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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a1u | ||||||
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タイトル | The structure of the COPI coat triad | ||||||
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![]() | TRANSPORT PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN / COPI / COATOMER / COATED VESICLES | ||||||
機能・相同性 | ![]() cerebellar Purkinje cell layer maturation / protein localization to cell leading edge / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / protein localization to axon / VxPx cargo-targeting to cilium / Intra-Golgi traffic / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / trans-Golgi Network Vesicle Budding / protein localization to Golgi membrane / Golgi localization ...cerebellar Purkinje cell layer maturation / protein localization to cell leading edge / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / protein localization to axon / VxPx cargo-targeting to cilium / Intra-Golgi traffic / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / trans-Golgi Network Vesicle Budding / protein localization to Golgi membrane / Golgi localization / COPI-coated vesicle / pancreatic juice secretion / organelle membrane contact site / regulation of Golgi organization / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPI-mediated anterograde transport / COPI vesicle coat / positive regulation of mitochondrial fusion / Golgi vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / organelle transport along microtubule / regulation of fatty acid metabolic process / establishment of Golgi localization / Golgi to plasma membrane transport / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / Golgi-associated vesicle / pigmentation / positive regulation of mitochondrial fission / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / protein secretion / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / adult locomotory behavior / small monomeric GTPase / establishment of localization in cell / macroautophagy / protein kinase C binding / intracellular protein transport / hormone activity / protein transport / growth cone / Golgi membrane / axon / GTPase activity / mRNA binding / neuronal cell body / GTP binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular space / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13 Å | ||||||
![]() | Dodonova, S.O. / Diestelkoetter-Bachert, P. / von Appen, A. / Hagen, W.J.H. / Beck, R. / Beck, M. / Wieland, F. / Briggs, J.A.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: VESICULAR TRANSPORT. A structure of the COPI coat and the role of coat proteins in membrane vesicle assembly. 著者: S O Dodonova / P Diestelkoetter-Bachert / A von Appen / W J H Hagen / R Beck / M Beck / F Wieland / J A G Briggs / ![]() 要旨: Transport of material within cells is mediated by trafficking vesicles that bud from one cellular compartment and fuse with another. Formation of a trafficking vesicle is driven by membrane coats ...Transport of material within cells is mediated by trafficking vesicles that bud from one cellular compartment and fuse with another. Formation of a trafficking vesicle is driven by membrane coats that localize cargo and polymerize into cages to bend the membrane. Although extensive structural information is available for components of these coats, the heterogeneity of trafficking vesicles has prevented an understanding of how complete membrane coats assemble on the membrane. We combined cryo-electron tomography, subtomogram averaging, and cross-linking mass spectrometry to derive a complete model of the assembled coat protein complex I (COPI) coat involved in traffic between the Golgi and the endoplasmic reticulum. The highly interconnected COPI coat structure contradicted the current "adaptor-and-cage" understanding of coated vesicle formation. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 514.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 297.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 619.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 644.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 80.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 139.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2985MC ![]() 2986C ![]() 2987C ![]() 2988C ![]() 2989C ![]() 5a1vC ![]() 5a1wC ![]() 5a1xC ![]() 5a1yC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 20552.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: POW12 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-COATOMER SUBUNIT ... , 6種, 6分子 CDEFGH
#2: タンパク質 | 分子量: 142532.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8CIE6 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 102566.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O55029 |
#4: タンパク質 | 分子量: 97622.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9QZE5 |
#5: タンパク質 | 分子量: 20218.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P61924 |
#6: タンパク質 | 分子量: 109148.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9JIF7 |
#7: タンパク質 | 分子量: 57304.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5XJY5 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 電子線トモグラフィー法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: COATING PROTEIN 1 / タイプ: COMPLEX |
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緩衝液 | 名称: 50 MM HEPES, 50 MM KAC, 1MM MGCL2 / pH: 7.4 / 詳細: 50 MM HEPES, 50 MM KAC, 1MM MGCL2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 詳細: LIQUID ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年2月7日 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 42000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 温度: 90 K / 傾斜角・最大: 60 ° / 傾斜角・最小: -45 ° |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN MULTISCAN |
放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: PHASE FLIPPING OF INDIVIDUAL TILTS | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: CROSS-CORRELATION / 解像度: 13 Å / 粒子像の数: 13186 / ピクセルサイズ(公称値): 2.019 Å 詳細: HOMOLOGY MODELS WERE FITTED INTO THE EM MAP USING THE MDFF (MOLECULAR DYNAMICS FLEXIBLE FITTING) SOFTWARE. THE DEPOSITION CONTAINS ONLY THE ASYMMETRIC UNIT. IN ORDER TO GET THE WHOLE ASSEMBLY ...詳細: HOMOLOGY MODELS WERE FITTED INTO THE EM MAP USING THE MDFF (MOLECULAR DYNAMICS FLEXIBLE FITTING) SOFTWARE. THE DEPOSITION CONTAINS ONLY THE ASYMMETRIC UNIT. IN ORDER TO GET THE WHOLE ASSEMBLY ONE HAS TO GENERATE SYMMETRY COPIES USING THE BIOMT MATRIX, WHICH IS PRESENT IN THE HEADER OF THE UPLOADED FILE. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2985. (DEPOSITION ID: 13323). 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient 詳細: METHOD--CROSS-CORRELATION REFINEMENT PROTOCOL--HOMOLOGY-MODEL | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 13 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 13 Å
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