ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2009 タイトル: Recycling of aborted ribosomal 50S subunit-nascent chain-tRNA complexes by the heat shock protein Hsp15. 著者: Linhua Jiang / Christiane Schaffitzel / Rouven Bingel-Erlenmeyer / Nenad Ban / Philipp Korber / Roman I Koning / Daniël C de Geus / Jasper R Plaisier / Jan Pieter Abrahams / 要旨: When heat shock prematurely dissociates a translating bacterial ribosome, its 50S subunit is prevented from reinitiating protein synthesis by tRNA covalently linked to the unfinished protein chain ...When heat shock prematurely dissociates a translating bacterial ribosome, its 50S subunit is prevented from reinitiating protein synthesis by tRNA covalently linked to the unfinished protein chain that remains threaded through the exit tunnel. Hsp15, a highly upregulated bacterial heat shock protein, reactivates such dead-end complexes. Here, we show with cryo-electron microscopy reconstructions and functional assays that Hsp15 translocates the tRNA moiety from the A site to the P site of stalled 50S subunits. By stabilizing the tRNA in the P site, Hsp15 indirectly frees up the A site, allowing a release factor to land there and cleave off the tRNA. Such a release factor must be stop codon independent, suggesting a possible role for a poorly characterized class of putative release factors that are upregulated by cellular stress, lack a codon recognition domain and are conserved in eukaryotes.
分子量: 11901.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: part of the 50S ribosomal particle in assembly with tRNA 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACG8
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実験情報
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実験
実験
手法: 電子顕微鏡法
EM実験
試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法
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試料調製
構成要素
名称: 50S.nc-tRNA.Hsp15 complex / タイプ: COMPLEX
試料
包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結
装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE
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電子顕微鏡撮影
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡
モデル: FEI TECNAI F20
電子銃
電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズ
モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 nm / Cs: 2 mm
撮影
フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
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解析
EMソフトウェア
ID
名称
カテゴリ
1
localfit
モデルフィッティング
2
Situs
モデルフィッティング
3
EMAN
3次元再構成
CTF補正
詳細: CTF correction of each particle
対称性
点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成
手法: cross-common lines, projection matching / 解像度: 10 Å / ピクセルサイズ(公称値): 2.54 Å / ピクセルサイズ(実測値): 2.54 Å / 詳細: EMAN software / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: best visual fit, best correlation value 詳細: METHOD--colores REFINEMENT PROTOCOL--multi-rigid body refinement