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万見
- EMDB-9958: Cryo-EM structure of the human mitochondrial translocase TIM22 co... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9958
タイトルCryo-EM structure of the human mitochondrial translocase TIM22 complex at 3.7 angstrom.
マップデータThe overall cryo-EM map of TIM22 complex at 3.7 angstrom.
試料
  • 複合体: TIM22 translocase
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim22
    • タンパク質・ペプチド: Acylglycerol kinase, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim29
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim9
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim10
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim10 B
  • リガンド: 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
機能・相同性
機能・相同性情報


ceramide kinase / acylglycerol kinase / ceramide kinase activity / acylglycerol kinase activity / dihydroceramide kinase activity / Glycerophospholipid biosynthesis / mitochondrial intermembrane space protein transporter complex / glycerolipid metabolic process / : / lipid kinase activity ...ceramide kinase / acylglycerol kinase / ceramide kinase activity / acylglycerol kinase activity / dihydroceramide kinase activity / Glycerophospholipid biosynthesis / mitochondrial intermembrane space protein transporter complex / glycerolipid metabolic process / : / lipid kinase activity / diacylglycerol kinase (ATP) / ATP-dependent diacylglycerol kinase activity / membrane insertase activity / TIM23 mitochondrial import inner membrane translocase complex / mitochondrion targeting sequence binding / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / NAD+ kinase activity / protein transporter activity / protein insertion into mitochondrial inner membrane / sphingolipid metabolic process / ceramide biosynthetic process / Mitochondrial protein import / protein targeting to mitochondrion / protein transmembrane transporter activity / Mitochondrial protein degradation / cell-matrix adhesion / mitochondrial membrane / sensory perception of sound / mitochondrial intermembrane space / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / protein-folding chaperone binding / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / membrane => GO:0016020 / phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / protein homodimerization activity / mitochondrion / zinc ion binding / ATP binding / membrane / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim29 / Translocase of the Inner Mitochondrial membrane 29 / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22 / Tim10-like / Tim10-like domain superfamily / Tim10/DDP family zinc finger / Diacylglycerol kinase, catalytic domain / Diacylglycerol kinase catalytic domain / DAG-kinase catalytic (DAGKc) domain profile. / Diacylglycerol kinase catalytic domain (presumed) ...Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim29 / Translocase of the Inner Mitochondrial membrane 29 / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22 / Tim10-like / Tim10-like domain superfamily / Tim10/DDP family zinc finger / Diacylglycerol kinase, catalytic domain / Diacylglycerol kinase catalytic domain / DAG-kinase catalytic (DAGKc) domain profile. / Diacylglycerol kinase catalytic domain (presumed) / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim10 / Acylglycerol kinase, mitochondrial / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim29 / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim22 / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim10 B / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Qi L / Wang Q / Guan Z / Yan C / Yin P
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (China)2018YFA0507700 中国
National Natural Science Foundation of China31722017 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of the human mitochondrial translocase TIM22 complex.
著者: Liangbo Qi / Qiang Wang / Zeyuan Guan / Yan Wu / Cuicui Shen / Sixing Hong / Jianbo Cao / Xing Zhang / Chuangye Yan / Ping Yin /
履歴
登録2019年6月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月14日-
マップ公開2020年10月14日-
更新2020年10月14日-
現状2020年10月14日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7cgp
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9958.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9958.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The overall cryo-EM map of TIM22 complex at 3.7 angstrom.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 320 pix.
= 324.48 Å		1.01 Å/pix.
x 320 pix.
= 324.48 Å		1.01 Å/pix.
x 320 pix.
= 324.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.014 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0189 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.04588625 - 0.08768039
平均 (標準偏差)0.00009546748 (±0.0020129622)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 324.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0141.0141.014
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z324.480324.480324.480
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-19-94-60
NX/NY/NZ114128118
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0460.0880.000

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添付データ

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追加マップ: The cryo-EM map for inter-membrane region of TIM22...

ファイルemd_9958_additional_1.map
注釈The cryo-EM map for inter-membrane region of TIM22 complex at 3.5 angstrom.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TIM22 translocase

全体名称: TIM22 translocase
要素
  • 複合体: TIM22 translocase
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim22
    • タンパク質・ペプチド: Acylglycerol kinase, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim29
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim9
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim10
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim10 B
  • リガンド: 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

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超分子 #1: TIM22 translocase

超分子名称: TIM22 translocase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293
分子量理論値: 220 kDa/nm

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分子 #1: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim22

分子名称: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim22
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.04893 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAAAPNAGG SAPETAGSAE APLQYSLLLQ YLVGDKRQPR LLEPGSLGGI PSPAKSEEQK MIEKAMESCA FKAALACVGG FVLGGAFGV FTAGIDTNVG FDPKDPYRTP TAKEVLKDMG QRGMSYAKNF AIVGAMFSCT ECLIESYRGT SDWKNSVISG C ITGGAIGF ...文字列:
MAAAAPNAGG SAPETAGSAE APLQYSLLLQ YLVGDKRQPR LLEPGSLGGI PSPAKSEEQK MIEKAMESCA FKAALACVGG FVLGGAFGV FTAGIDTNVG FDPKDPYRTP TAKEVLKDMG QRGMSYAKNF AIVGAMFSCT ECLIESYRGT SDWKNSVISG C ITGGAIGF RAGLKAGAIG CGGFAAFSAA IDYYLR

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分子 #2: Acylglycerol kinase, mitochondrial

分子名称: Acylglycerol kinase, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: diacylglycerol kinase (ATP)
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.196008 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTVFFKTLRN HWKKTTAGLC LLTWGGHWLY GKHCDNLLRR AACQEAQVFG NQLIPPNAQV KKATVFLNPA ACKGKARTLF EKNAAPILH LSGMDVTIVK TDYEGQAKKL LELMENTDVI IVAGGDGTLQ EVVTGVLRRT DEATFSKIPI GFIPLGETSS L SHTLFAES ...文字列:
MTVFFKTLRN HWKKTTAGLC LLTWGGHWLY GKHCDNLLRR AACQEAQVFG NQLIPPNAQV KKATVFLNPA ACKGKARTLF EKNAAPILH LSGMDVTIVK TDYEGQAKKL LELMENTDVI IVAGGDGTLQ EVVTGVLRRT DEATFSKIPI GFIPLGETSS L SHTLFAES GNKVQHITDA TLAIVKGETV PLDVLQIKGE KEQPVFAMTG LRWGSFRDAG VKVSKYWYLG PLKIKAAHFF ST LKEWPQT HQASISYTGP TERPPNEPEE TPVQRPSLYR RILRRLASYW AQPQDALSQE VSPEVWKDVQ LSTIELSITT RNN QLDPTS KEDFLNICIE PDTISKGDFI TIGSRKVRNP KLHVEGTECL QASQCTLLIP EGAGGSFSID SEEYEAMPVE VKLL PRKLQ FFCDPRKREQ MLTSPTQ

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分子 #3: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim29

分子名称: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim29
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.272336 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAAALRRFW SRRRAEAGDA VVAKPGVWAR LGSWARALLR DYAEACRDAS AEARARPGRA AVYVGLLGGA AACFTLAPSE GAFEEALLE ASGTLLLLAP ATRNRESEAF VQRLLWLRGR GRLRYVNLGL CSLVYEAPFD AQASLYQARC RYLQPRWTDF P GRVLDVGF ...文字列:
MAAAALRRFW SRRRAEAGDA VVAKPGVWAR LGSWARALLR DYAEACRDAS AEARARPGRA AVYVGLLGGA AACFTLAPSE GAFEEALLE ASGTLLLLAP ATRNRESEAF VQRLLWLRGR GRLRYVNLGL CSLVYEAPFD AQASLYQARC RYLQPRWTDF P GRVLDVGF VGRWWVLGAW MRDCDINDDE FLHLPAHLRV VGPQQLHSET NERLFDEKYK PVVLTDDQVD QALWEEQVLQ KE KKDRLAL SQAHSLVQAE APR

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分子 #4: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim9

分子名称: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim9
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.391906 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MAAQIPESDQ IKQFKEFLGT YNKLTETCFL DCVKDFTTRE VKPEETTCSE HCLQKYLKMT QRISMRFQEY HIQQNEALAA KAGLLGQPR

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分子 #5: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim10

分子名称: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim10
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.348999 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MDPLRAQQLA AELEVEMMAD MYNRMTSACH RKCVPPHYKE AELSKGESVC LDRCVSKYLD IHERMGKKLT ELSMQDEELM KRVQQSSGP A

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分子 #6: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim10 B

分子名称: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim10 B
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.601244 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MERQQQQQQQ LRNLRDFLLV YNRMTELCFQ RCVPSLHHRA LDAEEEACLH SCAGKLIHSN HRLMAAYVQL MPALVQRRIA DYEAASAVP GVAAEQPGVS PSGS

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分子 #7: 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: PEE
分子量理論値: 749.073 Da
Chemical component information

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度7 mg/mL
緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 482959
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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