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万見
- PDB-4chw: The electron crystallography structure of the cAMP-free potassium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4chw
タイトルThe electron crystallography structure of the cAMP-free potassium channel MloK1
要素CYCLIC NUCLEOTIDE-GATED POTASSIUM CHANNEL MLL3241
キーワードTRANSPORT PROTEIN / 2DX / VOLTAGE GATED POTASSIUM CHANNEL / CNBD / 2D CRYSTAL
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium channel activity / cAMP binding / protein-containing complex binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cyclic nucleotide-regulated ion channel, N-terminal / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Ion channel / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain ...Cyclic nucleotide-regulated ion channel, N-terminal / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Ion channel / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241
類似検索 - 構成要素
生物種MESORHIZOBIUM LOTI (根粒菌)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7 Å
データ登録者Kowal, J. / Chami, M. / Baumgartner, P. / Arheit, M. / Chiu, P.L. / Rangl, M. / Scheuring, S. / Schroeder, G.F. / Nimigean, C.M. / Stahlberg, H.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Ligand-induced structural changes in the cyclic nucleotide-modulated potassium channel MloK1.
著者: Julia Kowal / Mohamed Chami / Paul Baumgartner / Marcel Arheit / Po-Lin Chiu / Martina Rangl / Simon Scheuring / Gunnar F Schröder / Crina M Nimigean / Henning Stahlberg /
要旨: Cyclic nucleotide-modulated ion channels are important for signal transduction and pacemaking in eukaryotes. The molecular determinants of ligand gating in these channels are still unknown, mainly ...Cyclic nucleotide-modulated ion channels are important for signal transduction and pacemaking in eukaryotes. The molecular determinants of ligand gating in these channels are still unknown, mainly because of a lack of direct structural information. Here we report ligand-induced conformational changes in full-length MloK1, a cyclic nucleotide-modulated potassium channel from the bacterium Mesorhizobium loti, analysed by electron crystallography and atomic force microscopy. Upon cAMP binding, the cyclic nucleotide-binding domains move vertically towards the membrane, and directly contact the S1-S4 voltage sensor domains. This is accompanied by a significant shift and tilt of the voltage sensor domain helices. In both states, the inner pore-lining helices are in an 'open' conformation. We propose a mechanism in which ligand binding can favour pore opening via a direct interaction between the cyclic nucleotide-binding domains and voltage sensors. This offers a simple mechanistic hypothesis for the coupling between ligand gating and voltage sensing in eukaryotic HCN channels.
履歴
登録2013年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references
改定 1.22018年2月28日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.32018年8月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42019年4月24日Group: Data collection / Other
カテゴリ: diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength ...diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type / _diffrn_radiation_wavelength.wt / _pdbx_database_status.author_approval_type
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wt / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2527
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLIC NUCLEOTIDE-GATED POTASSIUM CHANNEL MLL3241
B: CYCLIC NUCLEOTIDE-GATED POTASSIUM CHANNEL MLL3241
C: CYCLIC NUCLEOTIDE-GATED POTASSIUM CHANNEL MLL3241
D: CYCLIC NUCLEOTIDE-GATED POTASSIUM CHANNEL MLL3241
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,4596
ポリマ－154,3814
非ポリマー782
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.300, 105.300, 105.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
CYCLIC NUCLEOTIDE-GATED POTASSIUM CHANNEL MLL3241 / MLOTIK1 CHANNEL / MLOK1


分子量: 38595.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CAMP NOT PRESENT IN BUFFER / 由来: (組換発現) MESORHIZOBIUM LOTI (根粒菌) / プラスミド: PASK90 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q98GN8
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: MLOK1 WITHOUT CAMP / タイプ: COMPLEX
緩衝液名称: 20 MM KCL, 1 MM BACL2, 1 MM EDTA, 20 MM TRIS / pH: 7.6 / 詳細: 20 MM KCL, 1 MM BACL2, 1 MM EDTA, 20 MM TRIS
試料濃度: 1.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 詳細: PLUNGE FREEZING

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データ収集

顕微鏡モデル: FEI/PHILIPS CM200FEG / 日付: 2012年3月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3077 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 655 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 85 K / 傾斜角・最大: 46 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 78
放射散乱光タイプ: electron
放射波長相対比: 1

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解析

3次元再構成解像度: 7 Å / 解像度の算出法: OTHER / 対称性のタイプ: 2D CRYSTAL
精密化最高解像度: 7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10340 0 2 0 10342

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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