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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j4j | ||||||
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タイトル | Model of full-length T. thermophilus Translation Initiation Factor 2 refined against its cryo-EM density from a 30S Initiation Complex map | ||||||
要素 | Translation initiation factor IF-2 | ||||||
キーワード | TRANSLATION / IF2 / GTP-Binding Protein / fMet-tRNA binding / ribosome binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.5 Å | ||||||
データ登録者 | Simonetti, A. / Marzi, S. / Billas, I.M.L. / Tsai, A. / Fabbretti, A. / Myasnikov, A. / Roblin, P. / Vaiana, A.C. / Hazemann, I. / Eiler, D. ...Simonetti, A. / Marzi, S. / Billas, I.M.L. / Tsai, A. / Fabbretti, A. / Myasnikov, A. / Roblin, P. / Vaiana, A.C. / Hazemann, I. / Eiler, D. / Steitz, T.A. / Puglisi, J.D. / Gualerzi, C.O. / Klaholz, B.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2013 タイトル: Involvement of protein IF2 N domain in ribosomal subunit joining revealed from architecture and function of the full-length initiation factor. 著者: Angelita Simonetti / Stefano Marzi / Isabelle M L Billas / Albert Tsai / Attilio Fabbretti / Alexander G Myasnikov / Pierre Roblin / Andrea C Vaiana / Isabelle Hazemann / Daniel Eiler / ...著者: Angelita Simonetti / Stefano Marzi / Isabelle M L Billas / Albert Tsai / Attilio Fabbretti / Alexander G Myasnikov / Pierre Roblin / Andrea C Vaiana / Isabelle Hazemann / Daniel Eiler / Thomas A Steitz / Joseph D Puglisi / Claudio O Gualerzi / Bruno P Klaholz / 要旨: Translation initiation factor 2 (IF2) promotes 30S initiation complex (IC) formation and 50S subunit joining, which produces the 70S IC. The architecture of full-length IF2, determined by small angle ...Translation initiation factor 2 (IF2) promotes 30S initiation complex (IC) formation and 50S subunit joining, which produces the 70S IC. The architecture of full-length IF2, determined by small angle X-ray diffraction and cryo electron microscopy, reveals a more extended conformation of IF2 in solution and on the ribosome than in the crystal. The N-terminal domain is only partially visible in the 30S IC, but in the 70S IC, it stabilizes interactions between IF2 and the L7/L12 stalk of the 50S, and on its deletion, proper N-formyl-methionyl(fMet)-tRNA(fMet) positioning and efficient transpeptidation are affected. Accordingly, fast kinetics and single-molecule fluorescence data indicate that the N terminus promotes 70S IC formation by stabilizing the productive sampling of the 50S subunit during 30S IC joining. Together, our data highlight the dynamics of IF2-dependent ribosomal subunit joining and the role played by the N terminus of IF2 in this process. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3j4j.cif.gz | 112.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3j4j.ent.gz | 80.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3j4j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3j4j_validation.pdf.gz | 653 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3j4j_full_validation.pdf.gz | 748.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3j4j_validation.xml.gz | 33.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3j4j_validation.cif.gz | 47.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/3j4j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/3j4j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62494.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: infB, TTHA0699 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P48515 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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緩衝液 | 名称: 10 mM HEPES, pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 8 mM magnesium acetate, 1 mM DTT pH: 7.5 詳細: 10 mM HEPES, pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 8 mM magnesium acetate, 1 mM DTT | ||||||||||||
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 詳細: Vitrification carried out in liquid ethane |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2011年10月9日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 150 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 X / 最大 デフォーカス(公称値): -3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -1500 nm |
試料ホルダ | 温度: 70 K |
撮影 | 電子線照射量: 1.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 11.5 Å / 粒子像の数: 13000 / ピクセルサイズ(公称値): 1.92 Å / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: cross-correlation coefficient 詳細: METHOD--cross-correlation gradient based REFINEMENT PROTOCOL--flexible fitting, dynamic elastic network | ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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