+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v68 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | T. thermophilus 70S ribosome in complex with mRNA, tRNAs and EF-Tu.GDP.kirromycin ternary complex, fitted to a 6.4 A Cryo-EM map. | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | RIBOSOME / cryo-electron microscopy/elongation factor/GTPase/ribosome/translation / Ribonucleoprotein / Ribosomal protein / RNA-binding / rRNA-binding / Metal-binding / Zinc-finger / tRNA-binding / Elongation factor / GTP-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Protein biosynthesis | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity ...endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Schuette, J.-C. / Spahn, C.M.T. | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2009 タイトル: GTPase activation of elongation factor EF-Tu by the ribosome during decoding. 著者: Jan-Christian Schuette / Frank V Murphy / Ann C Kelley / John R Weir / Jan Giesebrecht / Sean R Connell / Justus Loerke / Thorsten Mielke / Wei Zhang / Pawel A Penczek / V Ramakrishnan / Christian M T Spahn / 要旨: We have used single-particle reconstruction in cryo-electron microscopy to determine a structure of the Thermus thermophilus ribosome in which the ternary complex of elongation factor Tu (EF-Tu), ...We have used single-particle reconstruction in cryo-electron microscopy to determine a structure of the Thermus thermophilus ribosome in which the ternary complex of elongation factor Tu (EF-Tu), tRNA and guanine nucleotide has been trapped on the ribosome using the antibiotic kirromycin. This represents the state in the decoding process just after codon recognition by tRNA and the resulting GTP hydrolysis by EF-Tu, but before the release of EF-Tu from the ribosome. Progress in sample purification and image processing made it possible to reach a resolution of 6.4 A. Secondary structure elements in tRNA, EF-Tu and the ribosome, and even GDP and kirromycin, could all be visualized directly. The structure reveals a complex conformational rearrangement of the tRNA in the A/T state and the interactions with the functionally important switch regions of EF-Tu crucial to GTP hydrolysis. Thus, the structure provides insights into the molecular mechanism of signalling codon recognition from the decoding centre of the 30S subunit to the GTPase centre of EF-Tu. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4v68.cif.gz | 3.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4v68.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 4v68.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/4v68 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/4v68 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-RNA鎖 , 8種, 8分子 AAAVAXAWAYA0BABB
#1: RNA鎖 | 分子量: 488391.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) |
---|---|
#22: RNA鎖 | 分子量: 24816.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) |
#23: RNA鎖 | 分子量: 1923.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized |
#24: RNA鎖 | 分子量: 24485.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) |
#25: RNA鎖 | 分子量: 23583.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) |
#26: RNA鎖 | 分子量: 873.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized / 参照: UniProt: Q5SHN6 |
#38: RNA鎖 | 分子量: 927659.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) |
#39: RNA鎖 | 分子量: 38553.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) |
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 ABADAEAFAHAKALAOAPAQARATACAGAIAJAMANASAU
#2: タンパク質 | 分子量: 27116.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80371 |
---|---|
#3: タンパク質 | 分子量: 24242.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80373 |
#4: タンパク質 | 分子量: 16460.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ5 |
#5: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SLP8 |
#6: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: A0A0M9AFS9*PLUS |
#7: タンパク質 | 分子量: 12606.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80376 |
#8: タンパク質 | 分子量: 13875.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHN3 |
#9: タンパク質 | 分子量: 10447.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SJ76 |
#10: タンパク質 | 分子量: 9995.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SJH3 |
#11: タンパク質 | 分子量: 11880.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: A0A0N0BLS5*PLUS |
#12: タンパク質 | 分子量: 8155.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SLQ0 |
#13: タンパク質 | 分子量: 10921.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80380 |
#14: タンパク質 | 分子量: 22975.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80372 |
#15: タンパク質 | 分子量: 17919.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P17291 |
#16: タンパク質 | 分子量: 14298.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P62669 |
#17: タンパク質 | 分子量: 11398.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHN7 |
#18: タンパク質 | 分子量: 14207.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P80377 |
#19: タンパク質 | 分子量: 7027.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: A0A0N0BLP2*PLUS |
#20: タンパク質 | 分子量: 9006.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHP2 |
#21: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3089.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SIH3 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 AZ
#27: タンパク質 | 分子量: 44709.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P60339 |
---|
+50S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 B0B1B2B3B4B5B6B7B8B9BCBDBEBFBGBHBIBLBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBXBYBZ
-非ポリマー , 4種, 4分子
#61: 化合物 | ChemComp-PHA / |
---|---|
#62: 化合物 | ChemComp-GDP / |
#63: 化合物 | ChemComp-MAU / |
#64: 化合物 | ChemComp-BME / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Thermus thermophilus ribosome complexed with mRNA, tRNAs and EF-Tu タイプ: RIBOSOME / 詳細: 70S tRNA EF-Tu GDP kirromycin ribosomal complexes |
---|---|
試料 | 濃度: 30 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: Quantifoil grids. |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: METHANE 詳細: A Vitrobot was used to shock-freeze the sample in liquid methane. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 39000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
試料ホルダ | 温度: 77 K |
撮影 | 電子線照射量: 23 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
CTF補正 | 詳細: CTF correction of each defocus group volume prior to back projection. | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: projection matching / 解像度: 6.4 Å / 粒子像の数: 323688 / ピクセルサイズ(公称値): 1.26 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.262 Å / 詳細: The SPIDER software package was used. / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL Target criteria: best visual fit using the programs O, CHIMERA or PYMOL. 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body docking carried out with SPIDER or SITUS software. | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
|