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万見
- PDB-22jy: P301L/S320F human tau filaments from mouse brain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 22jy
タイトルP301L/S320F human tau filaments from mouse brain
要素Microtubule-associated protein tau
キーワードPROTEIN FIBRIL / Amyloid Fibril / Alzheimer disease / Pick disease tau / tauopathy
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / phosphatidylinositol bisphosphate binding / generation of neurons ...plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / phosphatidylinositol bisphosphate binding / generation of neurons / rRNA metabolic process / axonal transport of mitochondrion / regulation of mitochondrial fission / axon development / regulation of chromosome organization / regulation of microtubule-based movement / central nervous system neuron development / intracellular distribution of mitochondria / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / lipoprotein particle binding / microtubule polymerization / negative regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of microtubule polymerization / dynactin binding / apolipoprotein binding / main axon / protein polymerization / axolemma / glial cell projection / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of mitochondrial fission / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of axon extension / regulation of cellular response to heat / synapse assembly / Activation of AMPK downstream of NMDARs / regulation of long-term synaptic depression / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of protein localization / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / supramolecular fiber organization / cytoplasmic microtubule organization / regulation of calcium-mediated signaling / somatodendritic compartment / axon cytoplasm / positive regulation of microtubule polymerization / astrocyte activation / phosphatidylinositol binding / enzyme inhibitor activity / nuclear periphery / stress granule assembly / protein phosphatase 2A binding / regulation of microtubule cytoskeleton organization / cellular response to reactive oxygen species / Hsp90 protein binding / microglial cell activation / cellular response to nerve growth factor stimulus / synapse organization / PKR-mediated signaling / regulation of synaptic plasticity / protein homooligomerization / response to lead ion / SH3 domain binding / microtubule cytoskeleton organization / memory / regulation of autophagy / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron projection development / cell-cell signaling / single-stranded DNA binding / protein-folding chaperone binding / cellular response to heat / microtubule cytoskeleton / growth cone / actin binding / cell body / double-stranded DNA binding / protein-macromolecule adaptor activity / microtubule binding / sequence-specific DNA binding / dendritic spine / amyloid fibril formation / microtubule / learning or memory / neuron projection / membrane raft / axon / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / DNA damage response / dendrite / protein kinase binding / enzyme binding / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Microtubule-associated protein Tau / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile. / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-associated protein tau
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yanagisawa, H. / Kano, M. / Kimura, T. / Kikkawa, M. / Tomita, T.
資金援助 日本, 7件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21dm0207111 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23dm0207073 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP24wm0625303 日本
Japan Science and TechnologyJPMJMS2024-1 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP25KJ1009 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP23H00394 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP23K06112 日本
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2026
タイトル: Cryo-EM structure of pro-aggregant P301L/S320F double-mutant tau filaments formed in mouse brains following peripheral AAV delivery
著者: Kano, M. / Kimura, T. / Yanagisawa, H. / Tatsumi, L. / Yamashita, K. / Sakai, A. / Li, X. / Saido, T.C. / Saito, T. / Takatori, S. / Kikkawa, M. / Tomita, T.
履歴
登録2026年1月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02026年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microtubule-associated protein tau
B: Microtubule-associated protein tau
C: Microtubule-associated protein tau
D: Microtubule-associated protein tau
E: Microtubule-associated protein tau


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3275
ポリマ－27,3275
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
37given(1), (1), (1)
35given(0.995634, -0.093346), (0.093346, 0.995634), (1)18.02436, -16.41353, -9.70084
36given(0.998908, -0.046724), (0.046724, 0.998908), (1)8.82035, -8.41742, -4.85042
38given(0.998908, 0.046724), (-0.046724, 0.998908), (1)-8.41742, 8.82035, 4.85042
39given(0.995634, 0.093346), (-0.093346, 0.995634), (1)-16.41353, 18.02436, 9.70084

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要素

#1: タンパク質
Microtubule-associated protein tau / Neurofibrillary tangle protein / Paired helical filament-tau / PHF-tau


分子量: 5465.355 Da / 分子数: 5 / 変異: P301L, S320F / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: P301L/S320F human tau filaments from mouse brain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPT, MAPTL, MTBT1, TAU / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P10636
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: P301L/S320F human tau filaments / タイプ: COMPLEX / 詳細: P301L/S320F human tau filaments from mouse brain / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 11.25 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
150 mMTris1
21 mMDTT1
30.04 %sarkosyl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: P301L/S320F human tau filaments purified from mouse brain
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 285 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 20 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER
撮影平均露光時間: 2.93 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 25815
電子光学装置エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.7.1粒子像選択
2SerialEM4.2.8画像取得
4cryoSPARC4.7.1CTF補正
7Coot0.9.8.1モデルフィッティング
9cryoSPARC4.7.1初期オイラー角割当
10RELION5最終オイラー角割当
11cryoSPARC4.7.1分類
12RELION5３次元再構成
13Servalcat0.4.105モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1983794
3次元再構成解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 122422 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL
原子モデル構築詳細: The initial model was generated using ModelAngelo. / Source name: Other / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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