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- PDB-3j9k: Structure of Dark apoptosome in complex with Dronc CARD domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j9k
タイトルStructure of Dark apoptosome in complex with Dronc CARD domain
要素
  • Apaf-1 related killer DARK
  • Caspase Nc
キーワードAPOPTOSIS / programmed cell death / caspase activation
機能・相同性
機能・相同性情報


hemocyte development / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / nurse cell apoptotic process / negative regulation of humoral immune response / positive regulation of glial cell apoptotic process / head involution / Formation of apoptosome / salivary gland histolysis / melanization defense response / caspase-9 ...hemocyte development / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / nurse cell apoptotic process / negative regulation of humoral immune response / positive regulation of glial cell apoptotic process / head involution / Formation of apoptosome / salivary gland histolysis / melanization defense response / caspase-9 / : / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / compound eye retinal cell programmed cell death / central nervous system formation / positive regulation of apoptotic process involved in development / metamorphosis / compound eye development / sperm individualization / apoptosome / autophagic cell death / programmed cell death involved in cell development / chaeta development / Neutrophil degranulation / L-methionine cycle / programmed necrotic cell death / CARD domain binding / programmed cell death / zymogen activation / execution phase of apoptosis / triglyceride homeostasis / dendrite morphogenesis / response to starvation / neuron remodeling / protein autoprocessing / ectopic germ cell programmed cell death / central nervous system development / determination of adult lifespan / positive regulation of apoptotic signaling pathway / response to gamma radiation / neuron cellular homeostasis / ADP binding / negative regulation of cell population proliferation / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / structural molecule activity / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Dark, CARD domain / Dark, winged-helix domain / APAF-1 helical domain / APAF-1 helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Peptidase C14 family / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 ...: / : / Dark, CARD domain / Dark, winged-helix domain / APAF-1 helical domain / APAF-1 helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Peptidase C14 family / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily / WD40 repeats / WD40 repeat / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Apoptosome protein Dark / Caspase Dronc
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Pang, Y. / Bai, X. / Yan, C. / Hao, Q. / Chen, Z. / Wang, J. / Scheres, S.H.W. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Genes Dev / 年: 2015
タイトル: Structure of the apoptosome: mechanistic insights into activation of an initiator caspase from Drosophila.
著者: Yuxuan Pang / Xiao-chen Bai / Chuangye Yan / Qi Hao / Zheqin Chen / Jia-Wei Wang / Sjors H W Scheres / Yigong Shi /
要旨: Apoptosis is executed by a cascade of caspase activation. The autocatalytic activation of an initiator caspase, exemplified by caspase-9 in mammals or its ortholog, Dronc, in fruit flies, is ...Apoptosis is executed by a cascade of caspase activation. The autocatalytic activation of an initiator caspase, exemplified by caspase-9 in mammals or its ortholog, Dronc, in fruit flies, is facilitated by a multimeric adaptor complex known as the apoptosome. The underlying mechanism by which caspase-9 or Dronc is activated by the apoptosome remains unknown. Here we report the electron cryomicroscopic (cryo-EM) structure of the intact apoptosome from Drosophila melanogaster at 4.0 Å resolution. Analysis of the Drosophila apoptosome, which comprises 16 molecules of the Dark protein (Apaf-1 ortholog), reveals molecular determinants that support the assembly of the 2.5-MDa complex. In the absence of dATP or ATP, Dronc zymogen potently induces formation of the Dark apoptosome, within which Dronc is efficiently activated. At 4.1 Å resolution, the cryo-EM structure of the Dark apoptosome bound to the caspase recruitment domain (CARD) of Dronc (Dronc-CARD) reveals two stacked rings of Dronc-CARD that are sandwiched between two octameric rings of the Dark protein. The specific interactions between Dronc-CARD and both the CARD and the WD40 repeats of a nearby Dark protomer are indispensable for Dronc activation. These findings reveal important mechanistic insights into the activation of initiator caspase by the apoptosome.
履歴
登録2015年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2870
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apaf-1 related killer DARK
B: Caspase Nc
C: Apaf-1 related killer DARK
D: Caspase Nc
E: Apaf-1 related killer DARK
F: Caspase Nc
G: Apaf-1 related killer DARK
H: Caspase Nc
I: Apaf-1 related killer DARK
J: Caspase Nc
K: Apaf-1 related killer DARK
L: Caspase Nc
M: Apaf-1 related killer DARK
N: Caspase Nc
O: Apaf-1 related killer DARK
P: Caspase Nc
Q: Apaf-1 related killer DARK
R: Caspase Nc
S: Apaf-1 related killer DARK
T: Caspase Nc
U: Apaf-1 related killer DARK
V: Caspase Nc
W: Apaf-1 related killer DARK
X: Caspase Nc
Y: Apaf-1 related killer DARK
Z: Caspase Nc
a: Apaf-1 related killer DARK
b: Caspase Nc
c: Apaf-1 related killer DARK
d: Caspase Nc
e: Apaf-1 related killer DARK
f: Caspase Nc
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,630,13648
ポリマ－2,623,30132
非ポリマー6,83516
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Apaf-1 related killer DARK / Apaf-1-related-killer / isoform B / Apaf-1/CED-4-related caspase activator Dapaf-1L / Cell death ...Apaf-1-related-killer / isoform B / Apaf-1/CED-4-related caspase activator Dapaf-1L / Cell death protein HAC-1 / FI21208p1


分子量: 112749.156 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q7KLI1
#2: タンパク質
Caspase Nc / NEDD2-like caspase DRONC / Caspase Nc subunit 1 / Caspase Nc subunit 2 / Dronc-CARD


分子量: 51207.145 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9XYF4, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプParent-ID
1Dark apoptosome in complex with Dronc-CARDCOMPLEX0
2Dark apoptosome1
3Dronc-CARD1
分子量値: 3 MDa / 実験値: NO
緩衝液名称: 25 mM Tris, pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM DTT / pH: 8 / 詳細: 25 mM Tris, pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM DTT
試料濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: glow-discharged holey carbon grids (Quantifoil CuR2/2) with home-made continuous carbon film
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / Temp: 85 K / 湿度: 100 %
詳細: Blot for 2 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK II).
手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300 / 日付: 2014年1月8日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 78000 X / 倍率（補正後）: 104748 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 6400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 温度: 85 K / 最高温度: 90 K / 最低温度: 80 K
撮影電子線照射量: 28 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 1234
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1CTFFIND3CTF補正
2RELION３次元再構成
CTF補正詳細: Each particle
対称性点対称性: D8 (2回x8回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 11359 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.34 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.34 Å
詳細: To correct for beam-induced movements, the 16 video frames for each micrograph were first aligned using whole-image motion correction. Then particle-based beam-induced movement correction was ...詳細: To correct for beam-induced movements, the 16 video frames for each micrograph were first aligned using whole-image motion correction. Then particle-based beam-induced movement correction was performed using statistical movie processing in RELION.
対称性のタイプ: POINT
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数126080 0 432 0 126512

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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