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万見
- PDB-3deg: Complex of elongating Escherichia coli 70S ribosome and EF4(LepA)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3deg
タイトルComplex of elongating Escherichia coli 70S ribosome and EF4(LepA)-GMPPNP
要素
  • (30S RNA helix ...) x 2
  • (50S RNA helix ...) x 4
  • 30S ribosomal protein S12
  • 50S ribosomal protein L11
  • A/L-tRNA
  • GTP-binding protein lepA
  • P-tRNA
キーワードRIBOSOME / translation / LepA / EF4 / GTP-binding / Membrane / Nucleotide-binding / Antibiotic resistance / Ribonucleoprotein / Ribosomal protein / RNA-binding / rRNA-binding / tRNA-binding / Methylation
機能・相同性
機能・相同性情報


: / response to pH / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ribosomal large subunit binding / ribosomal small subunit binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / translation elongation factor activity ...: / response to pH / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ribosomal large subunit binding / ribosomal small subunit binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / translation elongation factor activity / translational termination / response to salt stress / response to cold / positive regulation of RNA splicing / positive regulation of translation / maintenance of translational fidelity / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / response to antibiotic / GTPase activity / GTP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Elongation factor 4 / GTP-binding protein LepA, C-terminal / Elongation factor 4, domain IV / LepA, C-terminal domain superfamily / GTP-binding protein LepA C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. ...Elongation factor 4 / GTP-binding protein LepA, C-terminal / Elongation factor 4, domain IV / LepA, C-terminal domain superfamily / GTP-binding protein LepA C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Small GTP-binding protein domain / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S12/S23 / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Large ribosomal subunit protein uL11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Elongation factor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.9 Å
データ登録者Connell, S.R. / Topf, M. / Qin, Y. / Wilson, D.N. / Mielke, T. / Fucini, P. / Nierhaus, K.H. / Spahn, C.M.T.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2008
タイトル: A new tRNA intermediate revealed on the ribosome during EF4-mediated back-translocation.
著者: Sean R Connell / Maya Topf / Yan Qin / Daniel N Wilson / Thorsten Mielke / Paola Fucini / Knud H Nierhaus / Christian M T Spahn /
要旨: EF4 (LepA) is an almost universally conserved translational GTPase in eubacteria. It seems to be essential under environmental stress conditions and has previously been shown to back-translocate the ...EF4 (LepA) is an almost universally conserved translational GTPase in eubacteria. It seems to be essential under environmental stress conditions and has previously been shown to back-translocate the tRNAs on the ribosome, thereby reverting the canonical translocation reaction. In the current work, EF4 was directly visualized in the process of back-translocating tRNAs by single-particle cryo-EM. Using flexible fitting methods, we built a model of ribosome-bound EF4 based on the cryo-EM map and a recently published unbound EF4 X-ray structure. The cryo-EM map establishes EF4 as a noncanonical elongation factor that interacts not only with the elongating ribosome, but also with the back-translocated tRNA in the A-site region, which is present in a previously unseen, intermediate state and deviates markedly from the position of a canonical A-tRNA. Our results, therefore, provide insight into the underlying structural principles governing back-translocation.
履歴
登録2008年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22012年5月30日Group: Refinement description
改定 1.32014年4月16日Group: Database references
改定 1.42019年12月11日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / em_image_scans ...database_2 / em_image_scans / em_software / struct_conn
Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1524
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1524
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A/L-tRNA
B: P-tRNA
E: 30S RNA helix 8
F: 30S RNA helix 14
G: 50S RNA helix 42-44
I: 50S RNA helix 95
J: 50S RNA helix 71
K: 50S RNA helix 92
C: GTP-binding protein lepA
D: 30S ribosomal protein S12
H: 50S ribosomal protein L11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,05911
ポリマ－190,05911
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: RNA鎖 A/L-tRNA


分子量: 24890.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#2: RNA鎖 P-tRNA


分子量: 24816.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)

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30S RNA helix ... , 2種, 2分子 EF

#3: RNA鎖 30S RNA helix 8


分子量: 5161.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#4: RNA鎖 30S RNA helix 14


分子量: 3827.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)

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50S RNA helix ... , 4種, 4分子 GIJK

#5: RNA鎖 50S RNA helix 42-44


分子量: 22580.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#6: RNA鎖 50S RNA helix 95


分子量: 9394.642 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#7: RNA鎖 50S RNA helix 71


分子量: 5765.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#8: RNA鎖 50S RNA helix 92


分子量: 4745.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)

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タンパク質 , 3種, 3分子 CDH

#9: タンパク質 GTP-binding protein lepA


分子量: 60476.660 Da / 分子数: 1 / Fragment: EF4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: lepA, b2569, JW2553 / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P60785
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7S3
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L11


分子量: 14763.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7J7

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of elongating Escherichia coli 70S ribosome and EF4(LepA)-GMPPNP
タイプ: COMPLEX
緩衝液詳細: 20 mM HEPES-KOH (pH 7.6), 4.5 mM Mg(CH3COO)2, 150 mM NH4CH3COO, 4 mM B-mercaptoethanol, 2 mM spermidine, and 0.05 mM spermine
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 39000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Flex-EMモデルフィッティング
2Mod-EMモデルフィッティング
3Situsモデルフィッティング
4SPIDER３次元再構成
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 10.9 Å / 粒子像の数: 41294 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body and flexible fitting
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
12I2P

2i2p
PDB 未公開エントリ

12I2P1PDBexperimental model
22I2T

2i2t
PDB 未公開エントリ

12I2T2PDBexperimental model
33CB4

3cb4

13CB43PDBexperimental model
41GIX

1gix
PDB 未公開エントリ

11GIX4PDBexperimental model
52J01

2j01
PDB 未公開エントリ

12J015PDBexperimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6229 6721 0 0 12950

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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