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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2y7c | ||||||
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タイトル | Atomic model of the Ocr-bound methylase complex from the Type I restriction-modification enzyme EcoKI (M2S1). Based on fitting into EM map 1534. | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 type I site-specific deoxyribonuclease complex / symbiont-mediated evasion of host restriction-modification system / N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / methylation / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ENTEROBACTERIA PHAGE T7 (ファージ) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18 Å | ||||||
データ登録者 | Kennaway, C.K. / Obarska-Kosinska, A. / White, J.H. / Tuszynska, I. / Cooper, L.P. / Bujnicki, J.M. / Trinick, J. / Dryden, D.T.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2009 タイトル: The structure of M.EcoKI Type I DNA methyltransferase with a DNA mimic antirestriction protein. 著者: Christopher K Kennaway / Agnieszka Obarska-Kosinska / John H White / Irina Tuszynska / Laurie P Cooper / Janusz M Bujnicki / John Trinick / David T F Dryden / 要旨: Type-I DNA restriction-modification (R/M) systems are important agents in limiting the transmission of mobile genetic elements responsible for spreading bacterial resistance to antibiotics. EcoKI, a ...Type-I DNA restriction-modification (R/M) systems are important agents in limiting the transmission of mobile genetic elements responsible for spreading bacterial resistance to antibiotics. EcoKI, a Type I R/M enzyme from Escherichia coli, acts by methylation- and sequence-specific recognition, leading to either methylation of DNA or translocation and cutting at a random site, often hundreds of base pairs away. Consisting of one specificity subunit, two modification subunits, and two DNA translocase/endonuclease subunits, EcoKI is inhibited by the T7 phage antirestriction protein ocr, a DNA mimic. We present a 3D density map generated by negative-stain electron microscopy and single particle analysis of the central core of the restriction complex, the M.EcoKI M(2)S(1) methyltransferase, bound to ocr. We also present complete atomic models of M.EcoKI in complex with ocr and its cognate DNA giving a clear picture of the overall clamp-like operation of the enzyme. The model is consistent with a large body of experimental data on EcoKI published over 40 years. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2y7c.cif.gz | 301.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2y7c.ent.gz | 239.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2y7c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2y7c_validation.pdf.gz | 810.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2y7c_full_validation.pdf.gz | 939.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2y7c_validation.xml.gz | 64.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2y7c_validation.cif.gz | 96.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/2y7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/2y7c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51468.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K 参照: UniProt: P05719, type I site-specific deoxyribonuclease | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 59378.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K 参照: UniProt: P08957, type I site-specific deoxyribonuclease, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) #3: タンパク質 | 分子量: 13689.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ENTEROBACTERIA PHAGE T7 (ファージ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P03775 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: M.ECOKI WITH OCR / タイプ: COMPLEX |
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緩衝液 | 名称: 20MM TRIS-CL, 100 MM NACL / pH: 4.7 / 詳細: 20MM TRIS-CL, 100 MM NACL |
試料 | 濃度: 0.05 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 染色剤: Uranyl Acetate |
試料支持 | 詳細: CARBON |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 1200EX / 日付: 2008年2月1日 |
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電子銃 | 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN / 加速電圧: 80 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 40000 X / 倍率(補正後): 39500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 870 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 275 nm / Cs: 2 mm |
試料ホルダ | 温度: 294 K |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: FILTERED AT FIRST ZERO | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 18 Å / 粒子像の数: 17807 / ピクセルサイズ(公称値): 3.12 Å / ピクセルサイズ(実測値): 3.12 Å / 倍率補正: TMV 詳細: HSDM N-TERMINAL DOMAIN RETRACED FROM PDB ENTRY 2AR0. DISORDERED C-TERMINUS OF HSDM MODELLED INTO DENSITY. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--UROX REFINEMENT PROTOCOL--RIGID BODY | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 最高解像度: 18 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 18 Å
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