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- PDB-23sr: Cryo-EM structure of CDK2 in complex with CRBN/DDB1 and B11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 23sr
タイトルCryo-EM structure of CDK2 in complex with CRBN/DDB1 and B11
要素
  • DNA damage-binding protein 1
  • Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit,Cyclin-dependent kinase 2,GFP-like fluorescent chromoprotein
  • Protein cereblon
キーワードCELL CYCLE / Cyclin-Dependent Kinase 2 / Cereblon / Molecular glue / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / G2 Phase / Y chromosome / cyclin-dependent protein kinase activity / regulation of heterochromatin organization / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes ...negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / G2 Phase / Y chromosome / cyclin-dependent protein kinase activity / regulation of heterochromatin organization / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X chromosome / PTK6 Regulates Cell Cycle / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / locomotory exploration behavior / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / centriole replication / telomere maintenance in response to DNA damage / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / G0 and Early G1 / limb development / Activation of the pre-replicative complex / Telomere Extension By Telomerase / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Cajal body / positive regulation of Wnt signaling pathway / Cyclin E associated events during G1/S transition / Activation of ATR in response to replication stress / negative regulation of protein-containing complex assembly / centrosome duplication / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / condensed chromosome / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / cellular response to nitric oxide / post-translational protein modification / cyclin binding / positive regulation of DNA replication / negative regulation of protein localization to chromatin / regulation of mitotic cell cycle / G1/S transition of mitotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of protein-containing complex assembly / meiotic cell cycle / peptidyl-serine phosphorylation / cellular senescence / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Meiotic recombination / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Orc1 removal from chromatin / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of TP53 Degradation / nuclear envelope / transcription regulator complex / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ciliary basal body / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Potential therapeutics for SARS / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Ras protein signal transduction / transmembrane transporter binding / DNA replication / protein phosphorylation / chromosome, telomeric region / endosome / protein ubiquitination / chromatin remodeling / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / cell division / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / positive regulation of cell population proliferation / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / membrane / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / PUA-like superfamily ...Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / PUA-like superfamily / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Cyclin-dependent kinase 2 / Protein cereblon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Li, X.Z. / Jiang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J Med Chem / 年: 2026
タイトル: Selective CDK2 Degradation via Noncanonical Recruitment.
著者: Yuanyuan Pei / Weiye Lin / Xinzhu Li / Yuhang Meng / Yuling Yin / Benxun Pan / Lixin Zhou / Linhui Cao / Yong Cang / Yi Jiang / Wenchao Lu / Zhanchao Meng /
要旨: Cyclin-dependent kinase 2 (CDK2) represents a critical therapeutic target in tumors resistant to CDK4/6 inhibitors or with amplification. However, selective inhibition of CDK2 remains challenging ...Cyclin-dependent kinase 2 (CDK2) represents a critical therapeutic target in tumors resistant to CDK4/6 inhibitors or with amplification. However, selective inhibition of CDK2 remains challenging owing to the high structural homology among CDKs. In this study, we identify and as cereblon (CRBN)-based molecular glue degraders that selectively degrade CDK2. Ternary complex structures reveal a noncanonical recruitment mode centered on CDK2 Glu57, which bypasses the canonical G-loop/β-hairpin and kinase glycine-rich loop interactions and is stabilized by an extended CRBN-CDK2 interface. Mechanistically, these degraders inhibit retinoblastoma (Rb) phosphorylation and induce G1/S-phase arrest, suppressing CDK2-dependent cell proliferation. further exhibits improved pharmacokinetics, measurable oral bioavailability, and target engagement, achieving intratumoral CDK2 degradation following intraperitoneal administration. Collectively, this study provides a structural blueprint for designing selective kinase degraders and establishes B12 as a chemically tractable probe for targeting CDK2-driven malignancies.
履歴
登録2026年2月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02026年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月1日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02026年7月1日Data content type: Additional map / Part number: 6 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02026年7月1日Data content type: FSC / Part number: 2 / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02026年7月1日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月1日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月1日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月1日Data content type: Mask / Part number: 2 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年7月1日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年7月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.12026年7月22日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Protein cereblon
C: Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit,Cyclin-dependent kinase 2,GFP-like fluorescent chromoprotein
A: DNA damage-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,8234
ポリマ－229,3333
非ポリマー4911
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Protein cereblon


分子量: 53781.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRBN, AD-006 / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
Variant (発現宿主): WT / 参照: UniProt: Q96SW2
#2: タンパク質 Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit,Cyclin-dependent kinase 2,GFP-like fluorescent chromoprotein / Cell division protein kinase 2 / p33 protein kinase


分子量: 82203.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
プラスミド: pFastBac / 遺伝子: CDK2, CDKN2 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P24941, cyclin-dependent kinase
#3: タンパク質 DNA damage-binding protein 1


分子量: 93347.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#4: 化合物 ChemComp-A1E59 / spiro[3.3]heptan-2-ylmethyl ~{N}-[[3-[(3~{R})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-8-chloranyl-6-fluoranyl-4-oxidanylidene-quinazolin-7-yl]methyl]carbamate


分子量: 490.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H24ClFN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CDK2 in complex with CRBN/DDB1 and B11 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
細胞: Sf9 / プラスミド: pFastBac
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 14 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.20.1_4487モデル精密化
13Coot３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 498215 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.85 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00311914
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.51516176
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.0611615
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0431847
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042074

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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