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万見
- EMDB-9906: Structure of membrane protein -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9906
タイトルStructure of membrane protein
マップデータ
試料
  • 複合体: ManYZ trimer complex
    • タンパク質・ペプチド: PTS mannose transporter subunit IID
    • タンパク質・ペプチド: PTS system mannose-specific EIIC component
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose
キーワードPTS / ManYZ / transporter / Mannose / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


mannose transmembrane transport / protein-N(PI)-phosphohistidine-mannose phosphotransferase system transporter activity / fructose import across plasma membrane / N-acetylglucosamine transport / D-glucose import across plasma membrane / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / transmembrane transporter complex / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, mannose/fructose/sorbose family, IIC subunit / Phosphotransferase system, mannose/fructose/sorbose family IID component / PTS system sorbose-specific iic component / PTS system mannose/fructose/sorbose family IID component / PTS_EIIC type-4 domain profile. / PTS_EIID domain profile. / :
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PTS system mannose-specific EIIC component / PTS system mannose-specific EIID component
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.52 Å
データ登録者Wang JW / Zeng JW
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)No. 2016YFA0501103 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2015CB910104 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31621092 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2019
タイトル: Structure of the mannose transporter of the bacterial phosphotransferase system.
著者: Xueli Liu / Jianwei Zeng / Kai Huang / Jiawei Wang /
履歴
登録2019年5月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月10日-
マップ公開2019年7月10日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6k1h
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9906.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9906.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.34 Å/pix.
x 200 pix.
= 267.6 Å		1.34 Å/pix.
x 200 pix.
= 267.6 Å		1.34 Å/pix.
x 200 pix.
= 267.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.338 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12 / ムービー #1: 0.12
最小 - 最大-0.37380853 - 0.56950754
平均 (標準偏差)0.0008224773 (±0.014518512)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 267.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3381.3381.338
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z267.600267.600267.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.3740.5700.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ManYZ trimer complex

全体名称: ManYZ trimer complex
要素
  • 複合体: ManYZ trimer complex
    • タンパク質・ペプチド: PTS mannose transporter subunit IID
    • タンパク質・ペプチド: PTS system mannose-specific EIIC component
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose

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超分子 #1: ManYZ trimer complex

超分子名称: ManYZ trimer complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 176 kDa/nm

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分子 #1: PTS mannose transporter subunit IID

分子名称: PTS mannose transporter subunit IID / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
分子量理論値: 30.983373 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MVDTTQTTTE KKLTQSDIRG VFLRSNLFQG SWNFERMQAL GFCFSMVPAI RRLYPENNEA RKQAIRRHLE FFNTQPFVAA PILGVTLAL EEQRANGAEI DDGAINGIKV GLMGPLAGVG DPIFWGTVRP VFAALGAGIA MSGSLLGPLL FFILFNLVRL A TRYYGVAY ...文字列:
MVDTTQTTTE KKLTQSDIRG VFLRSNLFQG SWNFERMQAL GFCFSMVPAI RRLYPENNEA RKQAIRRHLE FFNTQPFVAA PILGVTLAL EEQRANGAEI DDGAINGIKV GLMGPLAGVG DPIFWGTVRP VFAALGAGIA MSGSLLGPLL FFILFNLVRL A TRYYGVAY GYSKGIDIVK DMGGGFLQKL TEGASILGLF VMGALVNKWT HVNIPLVVSR ITDQTGKEHV TTVQTILDQL MP GLVPLLL TFACMWLLRK KVNPLWIIVG FFVIGIAGYA CGLLGL

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A387CW08

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分子 #2: PTS system mannose-specific EIIC component

分子名称: PTS system mannose-specific EIIC component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 28.752783 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MEITTLQIVL VFIVACIAGM GSILDEFQFH RPLIACTLVG IVLGDMKTGI IIGGTLEMIA LGWMNIGAAV APDAALASII STILVIAGH QSIGAGIALA IPLAAAGQVL TIIVRTITVA FQHAADKAAD NGNLTAISWI HVSSLFLQAM RVAIPAVIVA L SVGTSEVQ ...文字列:
MEITTLQIVL VFIVACIAGM GSILDEFQFH RPLIACTLVG IVLGDMKTGI IIGGTLEMIA LGWMNIGAAV APDAALASII STILVIAGH QSIGAGIALA IPLAAAGQVL TIIVRTITVA FQHAADKAAD NGNLTAISWI HVSSLFLQAM RVAIPAVIVA L SVGTSEVQ NMLNAIPEVV TNGLNIAGGM IVVVGYAMVI NMMRAGYLMP FFYLGFVTAA FTNFNLVALG VIGTVMAVLY IQ LSPKYNR VAGAPAQAAG NNDLDNELDH HHHHHHH

UniProtKB: PTS system mannose-specific EIIC component

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分子 #3: alpha-D-mannopyranose

分子名称: alpha-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: MAN
分子量理論値: 180.156 Da
Chemical component information

ChemComp-MAN:
alpha-D-mannopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 309996
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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