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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v7f | |||||||||
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タイトル | Arx1 pre-60S particle. | |||||||||
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![]() | RIBOSOME / 60S biogenesis / 5S rRNA | |||||||||
機能・相同性 | ![]() protein-RNA complex remodeling / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 加水分解酵素 / rRNA primary transcript binding / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of 5.8S rRNA ...protein-RNA complex remodeling / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 加水分解酵素 / rRNA primary transcript binding / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of 5.8S rRNA / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / ATPase activator activity / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit export from nucleus / protein-RNA complex assembly / regulation of translational fidelity / ribosomal subunit export from nucleus / Neutrophil degranulation / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / assembly of large subunit precursor of preribosome / maturation of LSU-rRNA / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / macroautophagy / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / ribosomal large subunit assembly / rRNA processing / metallopeptidase activity / ribosome biogenesis / ATPase binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / GTPase activity / mRNA binding / nucleolus / GTP binding / proteolysis / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å | |||||||||
![]() | Leidig, C. / Thoms, M. / Holdermann, I. / Bradatsch, B. / Berninghausen, O. / Bange, G. / Sinning, I. / Hurt, E. / Beckmann, R. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: 60S ribosome biogenesis requires rotation of the 5S ribonucleoprotein particle. 著者: Christoph Leidig / Matthias Thoms / Iris Holdermann / Bettina Bradatsch / Otto Berninghausen / Gert Bange / Irmgard Sinning / Ed Hurt / Roland Beckmann / ![]() 要旨: During eukaryotic ribosome biogenesis, nascent ribosomal RNA (rRNA) forms pre-ribosomal particles containing ribosomal proteins and assembly factors. Subsequently, these immature rRNAs are processed ...During eukaryotic ribosome biogenesis, nascent ribosomal RNA (rRNA) forms pre-ribosomal particles containing ribosomal proteins and assembly factors. Subsequently, these immature rRNAs are processed and remodelled. Little is known about the premature assembly states of rRNAs and their structural rearrangement during ribosome biogenesis. Using cryo-EM we characterize a pre-60S particle, where the 5S rRNA and its associated ribosomal proteins L18 and L5 (5S ribonucleoprotein (RNP)) are rotated by almost 180° when compared with the mature subunit. Consequently, neighbouring 25S rRNA helices that protrude from the base of the central protuberance are deformed. This altered topology is stabilized by nearby assembly factors (Rsa4 and Nog1), which were identified by fitting their three-dimensional structures into the cryo-EM density. We suggest that the 5S RNP performs a semicircular movement during 60S biogenesis to adopt its final position, fulfilling a chaperone-like function in guiding the flanking 25S rRNA helices of the central protuberance to their final topology. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 805.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 199.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 375 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 123
#1: RNA鎖 | 分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: RNA鎖 | 分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
+60S ribosomal protein ... , 37種, 37分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcd...
-タンパク質 , 5種, 5分子 lmnoq
#41: タンパク質 | 分子量: 65290.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#42: タンパク質 | 分子量: 26476.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#43: タンパク質 | 分子量: 27098.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#44: タンパク質 | 分子量: 74531.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#46: タンパク質 | 分子量: 57106.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-Ribosome biogenesis protein ... , 2種, 3分子 prs
#45: タンパク質 | 分子量: 24027.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#47: タンパク質 | 分子量: 36621.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2012年11月12日 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 8.7 Å / 粒子像の数: 75887 / ピクセルサイズ(公称値): 1.0605 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.0605 Å / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3U5D![]() 3u5d Accession code: 3U5D / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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