wieland / J A G Briggs /
要旨: Transport of material within cells is mediated by trafficking vesicles that bud from one cellular compartment and fuse with another. Formation of a trafficking vesicle is driven by membrane coats ...Transport of material within cells is mediated by trafficking vesicles that bud from one cellular compartment and fuse with another. Formation of a trafficking vesicle is driven by membrane coats that localize cargo and polymerize into cages to bend the membrane. Although extensive structural information is available for components of these coats, the heterogeneity of trafficking vesicles has prevented an understanding of how complete membrane coats assemble on the membrane. We combined cryo-electron tomography, subtomogram averaging, and cross-linking mass spectrometry to derive a complete model of the assembled coat protein complex I (COPI) coat involved in traffic between the Golgi and the endoplasmic reticulum. The highly interconnected COPI coat structure contradicted the current "adaptor-and-cage" understanding of coated vesicle formation.
履歴
登録2015年5月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Database references / Other
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting / em_image_scans / em_software
Item: _em_3d_fitting.target_criteria / _em_software.fitting_id ..._em_3d_fitting.target_criteria / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2989
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2989
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1
B: ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1
C: COATOMER SUBUNIT ALPHA
D: COATOMER SUBUNIT BETA'
E: COATOMER SUBUNIT GAMMA-1
F: COATOMER SUBUNIT ZETA-1
G: COATOMER SUBUNIT BETA
H: COATOMER SUBUNIT DELTA
I: ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1
J: ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1
K: COATOMER SUBUNIT ALPHA
L: COATOMER SUBUNIT BETA'
M: COATOMER SUBUNIT GAMMA-1
N: COATOMER SUBUNIT ZETA-1
O: COATOMER SUBUNIT BETA
P: COATOMER SUBUNIT DELTA
R: ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1
V: COATOMER SUBUNIT GAMMA-1
W: COATOMER SUBUNIT ZETA-1
X: COATOMER SUBUNIT EPSILON
Z: COATOMER SUBUNIT EPSILON


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,348,59721
ポリマ－1,348,59721
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 1種, 5分子 ABIJR

#1: タンパク質
ADP-RIBOSYLATION FACTOR 1


分子量: 20552.438 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: POW12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P11076

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COATOMER SUBUNIT ... , 7種, 16分子 CKDLEMVFNWGOHPXZ

#2: タンパク質 COATOMER SUBUNIT ALPHA / ALPHA-COAT PROTEIN / ALPHA-COP / XENOPSIN-RELATED PEPTIDE


分子量: 142532.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PFBDM / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8CIE6
#3: タンパク質 COATOMER SUBUNIT BETA' / "BETA-COAT PROTEIN" / "BETA-COP" / P102


分子量: 102566.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PFBDM / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O55029
#4: タンパク質 COATOMER SUBUNIT GAMMA-1 / GAMMA-1-COAT PROTEIN / GAMMA-1-COP


分子量: 97622.703 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PFBDM / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9QZE5
#5: タンパク質 COATOMER SUBUNIT ZETA-1 / ZETA-1-COAT PROTEIN / ZETA-1 COP


分子量: 20218.168 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PFBDM / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P61924
#6: タンパク質 COATOMER SUBUNIT BETA / BETA-COAT PROTEIN / BETA-COP


分子量: 109148.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PFBDM / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9JIF7
#7: タンパク質 COATOMER SUBUNIT DELTA / ARCHAIN / DELTA-COAT PROTEIN / DELTA-COP


分子量: 57304.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PFBDM / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q5XJY5
#8: タンパク質 COATOMER SUBUNIT EPSILON / EPSILON-COAT PROTEIN / EPSILON-COP


分子量: 34605.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PFBDM / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O89079

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 電子線トモグラフィー法

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試料調製

構成要素名称: COPI COAT LINKAGE IV ON THE MEMBRANE / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT
緩衝液名称: 50 MM HEPES, 50 MM KAC, 1MM MGCL2 / pH: 7.4 / 詳細: 50 MM HEPES, 50 MM KAC, 1MM MGCL2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 詳細: LIQUID ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年2月7日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 42000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ温度: 90 K / 傾斜角・最大: 60 ° / 傾斜角・最小: -45 °
撮影電子線照射量: 45 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN MULTISCAN
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2AV3３次元再構成
3TOM Toolbox３次元再構成
CTF補正詳細: PHASE FLIPPING OF INDIVIDUAL TILTS
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成手法: CROSS-CORRELATION / 解像度: 21 Å / 粒子像の数: 1205 / ピクセルサイズ（公称値）: 2.019 Å
詳細: HOMOLOGY MODELS WERE FITTED INTO THE EM MAP USING THE MDFF (MOLECULAR DYNAMICS FLEXIBLE FITTING) SOFTWARE. DUE TO LOW RESOLUTION OF THE EM MAP USED FOR FITTING, WE DEPOSIT ONLY THE BACKBONE ...詳細: HOMOLOGY MODELS WERE FITTED INTO THE EM MAP USING THE MDFF (MOLECULAR DYNAMICS FLEXIBLE FITTING) SOFTWARE. DUE TO LOW RESOLUTION OF THE EM MAP USED FOR FITTING, WE DEPOSIT ONLY THE BACKBONE ATOMS. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2989. (DEPOSITION ID: 13343).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: METHOD--RIGID BODY REFINEMENT PROTOCOL--HOMOLOGY-MODEL
精密化最高解像度: 21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39957 0 0 0 39957

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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