ChemComp-NEF: Nitrocefin - open form

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB化学物質要素 / ID: NEF
• 名称: 名称: Nitrocefin - open form; 別称: (2R)-5-[(E)-2-(2,4-dinitrophenyl)ethenyl]-2-[(1R)-2-oxidanyl-2-oxidanylidene-1-(2-thiophen-2-ylethanoylamino)ethyl]-3,6-dihydro-2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid

Chemical information

組成

組成式: C₂₁H₁₈N₄O₉S₂ / 原子数: 54 / 化学式量: 534.519 / 形式電荷: 0

その他

6hr9

タイプ: NON-POLYMER / PDB分類: HETAIN / 3文字コード: NEF / 理論座標の詳細: Corina / モデル座標のPDB-ID: 6HR9

履歴

作成	2018年9月26日
Other modification	2018年9月27日
公開	2019年10月23日
Modify leaving atom flag	2021年8月24日
aromatic_flag"を修正	2021年9月6日

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詳細

SMILES

• CACTVS 3.385: OC(=O)[CH](NC(=O)Cc1sccc1)[CH]2NC(=C(CS2)C=Cc3ccc(cc3[N+]([O-])=O)[N+]([O-])=O)C(O)=O
• OpenEye OEToolkits 2.0.7: c1cc(sc1)CC(=O)NC(C2NC(=C(CS2)C=Cc3ccc(cc3[N+](=O)[O-])[N+](=O)[O-])C(=O)O)C(=O)O

SMILES CANONICAL

• CACTVS 3.385: OC(=O)[C@@H](NC(=O)Cc1sccc1)[C@@H]2NC(=C(CS2)\C=C\c3ccc(cc3[N+]([O-])=O)[N+]([O-])=O)C(O)=O
• OpenEye OEToolkits 2.0.7: c1cc(sc1)CC(=O)N[C@@H]([C@@H]2NC(=C(CS2)/C=C/c3ccc(cc3[N+](=O)[O-])[N+](=O)[O-])C(=O)O)C(=O)O

InChI

• InChI 1.03: InChI=1S/C21H18N4O9S2/c26-16(9-14-2-1-7-35-14)22-18(21(29)30)19-23-17(20(27)28)12(10-36-19)4-3-11-5-6-13(24(31)32)8-15(11)25(33)34/h1-8,18-19,23H,9-10H2,(H,22,26)(H,27,28)(H,29,30)/b4-3+/t18-,19+/m0/s1

InChIKey

• InChI 1.03: PYBZXZZHQKFSGC-CZHQAMEJSA-N

PDBエントリ

全3件を表示しています

PDB-6hr6:
Nitrocefin reacted with catalytic serine (Ser294) of penicillin-binding protein 3 from Pseudomonas aeruginosa

PDB-6hr9:
Nitrocefin acylation of both catalytic serines of the Y409 mutant of penicillin-binding protein 3 from P. aeruginosa

PDB-9r7e:
Cryo-EM Structure of catalytic amyloids