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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j42 | ||||||
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タイトル | Obstruction of Dengue Virus Maturation by Fab Fragments of the 2H2 Antibody | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS/IMMUNE SYSTEM / Dengue / maturation / immature / antibody / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 immunoglobulin complex / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / immunoglobulin complex, circulating / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / immunoglobulin receptor binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / complement activation, classical pathway / antigen binding ...immunoglobulin complex / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / immunoglobulin complex, circulating / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / immunoglobulin receptor binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / complement activation, classical pathway / antigen binding / viral capsid / double-stranded RNA binding / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / antibacterial humoral response / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / adaptive immune response / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / blood microparticle / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / immune response / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 21 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, Z. / Pennington, J.G. / Jiang, W. / Rossmann, M.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2013 タイトル: Obstruction of dengue virus maturation by Fab fragments of the 2H2 antibody. 著者: Zhiqing Wang / Long Li / Janice G Pennington / Ju Sheng / Moh Lan Yap / Pavel Plevka / Geng Meng / Lei Sun / Wen Jiang / Michael G Rossmann / 要旨: The 2H2 monoclonal antibody recognizes the precursor peptide on immature dengue virus and might therefore be a useful tool for investigating the conformational change that occurs when the immature ...The 2H2 monoclonal antibody recognizes the precursor peptide on immature dengue virus and might therefore be a useful tool for investigating the conformational change that occurs when the immature virus enters an acidic environment. During dengue virus maturation, spiky, immature, noninfectious virions change their structure to form smooth-surfaced particles in the slightly acidic environment of the trans-Golgi network, thereby allowing cellular furin to cleave the precursor-membrane proteins. The dengue virions become fully infectious when they release the cleaved precursor peptide upon reaching the neutral-pH environment of the extracellular space. Here we report on the cryo-electron microscopy structures of the immature virus complexed with the 2H2 antigen binding fragments (Fab) at different concentrations and under various pH conditions. At neutral pH and a high concentration of Fab molecules, three Fab molecules bind to three precursor-membrane proteins on each spike of the immature virus. However, at a low concentration of Fab molecules and pH 7.0, only two Fab molecules bind to each spike. Changing to a slightly acidic pH caused no detectable change of structure for the sample with a high Fab concentration but caused severe structural damage to the low-concentration sample. Therefore, the 2H2 Fab inhibits the maturation process of immature dengue virus when Fab molecules are present at a high concentration, because the three Fab molecules on each spike hold the precursor-membrane molecules together, thereby inhibiting the normal conformational change that occurs during maturation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | 3j42.cif.gz | 285.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3j42.ent.gz | 233.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3j42.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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文書・要旨 | 3j42_validation.pdf.gz | 873.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3j42_full_validation.pdf.gz | 904.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3j42_validation.xml.gz | 55.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3j42_validation.cif.gz | 84.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/3j42 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/3j42 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 60
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| x 5
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43400.898 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 281-675 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) / 参照: UniProt: O11875 #2: タンパク質 | 分子量: 9261.531 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1-81 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) / 参照: UniProt: Q3BCY5 #3: 抗体 | 分子量: 23696.553 Da / 分子数: 3 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Igh-1a, Igh / 参照: UniProt: P01783, UniProt: Q6PIP8 #4: 抗体 | 分子量: 23355.746 Da / 分子数: 3 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gm16939 / 参照: UniProt: P01634, UniProt: Q7TS98 配列の詳細 | 2H2 HEAVY CHAIN FAB IS A CHIMERA COMPRISING RESIDUES 17-119 OF UNP P01783 AND RESIDUES 120-230 OF ...2H2 HEAVY CHAIN FAB IS A CHIMERA COMPRISING | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: High-concentration Fab Fragment of 2H2 antibody binding to immature Dengue virus at pH 7 タイプ: VIRUS 詳細: Three Fab fragments bind to three pr on each trimeric spike |
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ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / ホストのカテゴリ: INVERTEBRATE / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Aedes albopictus / 株: C6-36 |
緩衝液 | 名称: 100 mM phosphate buffer / pH: 7 / 詳細: 100 mM phosphate buffer |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: Quantifoil 200 mesh |
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / Temp: 100 K / 詳細: Plunged into liquid ethane (homemade plunger) |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI/PHILIPS CM200FEG / 日付: 2011年4月7日 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 X / 倍率(補正後): 51040 X / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2 mm 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification カメラ長: 0 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 温度: 100 K / 最高温度: 105 K / 最低温度: 80 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
画像スキャン | デジタル画像の数: 49 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Film | ||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: projection matching / 解像度: 21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 378 / ピクセルサイズ(公称値): 3.72 Å / ピクセルサイズ(実測値): 3.72 Å / 詳細: (Single particle--Applied symmetry: I) / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST
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