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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3deg | ||||||
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タイトル | Complex of elongating Escherichia coli 70S ribosome and EF4(LepA)-GMPPNP | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / translation / LepA / EF4 / GTP-binding / Membrane / Nucleotide-binding / Antibiotic resistance / Ribonucleoprotein / Ribosomal protein / RNA-binding / rRNA-binding / tRNA-binding / Methylation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / response to pH / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ribosomal large subunit binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / ribosomal small subunit binding / translation elongation factor activity ...: / response to pH / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ribosomal large subunit binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / ribosomal small subunit binding / translation elongation factor activity / translational termination / response to salt stress / response to cold / positive regulation of RNA splicing / positive regulation of translation / maintenance of translational fidelity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosome binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / GTPase activity / GTP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.9 Å | ||||||
データ登録者 | Connell, S.R. / Topf, M. / Qin, Y. / Wilson, D.N. / Mielke, T. / Fucini, P. / Nierhaus, K.H. / Spahn, C.M.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2008 タイトル: A new tRNA intermediate revealed on the ribosome during EF4-mediated back-translocation. 著者: Sean R Connell / Maya Topf / Yan Qin / Daniel N Wilson / Thorsten Mielke / Paola Fucini / Knud H Nierhaus / Christian M T Spahn / 要旨: EF4 (LepA) is an almost universally conserved translational GTPase in eubacteria. It seems to be essential under environmental stress conditions and has previously been shown to back-translocate the ...EF4 (LepA) is an almost universally conserved translational GTPase in eubacteria. It seems to be essential under environmental stress conditions and has previously been shown to back-translocate the tRNAs on the ribosome, thereby reverting the canonical translocation reaction. In the current work, EF4 was directly visualized in the process of back-translocating tRNAs by single-particle cryo-EM. Using flexible fitting methods, we built a model of ribosome-bound EF4 based on the cryo-EM map and a recently published unbound EF4 X-ray structure. The cryo-EM map establishes EF4 as a noncanonical elongation factor that interacts not only with the elongating ribosome, but also with the back-translocated tRNA in the A-site region, which is present in a previously unseen, intermediate state and deviates markedly from the position of a canonical A-tRNA. Our results, therefore, provide insight into the underlying structural principles governing back-translocation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3deg.cif.gz | 325.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3deg.ent.gz | 243 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3deg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3deg_validation.pdf.gz | 926.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3deg_full_validation.pdf.gz | 1020.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3deg_validation.xml.gz | 48.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3deg_validation.cif.gz | 70.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/3deg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/3deg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 AB
#1: RNA鎖 | 分子量: 24890.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 24816.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
-30S RNA helix ... , 2種, 2分子 EF
#3: RNA鎖 | 分子量: 5161.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
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#4: RNA鎖 | 分子量: 3827.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
-50S RNA helix ... , 4種, 4分子 GIJK
#5: RNA鎖 | 分子量: 22580.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
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#6: RNA鎖 | 分子量: 9394.642 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
#7: RNA鎖 | 分子量: 5765.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
#8: RNA鎖 | 分子量: 4745.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
-タンパク質 , 3種, 3分子 CDH
#9: タンパク質 | 分子量: 60476.660 Da / 分子数: 1 / Fragment: EF4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: lepA, b2569, JW2553 / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P60785 |
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#10: タンパク質 | 分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7S3 |
#11: タンパク質 | 分子量: 14763.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7J7 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of elongating Escherichia coli 70S ribosome and EF4(LepA)-GMPPNP タイプ: COMPLEX |
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緩衝液 | 詳細: 20 mM HEPES-KOH (pH 7.6), 4.5 mM Mg(CH3COO)2, 150 mM NH4CH3COO, 4 mM B-mercaptoethanol, 2 mM spermidine, and 0.05 mM spermine |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 39000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
-解析
EMソフトウェア |
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 10.9 Å / 粒子像の数: 41294 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body and flexible fitting | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST
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