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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j0j | ||||||
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タイトル | Fitted atomic models of Thermus thermophilus V-ATPase subunits into cryo-EM map | ||||||
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![]() | HYDROLASE / flexible fitting / rigid body fitting / membrane protein complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / proton-transporting ATP synthase complex / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / H+-transporting two-sector ATPase / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism ...proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / proton-transporting ATP synthase complex / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / H+-transporting two-sector ATPase / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / lysosomal membrane / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.7 Å | ||||||
![]() | Lau, W.C.Y. / Rubinstein, J.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Subnanometre-resolution structure of the intact Thermus thermophilus H+-driven ATP synthase. 著者: Wilson C Y Lau / John L Rubinstein / ![]() 要旨: Ion-translocating rotary ATPases serve either as ATP synthases, using energy from a transmembrane ion motive force to create the cell's supply of ATP, or as transmembrane ion pumps that are powered ...Ion-translocating rotary ATPases serve either as ATP synthases, using energy from a transmembrane ion motive force to create the cell's supply of ATP, or as transmembrane ion pumps that are powered by ATP hydrolysis. The members of this family of enzymes each contain two rotary motors: one that couples ion translocation to rotation and one that couples rotation to ATP synthesis or hydrolysis. During ATP synthesis, ion translocation through the membrane-bound region of the complex causes rotation of a central rotor that drives conformational changes and ATP synthesis in the catalytic region of the complex. There are no structural models available for the intact membrane region of any ion-translocating rotary ATPase. Here we present a 9.7 Å resolution map of the H(+)-driven ATP synthase from Thermus thermophilus obtained by electron cryomicroscopy of single particles in ice. The 600-kilodalton complex has an overall subunit composition of A(3)B(3)CDE(2)FG(2)IL(12). The membrane-bound motor consists of a ring of L subunits and the carboxy-terminal region of subunit I, which are equivalent to the c and a subunits of most other rotary ATPases, respectively. The map shows that the ring contains 12 L subunits and that the I subunit has eight transmembrane helices. The L(12) ring and I subunit have a surprisingly small contact area in the middle of the membrane, with helices from the I subunit making contacts with two different L subunits. The transmembrane helices of subunit I form bundles that could serve as half-channels across the membrane, with the first half-channel conducting protons from the periplasm to the L(12) ring and the second half-channel conducting protons from the L(12) ring to the cytoplasm. This structure therefore suggests the mechanism by which a transmembrane proton motive force is converted to rotation in rotary ATPases. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 594.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 429.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 112.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 175.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-V-type ATP synthase ... , 6種, 11分子 ABCDEFGHJLM
#1: タンパク質 | 分子量: 63699.980 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 53219.500 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 24715.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 11294.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 20699.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #7: タンパク質 | | 分子量: 35968.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 4分子 IK![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
#5: タンパク質 | 分子量: 11621.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #8: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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緩衝液 | 名称: 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 0.02% DDM, pH 8.0 pH: 8 詳細: 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 0.02% DDM, pH 8.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 詳細: Vitrification from 4 degree Celsius environment / 手法: Blot 20 seconds before plunging |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2010年1月1日 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 X / 倍率(補正後): 50000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2500 nm / Cs: 2 mm |
試料ホルダ | 温度: 100 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 0.18 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GENERIC FILM / 詳細: Scanned with Intergraph Photoscan densitometer |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Each particle | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: Fourier sinc interpolation (Build_fspace) / 解像度: 9.7 Å / 粒子像の数: 46105 / ピクセルサイズ(公称値): 1.4 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.4 Å 倍率補正: Graphite imaging and Rosenthal apoferritin method (Publication In Preparation) 詳細: Frealign and new software used for refinement and reconstruction 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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原子モデル構築 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST
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