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万見
- PDB-12dl: Native structure of the cytoplasmic lattice (CPL) asymmetric unit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 12dl
タイトルNative structure of the cytoplasmic lattice (CPL) asymmetric unit from mouse MII eggs
要素
  • (F-box and WD-40 domain protein ...) x 2
  • (NACHT, LRR and PYD domains-containing protein ...) x 2
  • E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
  • Expressed sequence C85627
  • Inactive protein-arginine deiminase type-6
  • KH domain-containing protein 3
  • NLR family, pyrin domain containing 4F
  • Oocyte-expressed protein homolog
  • S-phase kinase-associated protein 1
  • Transducin-like enhancer protein 6
  • Tubulin alpha-1C chain
  • Tubulin beta-4B chain
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3
  • Zinc finger BED domain-containing protein 3
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / cytoplasmic lattice / egg / filamentous assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translation by machinery localization / cytoplasm organization / ooplasm / Signaling by BMP / Prolactin receptor signaling / embryonic process involved in female pregnancy / establishment of organelle localization / subcortical maternal complex / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cargo trafficking to the periciliary membrane ...regulation of translation by machinery localization / cytoplasm organization / ooplasm / Signaling by BMP / Prolactin receptor signaling / embryonic process involved in female pregnancy / establishment of organelle localization / subcortical maternal complex / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cargo trafficking to the periciliary membrane / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Chromatin modifying enzymes / protein storage / structural constituent of cytoplasmic lattice / cytoplasmic lattice / cortical granule exocytosis / establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / endoplasmic reticulum localization / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Intraflagellar transport / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / ZNF598 and the Ribosome-associated Quality Trigger (RQT) complex dissociate a ribosome stalled on a no-go mRNA / histone H3K18 ubiquitin ligase activity / histone H3 ubiquitin ligase activity / histone H3K14 ubiquitin ligase activity / Regulation of BACH1 activity / histone H3K23 ubiquitin ligase activity / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / spermatogonial cell division / COPI-mediated anterograde transport / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Regulation of TNFR1 signaling / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Kinesins / histone H3 reader activity / cortical granule / Regulation of RUNX2 expression and activity / Degradation of GLI1 by the proteasome / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / GSK3B-mediated proteasomal degradation of PD-L1(CD274) / Cyclin D associated events in G1 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / fertilization / Orc1 removal from chromatin / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / PKR-mediated signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / regulation of establishment of protein localization / RHO GTPases activate IQGAPs / Aggrephagy / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Activation of NF-kappaB in B cells / embryonic cleavage / apical cortex / Recycling pathway of L1 / Iron uptake and transport / positive regulation of meiotic nuclear division / intermediate filament cytoskeleton / chromosomal DNA methylation maintenance following DNA replication / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / positive regulation of embryonic development / regulation of RNA stability / axonemal microtubule / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / Hedgehog 'off' state / RHO GTPases Activate Formins / F-box domain binding / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / AURKA Activation by TPX2 / Downstream TCR signaling / Separation of Sister Chromatids / hemi-methylated DNA-binding / Peroxisomal protein import / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / embryonic pattern specification / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / regulation of epithelial cell proliferation / PcG protein complex / Neddylation / MHC class II antigen presentation / gap junction / establishment of spindle localization
類似検索 - 分子機能
: / Zinc finger BED domain-containing protein 2/3 / BED zinc finger / KH-like RNA-binding domain / : / KH-like RNA-binding domain / Groucho/transducin-like enhancer / : / : / UHRF1, tandem tudor domain ...: / Zinc finger BED domain-containing protein 2/3 / BED zinc finger / KH-like RNA-binding domain / : / KH-like RNA-binding domain / Groucho/transducin-like enhancer / : / : / UHRF1, tandem tudor domain / Tandem tudor domain within UHRF1 / UHRF1/2-like / Protein-arginine deiminase / Protein-arginine deiminase, C-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), N-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), central domain / Protein-arginine deiminase, central domain superfamily / PAD, N-terminal domain superfamily / Protein-arginine deiminase (PAD) / Protein-arginine deiminase (PAD) N-terminal domain / Protein-arginine deiminase (PAD) middle domain / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. / SET and RING finger associated domain. Domain of unknown function in SET domain containing proteins and in Deinococcus radiodurans DRA1533. / : / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / F-box-like / F-box-like domain superfamily / NACHT domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT-NTPase domain profile. / DAPIN domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box domain / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / K Homology domain, type 1 superfamily / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / PUA-like superfamily / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / PHD-finger / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Death-like domain superfamily / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Ring finger / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Cupredoxin / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Leucine-rich repeat / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Leucine-rich repeat domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / NLR family, pyrin domain containing 4F / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 / Tubulin beta-4B chain / Tubulin alpha-1C chain / F-box/WD repeat-containing protein 18 / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14 / F-box/WD repeat-containing protein 21 / F-box/WD repeat-containing protein 19 / Inactive protein-arginine deiminase type-6 ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / NLR family, pyrin domain containing 4F / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 / Tubulin beta-4B chain / Tubulin alpha-1C chain / F-box/WD repeat-containing protein 18 / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14 / F-box/WD repeat-containing protein 21 / F-box/WD repeat-containing protein 19 / Inactive protein-arginine deiminase type-6 / E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 / Oocyte-expressed protein homolog / KH domain-containing protein 3 / Zinc finger BED domain-containing protein 3 / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 / S-phase kinase-associated protein 1 / Transducin-like enhancer protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Li, Y. / Zheng, W. / Leem, J. / Wu, C. / Tang, S. / Mogessie, B. / Xiong, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other government 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2026
タイトル: Cytoplasmic lattices store developmentally poised degradative and cytoskeletal complexes in mammalian eggs.
著者: Yujie Li / Wei Zheng / Jiyeon Leem / Chunxiang Wu / Shaogeng Tang / Binyam Mogessie / Yong Xiong /
要旨: The cytoplasmic lattice (CPL) in mammalian eggs is essential for early embryonic development but its molecular components, structural organization and functional capacity have remained elusive. Here, ...The cytoplasmic lattice (CPL) in mammalian eggs is essential for early embryonic development but its molecular components, structural organization and functional capacity have remained elusive. Here, using cryo-electron microscopy, we show that the CPL filament in mouse metaphase II eggs contains repeating units with a periodicity of ~37 nm and determine its high-resolution, native structure and complete subunit composition. The CPL architecture organizes maternal-effect proteins, ubiquitination machinery and tubulin into a highly structured reservoir. Maternal-effect proteins form the scaffold of the CPL to sequester a UHRF1-UBE2D3 E3-E2 ubiquitination module and three distinct FBXW-SKP1 E3 ubiquitin ligase components, notably all in activity-excluded states. The CPL further contains αβ-tubulin heterodimers in a GTP-bound state, indicating microtubule-assembly-competent tubulin held in reserve. CPL filaments are capped by a terminal unit that lacks a PADI6 dimer, a scaffold component, suggesting a structural mechanism that prevents further oligomerization. Interactions between neighboring CPL filaments promote the assembly of a three-dimensional network in the egg cytoplasm. Taken together, our work defines how CPL assembly and architecture prime mammalian eggs for ubiquitin-mediated protein degradation and cytoskeletal remodeling during the egg-to-embryo transition.
履歴
登録2026年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年4月8日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年7月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.12026年7月29日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22026年9月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22026年9月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
FA: Tubulin beta-4B chain
GB: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5
GA: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5
IA: Oocyte-expressed protein homolog
HB: Transducin-like enhancer protein 6
HA: Transducin-like enhancer protein 6
KA: Zinc finger BED domain-containing protein 3
LA: KH domain-containing protein 3
MA: NLR family, pyrin domain containing 4F
AC: Inactive protein-arginine deiminase type-6
AD: Inactive protein-arginine deiminase type-6
AE: Inactive protein-arginine deiminase type-6
AF: Inactive protein-arginine deiminase type-6
AG: Inactive protein-arginine deiminase type-6
AH: Inactive protein-arginine deiminase type-6
AA: Inactive protein-arginine deiminase type-6
AB: Inactive protein-arginine deiminase type-6
AI: Inactive protein-arginine deiminase type-6
AJ: Inactive protein-arginine deiminase type-6
EA: Tubulin alpha-1C chain
DA: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14
DB: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14
BA: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
BB: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
CA: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3
CB: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3
OA: F-box and WD-40 domain protein 19
QB: S-phase kinase-associated protein 1
QA: S-phase kinase-associated protein 1
NA: Expressed sequence C85627
QC: S-phase kinase-associated protein 1
PA: F-box and WD-40 domain protein 21
JA: Oocyte-expressed protein homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,137,88149
ポリマ－2,136,02733
非ポリマー1,85516
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 12種, 27分子 FAIAJAHBHAKALAMAACADAEAFAGAHAAABAIAJEABABBCACBQBQAQCNA

#1: タンパク質 Tubulin beta-4B chain / Tubulin beta-2C chain


分子量: 49877.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P68372
#3: タンパク質 Oocyte-expressed protein homolog / Factor located in oocytes permitting embryonic development / Floped / Oocyte- and embryo-specific ...Factor located in oocytes permitting embryonic development / Floped / Oocyte- and embryo-specific protein 19 / mOEP19 / STAT3 downstream gene and differentiation regulator


分子量: 18481.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CWE6
#4: タンパク質 Transducin-like enhancer protein 6 / Groucho-related protein 6


分子量: 65187.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9WVB3
#5: タンパク質 Zinc finger BED domain-containing protein 3 / Axin-interacting protein


分子量: 25512.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D0L1
#6: タンパク質 KH domain-containing protein 3 / Protein Filia


分子量: 48055.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CWU5
#7: タンパク質 NLR family, pyrin domain containing 4F


分子量: 108001.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: L7N1W9
#8: タンパク質
Inactive protein-arginine deiminase type-6 / Arginine deiminase-like protein / Egg and embryo abundant PAD / ePAD / P75 / Peptidylarginine ...Arginine deiminase-like protein / Egg and embryo abundant PAD / ePAD / P75 / Peptidylarginine deiminase VI / Protein-arginine deiminase type VI / Protein-arginine deiminase type-6


分子量: 76854.109 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8K3V4
#9: タンパク質 Tubulin alpha-1C chain / Alpha-tubulin 6 / Alpha-tubulin isotype M-alpha-6 / Tubulin alpha-6 chain


分子量: 49962.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: P68373, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#11: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 / Nuclear protein 95 / Nuclear zinc finger protein Np95 / Ubiquitin-like PHD and RING finger domain- ...Nuclear protein 95 / Nuclear zinc finger protein Np95 / Ubiquitin-like PHD and RING finger domain-containing protein 1 / mUhrf1 / Ubiquitin-like-containing PHD and RING finger domains protein 1


分子量: 88436.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8VDF2, RING-type E3 ubiquitin transferase
#12: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme D3 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme D3 / ...(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme D3 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme D3 / Ubiquitin carrier protein D3 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2(17)KB 3 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-17 kDa 3 / Ubiquitin-protein ligase D3


分子量: 16706.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: P61079, E2 ubiquitin-conjugating enzyme, (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#14: タンパク質 S-phase kinase-associated protein 1 / Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / S-phase kinase-associated protein 1A / p19A / p19skp1


分子量: 18693.992 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9WTX5
#15: タンパク質 Expressed sequence C85627 / F-box and WD-40 domain protein 18


分子量: 54205.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q3TSA9

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NACHT, LRR and PYD domains-containing protein ... , 2種, 4分子 GBGADADB

#2: タンパク質 NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 / Maternal antigen that embryos require / Mater protein / Ooplasm-specific protein 1 / OP1


分子量: 131468.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9R1M5
#10: タンパク質 NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14 / NALP-iota / Germ cell specific leucine-rich repeat NTPase


分子量: 113527.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q6B966

-
F-box and WD-40 domain protein ... , 2種, 2分子 OAPA

#13: タンパク質 F-box and WD-40 domain protein 19


分子量: 53657.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8C2W8
#16: タンパク質 F-box and WD-40 domain protein 21


分子量: 54517.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8BI38

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非ポリマー , 4種, 16分子

#17: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#18: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#19: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#20: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Native structure of the cytoplasmic lattice (CPL) asymmetric unit from mouse MII eggs
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#16 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.21.2_5419モデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 249541 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.5 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004136180
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.569184502
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.25217934
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04420758
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00423626

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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