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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j6t | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Dengue virus serotype 3 at 37 degrees C | ||||||
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![]() | VIRUS / Dengue virus | ||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7 Å | ||||||
![]() | Fibriansah, G. / Tan, J.L. / Smith, S.A. / de Alwis, R. / Ng, T.-S. / Kostyuchenko, V.A. / Kukkaro, P. / de Silva, A.M. / Crowe Jr., J.E. / Lok, S.-M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A highly potent human antibody neutralizes dengue virus serotype 3 by binding across three surface proteins. 著者: Guntur Fibriansah / Joanne L Tan / Scott A Smith / Ruklanthi de Alwis / Thiam-Seng Ng / Victor A Kostyuchenko / Ramesh S Jadi / Petra Kukkaro / Aravinda M de Silva / James E Crowe / Shee-Mei Lok / ![]() ![]() 要旨: Dengue virus (DENV) infects ~400 million people annually. There is no licensed vaccine or therapeutic drug. Only a small fraction of the total DENV-specific antibodies in a naturally occurring dengue ...Dengue virus (DENV) infects ~400 million people annually. There is no licensed vaccine or therapeutic drug. Only a small fraction of the total DENV-specific antibodies in a naturally occurring dengue infection consists of highly neutralizing antibodies. Here we show that the DENV-specific human monoclonal antibody 5J7 is exceptionally potent, neutralizing 50% of virus at nanogram-range antibody concentration. The 9 Å resolution cryo-electron microscopy structure of the Fab 5J7-DENV complex shows that a single Fab molecule binds across three envelope proteins and engages three functionally important domains, each from a different envelope protein. These domains are critical for receptor binding and fusion to the endosomal membrane. The ability to bind to multiple domains allows the antibody to fully coat the virus surface with only 60 copies of Fab, that is, half the amount compared with other potent antibodies. Our study reveals a highly efficient and unusual mechanism of molecular recognition by an antibody. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 61.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 35.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 841.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 840.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 60
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3 | ![]()
| x 5
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53682.484 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 281-773 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: D3/SG/05K863DK1/2005 / 細胞株 (発現宿主): C6/36 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 8347.836 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 206-280 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: D3/SG/05K863DK1/2005 / 細胞株 (発現宿主): C6/36 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Dengue virus serotype 3 / タイプ: VIRUS |
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ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / ホストのカテゴリ: VERTEBRATES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens |
緩衝液 | 名称: 10 mM Tris-HCl, pH 8.0, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA / pH: 8 / 詳細: 10 mM Tris-HCl, pH 8.0, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: ultra-thin carbon-coated lacey carbon grid |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / Temp: 100 K / 湿度: 100 % 詳細: Blotted with filter paper for 2 seconds prior to snap freezing in liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV) 手法: blotted with filter paper for 2s prior to snap freezing |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2012年3月28日 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 47000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / カメラ長: 0 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 温度: 100 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 17.6 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 138 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: each particle | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: Cross-common lines / 解像度: 7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 3009 / ピクセルサイズ(公称値): 1.7 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.7 Å 詳細: (Single particle details: Particles were manually selected.) (Single particle--Applied symmetry: I) 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: real space correlation 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--flexible DETAILS--Initially fitted in Chimera and refined using NAMD/MDFF | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Accession code: 3J6S / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 3J6S / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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精密化ステップ | サイクル: LAST
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