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万見
- PDB-1zku: Fitting of the gp9 structure in the EM density of bacteriophage T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zku
タイトルFitting of the gp9 structure in the EM density of bacteriophage T4 extended tail
要素Baseplate structural protein Gp9
キーワードVIRAL PROTEIN / Structural protein
機能・相同性Baseplate structural protein Gp9 C-terminal domain superfamily / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 middle domain superfamily / Gp9-like superfamily / Bacteriophage T4 gp9/10-like protein / virus tail, baseplate / viral tail assembly / viral release from host cell / Baseplate protein gp9
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15 Å
データ登録者Kostyuchenko, V.A.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2005
タイトル: The tail structure of bacteriophage T4 and its mechanism of contraction.
著者: Victor A Kostyuchenko / Paul R Chipman / Petr G Leiman / Fumio Arisaka / Vadim V Mesyanzhinov / Michael G Rossmann /
要旨: Bacteriophage T4 and related viruses have a contractile tail that serves as an efficient mechanical device for infecting bacteria. A three-dimensional cryo-EM reconstruction of the mature T4 tail ...Bacteriophage T4 and related viruses have a contractile tail that serves as an efficient mechanical device for infecting bacteria. A three-dimensional cryo-EM reconstruction of the mature T4 tail assembly at 15-A resolution shows the hexagonal dome-shaped baseplate, the extended contractile sheath, the long tail fibers attached to the baseplate and the collar formed by six whiskers that interact with the long tail fibers. Comparison with the structure of the contracted tail shows that tail contraction is associated with a substantial rearrangement of the domains within the sheath protein and results in shortening of the sheath to about one-third of its original length. During contraction, the tail tube extends beneath the baseplate by about one-half of its total length and rotates by 345 degrees , allowing it to cross the host's periplasmic space.
履歴
登録2005年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年7月3日Group: Database references
改定 1.42018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baseplate structural protein Gp9
B: Baseplate structural protein Gp9
C: Baseplate structural protein Gp9
D: Baseplate structural protein Gp9
E: Baseplate structural protein Gp9
F: Baseplate structural protein Gp9
G: Baseplate structural protein Gp9
H: Baseplate structural protein Gp9
I: Baseplate structural protein Gp9
J: Baseplate structural protein Gp9
K: Baseplate structural protein Gp9
L: Baseplate structural protein Gp9
M: Baseplate structural protein Gp9
N: Baseplate structural protein Gp9
O: Baseplate structural protein Gp9
P: Baseplate structural protein Gp9
Q: Baseplate structural protein Gp9
R: Baseplate structural protein Gp9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)562,73536
ポリマ－558,44518
非ポリマー4,28918
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Baseplate structural protein Gp9 / Baseplate wedge protein 9


分子量: 31024.725 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: 9 / 参照: UniProt: P10927
#2: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: T4 / タイプ: VIRUS
緩衝液pH: 7 / 詳細: H2O
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: COPPER GRID
急速凍結凍結剤: ETHANE / 詳細: LIQUID ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI/PHILIPS CM300FEG/T / 日付: 2003年1月10日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 45000 X / 倍率（補正後）: 47000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 100 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GENERIC FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 75
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1SITUS COLORESモデルフィッティング
2XFITモデルフィッティング
3SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: EACH IMAGE
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成手法: REAL SPACE SIRT / 解像度: 15 Å / 粒子像の数: 3029 / ピクセルサイズ（公称値）: 3.97 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 3.97 Å / 倍率補正: 47000 / 詳細: EM MAP DEPOSITED AS EMD-1126 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
詳細: REFINEMENT PROTOCOL--MANUAL FITTING FOLLOWED BY REFINEMENT IN COLORES
原子モデル構築PDB-ID: 1S2E

1s2e


Accession code: 1S2E / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39150 0 270 0 39420

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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