[日本語] English
万見
- PDB-4v4l: Structure of the Drosophila apoptosome -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v4l
タイトルStructure of the Drosophila apoptosome
要素Apaf-1 related killer DARK
キーワードAPOPTOSIS / Drosophila apoptosome / programmed cell death
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of humoral immune response / positive regulation of glial cell apoptotic process / Formation of apoptosome / salivary gland histolysis / positive regulation of compound eye retinal cell programmed cell death / melanization defense response / sarcosine catabolic process / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / central nervous system formation ...negative regulation of humoral immune response / positive regulation of glial cell apoptotic process / Formation of apoptosome / salivary gland histolysis / positive regulation of compound eye retinal cell programmed cell death / melanization defense response / sarcosine catabolic process / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / central nervous system formation / chaeta development / sperm individualization / apoptosome / autophagic cell death / Neutrophil degranulation / S-adenosylmethionine cycle / CARD domain binding / programmed cell death / triglyceride homeostasis / dendrite morphogenesis / response to starvation / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / response to gamma radiation / ADP binding / neuron cellular homeostasis / positive regulation of apoptotic process / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
APAF-1 helical domain / APAF-1 helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / Apaf-1 related killer DARK
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å
データ登録者Yuan, S. / Topf, M. / Akey, C.W. / Ludtke, S.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structure of the Drosophila apoptosome at 6.9 å resolution.
著者: Shujun Yuan / Xinchao Yu / Maya Topf / Loretta Dorstyn / Sharad Kumar / Steven J Ludtke / Christopher W Akey /
要旨: The Drosophila Apaf-1 related killer forms an apoptosome in the intrinsic cell death pathway. In this study we show that Dark forms a single ring when initiator procaspases are bound. This Dark-Dronc ...The Drosophila Apaf-1 related killer forms an apoptosome in the intrinsic cell death pathway. In this study we show that Dark forms a single ring when initiator procaspases are bound. This Dark-Dronc complex cleaves DrICE efficiently; hence, a single ring represents the Drosophila apoptosome. We then determined the 3D structure of a double ring at ∼6.9 Å resolution and created a model of the apoptosome. Subunit interactions in the Dark complex are similar to those in Apaf-1 and CED-4 apoptosomes, but there are significant differences. In particular, Dark has "lost" a loop in the nucleotide-binding pocket, which opens a path for possible dATP exchange in the apoptosome. In addition, caspase recruitment domains (CARDs) form a crown on the central hub of the Dark apoptosome. This CARD geometry suggests that conformational changes will be required to form active Dark-Dronc complexes. When taken together, these data provide insights into apoptosome structure, function, and evolution.
履歴
登録2010年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 1VT4, 3IZ8
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: em_image_scans / em_software / struct_ref_seq
Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name ..._em_software.image_processing_id / _em_software.name / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.32019年12月18日Group: Database references / Other / カテゴリ: atom_sites / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5235
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Apaf-1 related killer DARK
B: Apaf-1 related killer DARK
C: Apaf-1 related killer DARK
D: Apaf-1 related killer DARK
E: Apaf-1 related killer DARK
F: Apaf-1 related killer DARK
G: Apaf-1 related killer DARK
H: Apaf-1 related killer DARK
I: Apaf-1 related killer DARK
J: Apaf-1 related killer DARK
K: Apaf-1 related killer DARK
L: Apaf-1 related killer DARK
M: Apaf-1 related killer DARK
N: Apaf-1 related killer DARK
O: Apaf-1 related killer DARK
P: Apaf-1 related killer DARK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,979,37648
ポリマ－1,971,12816
非ポリマー8,24832
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: D8 (2回x8回 2面回転対称))

-
要素

#1: タンパク質
Apaf-1 related killer DARK / Apaf-1-related-killer / isoform B / Apaf-1/CED-4-related caspase activator Dapaf-1L / Cell death protein HAC-1


分子量: 123195.531 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Ark, CG6829, dapaf-1L, Dmel_CG6829, Hac1 / プラスミド: pFastBac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf21 / 参照: UniProt: Q7KLI1
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE ACTUAL SEQUENCE FOR THE PROTEIN IS: ...AUTHORS STATE THAT THE ACTUAL SEQUENCE FOR THE PROTEIN IS: MDFETGEHQYQYKDILSVFEDAFVDNFDCKDVQDMPKSILSKEEIDHIIMSKDAVSGTLR LFWTLLSKQEEMVQKFVEEVLRINYKFLMSPIKTEQRQPSMMTRMYIEQRDRLYNDNQVF AKYNVSRLQPYLKLRQALLELRPAKNVLIDGVLGSGKTWVALDVCLSYKVQCKMDFKIFW LNLKNCNSPETVLEMLQKLLYQIDPNWTSRSDHSSNIKLRIHSIQAELRRLLKSKPYENC LLVLLNVQNAKAWNAFNLSCKILLTTRFKQVTDFLSAATTTHISLDHHSMTLTPDEVKSL LLKYLDCRPQDLPREVLTTNPRRLSIIAESIRDGLATWDNWKHVNCDKLTTIIESSLNVL EPAEYRKMFDRLSVFPPSAHIPTILLSLIWFDVIKSDVMVVVNKLHKYSLVEKQPKESTI SIPSIYLELKVKLENEYALHRSIVDHYNIPKTFDSDDLIPPYLDQYFYSHIGHHLKNIEH PERMTLFRMVFLDFRFLEQKIRHDSTAWNASGSILNTLQQLKFYKPYICDNDPKYERLVN AILDFLPKIEENLICSKYTDLLRIALMAEDEAIFEEAHKQVQRFDDRVWFTNHGRFHQHR QIINLGDNEGRHAVYLHNDFCLIALASGQILLTDVSLEGEDTYLLRDESDSSDILRMAVF NQQKHLITLHCNGSVKLWSLWPDCPGRRHSGGSKQQLVNSVVKRFIGSYANLKIVAFYLN EDAGLPEANIQLHVAFINGDVSILNWDEQDQEFKLSHVPVLKTMQSGIRCFVQVLKRYYV VCTSNCTLTVWDLTNGSSNTLELHVFNVENDTPLALDVFDERSKTATVLLIFKYSVWRLN FLPGLSVSLQSEAVQLPEGSFITCGKRSTDGRYLLLGTSEGLIVYDLKISDPVLRSNVSE HIECVDIYELFDPVYKYIVLCGAKGKQVVHVHTLRSVSGSNSHQNREIAWVHSADEISVM TKACLEPNVYLRSLMDMTRERTQLLAVDSKERIHLIKPAISRISEWSTITPTHAASNCKI NAISAFNDEQIFVGYVDGVIIDVIHDTALPQQFIEEPIDYLKQVSPNILVASAHSAQKTV IFQLEKIDPLQPNDQWPLMMDVSTKYASLQEGQYIILFSDHGVCHLDIANPSAFVKPKDS EEYIVGFDLKNSLLFLAYENNIIDVFRLIFSCNQLRYEQICEEEIAQKAKISYLVATDDG TMLAMGFENGTLELFAVENRKVQLIYSIEEVHEHCIRQLLFSPCKLLLISCAEQLCFWNV THMRNNQLEREQKRRRSRRHKQHSVTQEDAVDAAPIAADIDVDVTFVADEFHPVNRGTAE LWRNKRGNAIRPELLACVKFVGNEARQFFTDAHFSHFYAIDDEGVYYHLQLLELSRLQPP PDPVTLDIANQYEDLKNLRILDSPLMQDSDSEGADVVGNLVLEKNGGVARATPILEEASS

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Parent-ID
1Drosophila apoptosome (double ring)COMPLEXhexadecamer of Dark molecules. Sample assembled in low salt buffer (20 mM HEPES pH 7.5, 10 mM KCl, 1.5 mM MgCl2, 1 mM EDTA, 1 mM EGTA, 1 mM DTT) at about 0.5 mg per ml with dATP and additional EDTA0
2Apaf-1 related killer DARKDark is assembled with 10 mM EDTA and 10 mM dATP in low salt buffer1
分子量値: 2.5 MDa / 実験値: NO
緩衝液名称: HEPES buffer / pH: 7.5
詳細: 20mM HEPES, 10mM KCl, 1.5mM MgCl2, 1mM EDTA, 1mM EGTA, 1mM DTT
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: 20mM HEPES, 10mM KCl, 1.5mM MgCl2, 1mM EDTA, 1mM EGTA, 1mM DTT
試料支持詳細: C-flat 2/1 holey grids (400 mesh) covered with a thin carbon film
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / Temp: 77 K / 湿度: 100 %
詳細: blotting at room temperature with sample at room temperature
手法: Blot for 2-2.5s before plunging

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2009年9月15日
詳細: actual magnification at the ccd 87000, camera pixel size 15um, 1.72 angstrom per pixel, data collected semi-automatically with EMTools (TVIPS)
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 160 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000 X / 倍率（補正後）: 50000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2 mm
非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 200,000 times magnification
カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
資料ホルダタイプ: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
温度: 93 K / 最高温度: 100 K / 最低温度: 93 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS (4k x 4k)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Flex-EMモデルフィッティング
2MODELLERモデルフィッティング
3UCSF Chimeraモデルフィッティング
4EMAN2３次元再構成
CTF補正詳細: each CCD frame
対称性点対称性: D8 (2回x8回 2面回転対称)
3次元再構成手法: projection matching / 解像度: 6.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 48271 / ピクセルサイズ（実測値）: 1.72 Å
詳細: Projection matching was done with Fourier ring correlation, model-based masking and SSNR weighting over an 80-6 angstrom resolution range. The final refinement steps used an angular step of 2. ...詳細: Projection matching was done with Fourier ring correlation, model-based masking and SSNR weighting over an 80-6 angstrom resolution range. The final refinement steps used an angular step of 2.5 degrees and each of the 48,000 particles was matched to the best two projection classes (1353). In total, 45,000 particles were used in the final reconstruction and the 3D map was amplitude corrected then Gaussian low-pass filtered with a Fourier half-width of 0.12.
クラス平均像の数: 1353 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: METHOD--Flexible fitting, local refinement REFINEMENT PROTOCOL--rigid body first, and then used individual helices DETAILS--Chimera was used to do initial domain fitting with Apaf-1 (1Z6T) ...詳細: METHOD--Flexible fitting, local refinement REFINEMENT PROTOCOL--rigid body first, and then used individual helices DETAILS--Chimera was used to do initial domain fitting with Apaf-1 (1Z6T) and CED-4 (2A5Y)domains. Modeller and Flex-Em were then used to do local refinement of homology models of the various domains.
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数63840 0 248 0 64088

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る